Поскольку крупные суда могут обрабатываться только в Амурском лимане, что дополнительно усложняется переменными приливно-отливными течениями и мелководьем с извилистым и изменчивым фарватером, часть новых больших барж и буксирных судов Амурской грузовой речной флотилии передана в ведение помощника коменданта крепости капитана второго ранга Тундермана, назначенного ответственным за организацию рейдовых работ. Начато расширение мастерских. Уже доставлены рабочие, станки и материалы из Сормова. Все работы ведутся за счет средств императорской семьи.
В связи с резким ростом объема перевозок через Николаевск потребовалось существенно улучшить разметку фарватеров на самой реке и в Амурском лимане. Огромный объем работ был выполнен в кратчайшие сроки под руководством помощника лоцмейстера Николаевской крепости поручика Седова.
Для защиты всего этого в устье Амура на мысах Те-бах и Пронге закончено строительство батарей временного типа по проекту начальника инженеров Николаевской крепости полковника Николаса, вооружаемых трофейной скорострельной артиллерией. Укрепления усилены минной станцией, перенесенной от Чнырраха с инженерными заграждениями и погружными решетками для мин Уайтхеда, изготовленными в Хабаровских артиллерийских мастерских, как на малмышской позиции. А все минное и наиболее современное береговое артиллерийское хозяйство из Малмыша и Софийска переехало в Чныррах, сменив имевшееся там старье. Так далеко отступать нынче стало не модно. Еще сохранившие боеспособность шести- и восьмидюймовые крепостные пушки и мортиры с Чнырраха и Мео использовали при организации противодесантной обороны, в том числе в Императорской Гавани и Де-Кастри. Расширена сеть сигнальных постов, с обязательной телеграфной связью.
Перевалка значительной части грузов на водный транспорт ощутимо разгрузила Китайскую восточную железную дорогу, дав возможность активнее использовать ее для переброски войск в пределах театра боевых действий. Теперь становилось вполне реальным быстро и существенно усилить Сахалинскую и Владивостокскую армейские группировки. Это позволит провести полномасштабную высадку на Курильских островах.
Для прикрытия атаки планом предполагалось одновременно напасть на несколько пунктов западного побережья острова Хоккайдо. В ходе обсуждения, учитывая, улучшение ситуации на железной дороге, вместо планировавшегося сначала простого набега решили развить акцию до десантной операции тактического уровня с кратковременным захватом нескольких небольших портов и разрушением укреплений в проливе Цугару. В том числе и крепости Хакодате с портами Муроран, Оминато и Аомори.
Кроме отвлечения внимания и, что не менее важно, наработки опыта в подобных делах, это позволяло существенно обезопасить наши коммуникации в северной части Японского и Охотском моря от возможных атак противника с его самых северных баз в проливе и заливе Муцу.
Судя по выкладкам штабов, несмотря на большой риск, при наличии достаточных сил, расширение атакуемой территории на самом северном из Японских островов до всего его западного побережья и пролива Цугару с нейтрализацией расположенных в нем морских баз становилось целесообразным и вполне реальным.
Кроме уменьшения угрозы для перевозок по всей северной части Японского моря и юга Охотского, в этом случае появлялась возможность освоения в перспективе дополнительного маршрута, как для снабжения Владивостока, так и для предстоящей быстрой и скрытной переброски войск в район Токийского залива. Сроки на детальную проработку и проведение операции по захвату портов на Хоккайдо отводились самые минимальные.
Вообще на заключительном этапе войны считалось желательным занятие возможно больших японских периферийных территорий, особенно на севере. Кроме весьма вероятного оттягивания этим сил противника в северные воды и, соответственно, ослабления блокады Цусимы и Корейских проливов, это должно было вынудить перебросить еще и часть войск из центральных территорий на Хоккайдо для отражения попытки нашей оккупации японских земель. Вполне вероятно, такие действия могли привести к существенному сокращению численности, в том числе и столичного гарнизона.
Помимо военной необходимости атака Хоккайдо имела и перспективные политические цели. Удержание контроля над несколькими, пусть вовсе и не нужными нам, портовыми городами с прилегающими к ним землями на этом острове давало возможность в ходе предстоящих мирных переговоров пойти на территориальные уступки, сохранив твердость в ключевых вопросах.