Он уцелел от последующих масштабных арестов левых эсеров, скорее всего, по причине своего нахождения на Украине, куда в январе-феврале 1919 г. вернулась Советская власть. Однако, чем он точно занимался с декабря 1918 г. по июль 1919 г. детально еще не выяснено. Но ровно год спустя после неудачи выступления левых эсеров в Москве, он снова появляется на политической арене, возглавив повстанческое движение крестьян Новохоперского уезда.
Его родная слобода Красненькая была занята белоказаками 22 июня 1919 г., а 7 июля здесь началось повстанческое движение. Между этими числами в слободе был организован Военно-Революционный Повстанческий Комитет (ВРПК) по образцу украинских комитетов в период Скоропадчины, и началась организационная работа среди крестьян слободы Красненькой, села Троицкого, слобод Бурляевки, Подосиновки, Пыховки и других мест. 6 июля был созван сход, на котором принято постановление ВРПК против мобилизации и материального обеспечения (деньгами и фуражом) казаков. На следующий день вспыхнуло восстание, сигналом к которому стал захват летучим отрядом за слободой военного обоза.
В процессе разворачивания движения ВРПК создал штаб, гражданский и политический отделы, комендатуру, контрразведку, отдел связи, хозяйственный отдел, оружейные мастерские, лазареты. Была объявлена мобилизация всех, способных нести оружие; из откликнувшихся на этот призыв скомплектовано в обще сложности десять рот и эскадрон кавалерии. После первого серьезного боестолкновения 9 июля был образован окружной ВРПК во главе с Я.С. Базарным и Военный штаб. Войска повстанцев делились на два батальона и отдельные роты, была развернута система местных Военно-Революционных Повстанческих Комитетов. В ходе достаточно кровопролитных боев, причем казакам удалось захватить и сжечь центр повстанческого движения – слободу Красненькую. Однако затем пришла поддержка со стороны регулярной Красной армии. Интересно, что взаимоотношения партизан с действовавшими с ними в дальнейшем, вплоть до отката Южного фронта, бок о бок красноармейцами походили на модель совместных боевых действий Красной армии с Революционной Повстанческой армией (махновцев).
Так, согласно приказу Краснянского окружного ВРПК за № 8 от 19 июля 1919 г., войсковые единицы повстанцев были сохранены с институтом выборных командиров, но в оперативном отношении подчинены Красной армии. По соглашению с командованием они должны были действовать вместе до выпрямления фронта. Таким образом, после подчинения в командованию 36 дивизии 8‑й армии Базарный продолжал руководить партизанским движением до момента отката фронта осенью 1919 г.
Вслед за изгнанием деникинцев Я.С. Базарный вновь вернулся к партийной работе на Украине. В марте 1920 г. он был схвачен в Харькове Всеукраинской ЧК во время ареста полном составе конференции Украинской ПЛСР. 11 арестованных были отправлены для разбирательства в Москву. Здесь, проведя под арестом два месяца, по словам левого эсера И.Е. Сувилова, «Базарный Я.С. подал заявление о выходе из партии левых с-ров и опубликовал его в печати»6. Однако, несмотря на формальный уход из партии, он продолжал впоследствии поддерживать дружеские связи с левыми эсерами, за что вновь подвергся аресту в 1923 г.
Позднее Базарный работал инспектором сельхозбанка, инструктором губживотноводсоюза, статистиком-экономистом в объединении «Главуголь» в родной губернии до тех пор, пока волна «Большого террора» не накрыла его вместе со всеми другими бывшими эсерами. Он был арестован 28 марта 1937 г. в качестве одного из главных обвиняемых по делу, в рамках которого нескольких районах Воронежской и Тамбовской областях проходило 89 человек. Среди них было немало бывших участников Краснянского восстания. Следствие приписывало Базарному создание «по заданию Всесоюзного нелегального эсеровского центра» «контрреволюционной повстанческо-террористической лево-эсеровской организации» в Воронежской области и связи с «вскрытой на Украине нелегальной лево-эсеровской организацией». В числе проходивших по одному с ним и по смежным делам красных партизан были два племянника Базарного и его старший брат, еще задолго до революции состоявший в РСДРП (б). 4 июня 1938 г. Я.С. Базарный был расстрелян7.
«Во Всероссийск[ую] Чр[езвычайную] Комиссию»
18 октября 1918 г. в Палатовке8, пограничном с Украиной пункте, на нашу партийную делегацию, пробирающуюся на Украину, было совершено дерзкое нападение бандитов-грабителей или немецко-гайдамацких агентов, в результате чего 3 ответственных наших т.т. были убиты: 1) т. Мина Капелуш, активн[ая] работница Гомельск[ой] организации; 2) Петриченко, Полтавской организации, рабочий ж.-д., член ЦИКУ[к]; и 3) Петровский, студент из Чернигова