Как уже было сказано, силы конфликта стали накапливаться в Воронеже с конца марта 1918 г., когда в город прибыл крупный отряд, состоявший из кавалерии (1200 чел.), 8 броневиков и другой техники. Скорее всего, часть этого отряда и заняла гостиницу Д.Г. Самофалова, располагавшуюся в центре города, рядом со всеми важнейшими учреждениями. Конфликт этот каким-то образом был урегулирован: анархисты арестованы и, по версии «Хроники» А.А. Комарова, осуждены ревтрибуналом.
11 апреля конфликт вспыхнул снова. Восставшие части, имевшие единое командование («оперативный штаб войск»), заняли телефонную станцию и гостиницу Д.Г. Самофалова. Центрами их также были Курский вокзал, где стояли броневики и, возможно, первоначально находился штаб, Мариинская гимназия, где стояли пешие части, а также здание духовной семинарии, где находилась кавалерия. Восставшие являлись в дом народных собраний (бывший дом губернатора), где располагался губисполком Совета и находился штаб рабочей дружины и в гостиницу «Бристоль», где был военный отдел Совета. Все эти здания, за исключением Курского вокзала, территориально расположены буквально в двух шагах друг от друга в центре города (проспект Революции).
Как и предполагали восставшие, большая часть гарнизона, комитет ПЛСР оказались на их стороне. Однако им не удалось договориться с дружинниками. Силы были явно не равны. Несмотря на то, что дружина была неплохо вооружена, имела не только винтовки, но и пулеметы, вряд ли она могла противостоять значительно превосходившим ее численно военным отрядам. Не надо также забывать, что костяк дружины состоял из левых эсеров и вряд ли настроения в ней по поводу восстания были монолитны.
Судя по всему, 11 апреля руководители восставших явились в военный отдел и потребовали создать согласительный орган – «федерацию анархистов». Примерно тогда же был арестован председатель комиссаром губпродкома В.Н. Люблин, который отказался выдать восставшим фураж и продовольствие. Представители официальной власти Н.Н. Рабичев, Н.И. Григорьев, И.С. Пляпис, Лебедев, несмотря на изначально громкие речи о возможности подрыва семинарии, решили не напрягать обстановку и пойти на договоренность с мятежниками.
Однако, 11 или 12 апреля в городе появились Н.Н. Карадашев, И.А. Чуев и Н.П. Павлуновский. Скорее всего, им было очевидно, что войска действуют самовольно. Был освобожден В.Н. Люблин, собраны силы: дружинники, в т. ч. с Придачи и Чижевки, артиллеристы с двумя орудиями, часть милиции, дружина молодежи и учащихся («Банковская боевая дружина») с броневиком, во главе с крупным в будущем военным деятелем Б.М. Иппо, а также Дьяковым и дружина железнодорожников Дубинина (упоминавшийся отряд железнодорожников Шустова, вероятнее всего, подчинялся Дубинину). М.А. Чернышев упоминал о наличии конного отряда, автомобилей и «пулеметного вооружения большого». Один из руководителей бобровских красногвардейцев В.В. Тарасов-Сокольский, также вспоминал о том, что принимал участие в подавлении восстания 12 апреля (штурм духовной семинарии), т. е. возможно был отряд и из Боброва47. К воспоминаниям В.А. Малаховского и жены командира Кексгольмского полка М.И. Качаловой-Бредихиной восходит информация о том, что прибывшие 12 апреля кексгольмцы сыграли очень важную роль в этих событиях48.
Интересно, что И.А. Чуев и руководство воронежских большевиков имели сомнения по поводу возможности подавления восстания при существовавшем соотношении сил. Напомним также, что восставшие были предупреждены левым эсером Н.И. Григорьевым. Однако, в конечном итоге, было постановлено действовать решительно.
12 или 13 апреля силы, подчинявшиеся губисполкому и губкому РКП(б), окружили Мариинскую гимназию и семинарию. Видя передвижение в центре города, часть восставших, находившаяся на Курском вокзале, переместилась на вокзал Воронеж-I. С.А. Спицын вспоминал: «наш отряд стал их задерживать, но они стали грозить нам, что если не пропустим, то откроют бой. Мы решили не пропускать их, разобрали ж.д. линии за мостом и задержали состав и направили их на станцию, на станции обезоружили, а некоторые сбежали в бывшую духовную семинарию, ныне дворец труда. В этот момент отобрали у анархистов много оружия, пулеметы и броневики»49. М.А. Чернышев, подтверждая факт разбора путей, приводит подробность о том, что эшелон с мятежниками был блокирован с двух сторон другими эшелонами, а также то, что к вокзалу подкатили имеющиеся орудия50. Важно отметить, что сидевшие в эшелоне совсем не собирались сдаваться и отстреливались. В дальнейшем, именно здесь произошли упомянутые выше неудачные переговоры с гибелью парламентеров. М.А. Чернышев, описывая разоружение эшелона, отмечал: «Таким образом, бронечасть мы взяли, но все главные люди бежали»51.