Вальны сойм 1563 году пачаў сваю працу 12 траўня. Прычынай яго скліканьня стала небывалая параза, якую ў Полацкай вайне Масковія нанесла Літве. Страта аднаго з самых буйных і заможных гарадоў Княства, славы якога не засланяла нават слава сталіцы, была моцным ударам па прэстыжу дзяржавы.
Атрымаўшы вестку аб падзеньні Полацка, паны-рада прасілі вялікага князя Жыгімонта Аўгуста як мага хутчэй прыехаць з Польшчы ў Літву і склікаць вальны сойм. Ува ўсе канцы Княства паляцелі ганцы з лістамі аб выкліку на сойм прадстаўнікоў рыцарскага стану.
Усім было відавочна, што вайна з Масквой, якая да гэтага часу праходзіла ў Інфлянтах ці на памежных землях, трывала і надоўга перакінулася на абшары Літвы.
Ян прыбыў на першае паседжаньне сойму ў складзе сьвіты князя Радзівіла. Уся прастора залы, дзе павінны былі праходзіць саймаваньні, была запоўнена пасламі. Тут сабралася эліта Вялікага Княства Літоўскага, Рускага і Жамойцкага: сьвецкія і духоўныя саноўнікі, якія складалі дзяржаўную раду, дворныя і земскія ўрадоўцы, князі і паны харугоўныя, а таксама земскія паслы. Кожны займаў вызначанае рэглямэнтам месца, так што паслы ўтварылі чатырохкутнік, пакінуўшы ўсярэдзіне пляцоўку для выступоўцаў. Самыя знакамітыя магнаты сядзелі ў першым шэрагу, за іх сьпінамі стаялі астатнія паслы, а вялікі князь Жыгімонт Аўгуст разьмяшчаўся на троне пасярэдзіне галоўнай лініі гэтага чатырохкутніка.
Сойм распачаў сваю працу. Адны паседжаньні зьмяняліся другімі, падымаліся і вырашаліся дзяржаўныя пытаньні, незаўважна праляталі дні.
Ян ніколі не ўяўляў, што яму нагэтулькі цікава будзе сачыць за працай сойму. Разьвязаньне пытаньняў, якія тычыліся лёсу цэлай краіны і ўсяго народу, цалкам захапілі яго ўвагу. Ён забыўся на ўсё, што было раней, і жыў тым, што чуў і бачыў у гэтыя дні.
На самым пачатку саймаваньня пасламі было прызнана, што значная доля віны ў страце Полацка ляжала на магнатах, якія ці не зьявіліся на вайну ў вызначаны тэрмін, ці, зьявіўшыся, не прывялі з сабой той колькасьці ваяроў, што яны былі абавязаны сабраць. Таму на сойме абмяркоўваўся шэраг пастановаў з мэтай больш поўнага і спраўнага адбываньня вайсковай службы землеўладальнікамі шляхецкага стану.
Усе зямяне абавязаны былі з кожных дзесяці службаў выставіць аднаго ваяра са шчытом, дзідай і на кані, коштам ня меньш за 6 коп грошай. Хто не пастаўляў свайго ваярскага почту спраўна, той губляў маёнтак. Ніхто пад страхам сьмяротнага пакараньня ці пазбаўленьня гонару ня меў права пасылаць на вайну замест сябе служку ці найміта, за выключэньнем выпадкаў старэчай кволасьці, цяжкой хваробы ці адбыцьця іншай гаспадарскай ці земскай службы.
Перад адпраўленьнем на вайну харунжыя, паводле даўняга звычаю, павінны былі сабраць усю шляхту сваіх паветаў у вызначанае загадам месца, перапісаць ваяроў, запісаць тых, хто застаўся дома, а потым усім разам накіравацца да гетмана. У абавязкі харунжаму таксама ставілася сачыць за тым, каб ваяры не чынілі шкоды мясцовым жыхарам.
Зацьвердзіўшы гэтыя ды іншыя пастановы, Жыгімонт Аўгуст прызначыў збор паспалітага рушэньня на 1 жніўня ў Крэве.
Наступным пытаньнем, якое разглядалася, была сытуацыя з аплатай службы найманых жаўнераў. Сродкі земскага скарбу былі зусім вычарпаны, дзяржава завінавацілася ваярам немалую суму. Яшчэ да пачатку працы сойму Жыгімонт Аўгуст разаслаў па ліцьвінскіх замках лісты, у якіх заклікаў найманых жаўнераў не пакідаць службы і абяцаў ім выплаціць заслужанае па сваім прыезьдзе ў Літву. Станы адказалі, што разумеюць неабходнасьць новых фінансавых збораў на ваенныя патрэбы, і пісьмова заявілі вялікаму князю пра гатовасьць заплаціць срэбшчыну дзеля абароны краіны.
Не адна толькі вайна з Масквой абмяркоўвалася на сойме. На парадак дня было вынесена пытаньне, рашэньне якога чакалася многімі ўжо доўгі час. Размова ішла пра скасаваньне тых артыкулаў Гарадзельскага прывілею, у якіх правы і вольнасьці замацоўваліся толькі за шляхтай каталіцкай веры, і згодна з якімі толькі яна мела права паступаць на дзяржаўную службу і ўваходзіць у склад паноў-рады. На практыцы гэтыя артыкулы даўно ўжо ня дзейнічалі – і пратэстанты, і праваслаўныя на роўных з каталікамі ўдзельнічалі ў грамадзкім жыцьці краіны і кіраваньні дзяржавай. Але надыйшоў час, калі пратэстанцкая шляхта запатрабавала юрыдычна замацаваць роўнасьць усіх трох хрысьціянскіх канфэсіяў перад законам і дзяржавай. Пасьля рады з сэнатам Жыгімонт Аўгуст абвясьціў, што зьмешчаныя ў Гарадзельскім прывілеі абмежаваньні для некаталіцкай шляхты будуць зьнятыя. Ад гэтага часу прадстаўнікі ўсяго рыцарства і шляхецтва бяз розьніцы веры, каб яны толькі былі хрысьціянамі, мелі права атрымліваць ад вялікага князя пасады і ганаровыя званьні згодна з заслугамі перад Айчынай кожнай канкрэтнай асобы.