Что касается угличской драмы, то дальнейшие последствия ее для Нагих — несчастной царицы-матери убиенного царевича и ее родственников — не могли не сказаться: их, привезенных в оковах в Москву, пытали; царица, насильно постриженная, была сослана в Никольскую пустынь на Выксе (Новгородской области), а остальных Нагих сослали в различные отдаленные города и заключили в темницы; им всем ставилось в вину умышленное подстрекательство народа к убийству Битяговского с сыном и племянником, которые на самом деле были убиты угличанами, пришедшими в ярость от их злодейства. Затем жители Углича, как соучастники Нагих, были кто казнен, кто заключен в темницу, а остальные сосланы в Пелым. Даже колокол, возвестивший о свершившемся, был отправлен в Сибирь. Что касается самих виновников убийства, то их тела торжественно предали земле, а вдов и сирот хорошо обеспечили.
Так закончилась угличская драма и был совершен Годуновым непоправимый ложный шаг. Борис хотел, достигнув высших благ для себя, став царем, облагодетельствовать Россию, и он же ее погубил. После убийства Дмитрия на Руси возникло явление, получившее название «самозванства». Самозванцы создали Смутное время; благодаря им Россия чуть не попала под власть иноземных царей. Существует даже предание, что Борис после убиения Дмитрия сам воспитал юношу, похожего на него, на случай, если бы его надежда на избрание царем после Федора Иоанновича почему-либо потерпела поражение. В этом случае, чтобы спасти свое положение, он выставил бы воспитанника в качестве истинного царевича, имевшего законные права на престол.
Итак, ближайшие соперники были удалены. Оставалось покончить с Романовыми. Это дело Борис отложил до ближайшего случая и стал ждать смерти царя, чтобы занять его престол.
Седьмого января 1598 года кроткий царь, который последние годы своей жизни всецело посвятил молитве, праведно и мирно почил, оставив престол царице Ирине. Прекратилось тихое царствование последнего отпрыска Мономаховой крови. Народ при жизни Федора отдохнул от гнета тяжелых лет грозного правления Иоанна Васильевича. Но царствование Федора не имело естественного и полного покоя. Страна переживала лишь временное, кажущееся затишье перед новой бурей. Как только злой гений Годунова расправил свои крылья, народный поток грозно забурлил, и в нем слились разные течения: одно составлял преданный родине и престолу народ, который желал себе могучего природного царя из исконно русского царственного рода и который не мог мириться с насильником Годуновым, выходцем из татар, подозреваемым в убийстве царевича, прямого потомка стародавних русских царей. Другое течение составляли отщепенцы, придерживающиеся порядка и разумной жизни. Неизбежным стало то, что случилось. В грядущей смуте люди порядка должны были сильнее закалиться, чтобы, сплетясь, избрать основателя новой могучей династии. Люди смуты должны были в ней погибнуть, чтобы уцелевшие от гибели увидели в порядке единый, верный путь государственной жизни. Благодаря Годунову бурный народный поток прорвал последние сдерживавшие его плотины, возведенные неверной дрожавшей рукой терзаемого муками совести правителя. Нет худа без добра: наступила гроза, которая была очистительной, а жертвы — искупительные.
Итак, праведно почивший Федор оставил престол бездетной Ирине, женщине разумной, наделенной светлой головой и добрым сердцем. К сожалению, царица устрашилась бремени правления и на девятый день после смерти супруга приняла иночество в Новодевичьем монастыре под именем Александры. Несомненно, решение это исподволь подготовил брат, имевший на сестру огромное влияние. Также были подготовлены бояре к мысли о неизбежности избрания царем Бориса. После пострижения Ирины они направились в Новодевичий монастырь, куда удалился к сестре Борис, и молили его принять венец Мономахов. Но, желая укрепить свое избрание волей, выраженной якобы всем народом, он отклонил их просьбы и настоял, чтобы для решения вопроса о выборе царя был созван Земский собор. Результатом недолгого совещания наспех собравшегося собора стали возгласы: «Да здравствует государь наш, Борис Федорович!» Но он хотел еще сильнее упрочить свое избрание. Оставаясь в монастыре и предаваясь плачу и горести, он продолжал отказываться. Тогда под предшествием патриарха Иова и всех владык, несших иконы, Москва двинулась к монастырю молить несговорчивого правителя. Взяли даже особо чтимую Смоленскую икону Богоматери, хранившуюся в монастырском соборе, которую вынесли навстречу Борису: сама Богоматерь как бы явилась молить Годунова! Дрогнуло сердце, и Борис, обливаясь на этот раз уже искренними слезами, пал ниц перед иконой. Но даже в эти минуты не мог он воздержаться от лицемерного вопроса: