Отрицание рукоположения как таинства подрывало корни кастовой системы клерикализма, формируя при этом логическую основу для положения о священстве всех верующих, поскольку, согласно Лютеру, рукоположение является обычным церковным обрядом, посредством которого священнослужитель получает полномочия для исполнения определенных обязанностей. При этом он не обретает новые черты характера, не выводится из-под юрисдикции гражданского суда и не наделяется через рукоположение правом совершения остальных таинств. В этом отношении совершаемое священником может совершать любой христианин, если ему это поручено общиной, поскольку все христиане есть священники. Миф о рукоположении как о таинстве "был сочинен для того, чтобы разверзлась неодолимая пропасть, чтобы между духовенством и мирянами возникало различие большее, нежели между небесами и землей, чтобы сокрушить учение об обретаемой при крещении благодати и привести в смущение евангелическое братство. Он порождает отвратительный произвол, совершаемый над мирянами священниками, которые через внешнее помазание рук, тонзуру и особые одеяния не только возвышают себя над рядовыми, помазанными Святым Духом христианами, но и относятся к ним, как к псам, недостойным пребывать в одной Церкви с ними... На этом христианское братство завершается, а пастыри превращаются в волков. Все те, кто принял крещение, есть священники без какого бы то ни было различия. Те же, кого мы называем священниками, есть служители, избранные из нашего числа, дабы они совершали все от нашего имени, и в священстве их нет ничего, помимо служения. Таинство рукоположения, таким образом, не может восприниматься иначе, чем определенный ритуал избрания проповедника в Церкви".
Но даже отрицание Лютером пяти таинств можно было бы стерпеть, не произведи он решительной перемены в двух оставленных им таинствах. Его позиция о крещении неизбежно подрывала основу института монашества, поскольку постриг нельзя было более рассматривать как второе крещение и лишь один обет имеет силу - обет при совершении крещения.
Наиболее серьезным было сокращение Лютером таинства мессы до Вечери Господней. Месса занимает центральное место во всей системе католичества, поскольку, как полагается, она представляет собой повторение опыта воплощения и распятия. Во время пресуществления хлеба и вина Бог вновь становится плотью, а Христос вновь умирает на алтаре. Это чудо способны совершать лишь священники, наделенные такой силой посредством рукоположения. В силу того, что это получение благодати творится исключительно их руками, священники занимают совершенно особое место в Церкви, а поскольку Церковь есть хранитель тела Христова, она занимает совершенно особое место в обществе.
Выступая против мессы, Лютер не преследовал цели подорвать институт духовенства. Его заботили прежде всего проблемы религиозные и лишь опосредованно - экклезиологические или социальные. Он прежде всего настаивал на том, что таинство мессы должно быть не магическим, но мистическим - не совершением обряда, но опытом присутствия. Эта проблема среди других была темой спора Лютера с Кайэтаном. Кардинала удручало мнение Лютера, считавшего, что действенность таинства зависит от веры получающего его. Церковь же учит тому, что таинство не зависит от человеческих слабостей, будь то недостойность совершающего его или безразличие получающего. Таинство совершается посредством той силы, которую оно имеет в себе ex opere operato. С точки зрения Лютера, такая позиция делала таинство механическим и магическим. Равным же образом не был он склонен воспринимать его независимым от человеческих слабостей, не соглашаясь с тем, что именно к такому заключению подводит его позиция о необходимости иметь веру. Дело в том, что вера сама по себе является даром Божьим, но вера эта дается Богом всецело по Его воле и действенна она даже без совершения таинства; в то же время мы не можем утверждать обратное - что таинство действенно без веры. "Я могу заблуждаться в вопросе об индульгенциях, - провозгласил Лютер, - но скорее готов умереть, чем отступить в вопросе о необходимости веры в таинстве". Утверждение о необходимости веры для действенности таинств снижало роль священников, которые могли положить в рот просфору, но не в состоянии были вселить в сердце веру.
Далее Лютер утверждал, что священник не в силах совершать того, что, по утверждению Церкви, происходит во время мессы. Он не "творит Бога" и не "приносит в жертву Христа". Проще всего было бы выразить эту точку зрения, сказав, что Бог не присутствует в мессе, а Христос не приносится в жертву. Но Лютер был готов признать лишь последнее. Христос не приносится в жертву, поскольку Его жертва была совершена единожды и за всех на кресте, но Бог присутствует в хлебе и вине, поскольку Христос, будучи Богом, провозгласил: "Сие есть Тело Мое". Повторение этих слов священником, однако, не превращает хлеб и вино в тело и кровь Божьи, как учит католическая Церковь. Согласно учению о пресуществлении, хлеб и вино сохраняют свою форму, вкус, цвет и так далее, но утрачивают свою субстанцию, которая заменяется субстанцией Божьей. Отрицая это положение, Лютер в большей степени основывался на Писании, чем на логике. Перед ним как Эразм, так и Меланхтон указывали на то, что концепция субстанции основывается не на Библии, но выведена посредством схоластических умозаключений. По этой причине он вообще отказывался использовать ее, и его нельзя считать сторонником доктрины пресуществления. Для него таинство не было подобно падению тела Божьего с небес. Богу нет нужды низвергаться с небес, поскольку Он вездесущ и присутствует везде как поддерживающая и дарующая жизнь сила. Христос же, будучи Богом, также присутствует во всей Вселенной, но присутствие это скрыто от взора человеческого. По этой причине Бог избрал явить Себя человечеству на трех уровнях откровения. Первый из них - Христос, в Котором Слово стало плотью. Второй - Писание, где записано Слово произнесенное. Третье - таинство, в котором Слово являет Себя в еде и питье. Таинство не вызывает Бога подобно Аэндорской волшебнице, но являет Его там, где Он есть.
Прерогативы священника ограничивались в той же степени, в которой уменьшались и возможности, которыми он наделялся. Согласно католическому уложению, одно из различий между клиром и мирянами заключалось в том, что лишь священник причащается вином во время мессы. Ограничение это вызывалось опасением, что по своей неловкости мирянин может пролить Кровь Божью. Испытывая не меньшее благоговение по отношению к таинству, Лютер тем не менее не считал нужным оберегать его путем введения кастовой системы в Церкви. Несмотря на опасность, к чаше следовало допускать всех верующих. В его дни подобное заявление звучало весьма дерзко, поскольку требование допустить мирян к чаше причащения было кличем богемских гуситов. Обосновывали они его ссылкой на слова Христа, сказавшего: "Пейте из нее все". Католические истолкователи объясняли, что слова эти адресованы одним лишь апостолам, которые все были священниками. Лютер соглашался с этим, но одновременно язвительно указывал, что все верующие - священники.
Подобная точка зрения была чревата далеко идущими последствиями для доктрины о Церкви, и собственные взгляды Лютера на Церковь проистекали из его теории таинств. Выводы его в этой области не отличались, однако, ясностью, поскольку точка зрения Лютера на Вечерю Господню несколько противоречила его взглядам на крещение. Вот почему он мог быть одновременно в некотором смысле отцом конгрегационализма анабаптистов и территориальной церкви более поздних лютеран.
Его позиция по Вечере Господней вела к Церкви, состоящей из одних лишь убежденных верующих, поскольку он заявил, что действенность таинства зависит от веры получающего его. В таком случае оно должно быть в высшей степени индивидуально, поскольку индивидуальна вера. Всякая душа, настаивал Лютер, предстает обнаженной перед Творцом. Никто не может умереть вместо другого человека. Каждый должен пройти смертные муки в одиночку. "И тогда меня не будет с вами, а вас со мной. Каждый должен отвечать за себя". И сходное с этим высказывание: "Месса есть Божественное обетование, которое не может никому помочь, не применимо ни к кому, не может считаться ходатайством за кого-либо и никто, кроме самого верующего, не может воспринять его. Кто способен принять или применить к другому обетование Божье, предполагающее индивидуальную веру?"