Таковы были действительные или кажущиеся соперники Годунова. И Борис приступил к устранению их. В отношении Романовых он до времени воздержался от решительных мер и, чтобы вернее впоследствии погубить, пока угодливой лестью и медовыми речами располагал их в свою пользу. Симеон Бекбулатович был удален в уединенное село Кушалино и там ослеплен по сказанию летописца. Борис в день ангела Симеона послал ему в подарок знаменитое испанское вино в знак своего расположения, смешанное с ядовитым зельем, тот поднял кубок во здравие царя и его «правителя» (любопытно, что к тому времени уже сложился обычай пить здравие обоих правителей одновременно) и вскоре ослеп. С Марией Владимировной Борис поступил не менее решительно: он убедил ее вернуться в Россию, что было равносильно необходимости принять иноческое пострижение — таков был на Руси обычай в отношении вдовствующих цариц. Мария Владимировна пошла на это: обеспеченная, покойная жизнь в родном краю, хотя бы и в монастыре, все же казалась милее безвольной свободы и зависимости в негостеприимной стране Она вернулась, приняла иноческий чин, и цель Бориса была достигнута. Оставалась, правда, малолетняя дочь Евдокия; для нее постриг был преждевременен, и… она погибла. Молва указывала на виновника ее гибели: то был тот же Годунов. Подозрение осталось явно недоказанным, но оно было тем более вероятно, что затем Борис не напугался предпринять еще более страшный шаг, благодаря которому он устранил наиболее опасного соперника — царевича Дмитрия.
Сущность этой кровавой угличской драмы общеизвестна, но подробности ее до сего времени остались загадочно-темными… Помимо явного соперничества Дмитрий был во всех отношениях опасен Годунову. С боярами Нагими — матерью и родственниками Дмитрия — Борис был с давних пор во враждебных отношениях. Он же стал виновником их ссылки в Углич. И в случае воцарения Дмитрия Годунову могло грозить от темницы до плахи включительно. И властолюбие, и желание обезопасить себя привело к решимости раз и навсегда покончить и с Дмитрием, и с Нагими. Помог в этом Борису усерднейший его приверженец, царский дядька, окольничий Лупп-Клешнин. Он указал на дьяка Битяговского как верного человека для исполнения злодейского поручения. Тот был послан в Углич (с сыном Данилой и племянником Никитой Качаловым) в качестве управителя земскими делами и двором царицы. Злодейское дело вскоре было исполнено. Девятилетний царевич был заколот ножом предателя. Но удивительное совпадение: убийство Дмитрия произошло 15 мая 1591 года, а затем, почти ровно через пятнадцать лет, 17 мая 1606 года пал жертвой мести народной Лжедмитрий, присвоивший себе имя убиенного царевича.
О том, что случилось в Угличе, немедленно была послана в Москву весть с гонцом. Но Борис принял меры предосторожности: вестника перехватили, привезенную им грамоту подменили подложной, о которой и доложили царю. Грамота извещала, что царевич умер от болезни и несчастного случая: в припадке черной немочи он якобы ранил себя ножом. Несмотря на маловероятность сообщения, кроткий царь поверил: он уже не мог не верить Борису. «Да будет воля Господня», — смиренно сказал он и поручил все дело Борису. Тот не замедлил послать следствие. Результат его заранее был предопределен: следователями были назначены тот же Лупп-Клешнин и князь Василий Иванович Шуйский, недавний явный враг Годунова, а нынче его ярый приверженец. Годунов умел выбирать людей, не ошибся он и на этот раз: Василий Иванович, несмотря на явные улики против Битяговского, блестяще доказал то, что угодно было Борису. Он вообще оказался мастером доказывать: пятнадцать лет спустя, перед воцарением Лжедмитрия, он, распинаясь, доказывал Москве, что Дмитрий 15 мая 1591 года убит не был и чудом спасся. А позже, перед своим воцарением, Василий Иванович заявил обратное…