В 1594 г. умерла царевна Феодосия, дочь Федора. Сам царь был недалек от смерти. Есть указания, что еще в 1593 г. московские вельможи рассуждали о кандидатах на московский престол и намечали даже австрийского эрцгерцога Максимилиана. Это указание очень ценное, так как рисует настроение боярства. В 1598 г. скончался Федор, не назначив наследника. Все государство признало власть вдовы его Ирины, ко она отказалась от престола и постриглась. Открылось междуцарствие. Было 4 кандидата на престол: Ф. Н. Романов, Годунов, князь Ф. И. Мстиславский и Б. Я. Бельский. Шуйские занимали в это время приниженное положение и не могли явиться кандидатами. Самым серьезным претендентом, по мнению Сапеги, был Романов, самым дерзким — Бельский. Между претендентами шла оживленная борьба. В феврале 1598 г. был созван собор. По своему составу и характеру он ничем не отличался от других бывших соборов, и никакой подтасовки со стороны Годунова подозревать нельзя; наоборот, по составу своему собор был скорее неблагоприятен для Бориса, так как главной опоры Годунова — простых служилых дворян — на нем было мало, а лучше и полнее всего была представлена Москва, то есть те слои аристократического дворянства московского, которые не особенно благоволили к Годунову. На соборе, однако, царем был избран Борис; но уже вскоре после избрания бояре затеяли интригу.
Из донесения польского посла Сапеги видно, что большая часть московских бояр и князей, с Ф. Н. Романовым и Бельским во главе, задумали посадить на престол Симеона Бекбулатовича. Этим объясняется, почему в «подкрестной записи», данной боярами после венчания Годунова на царство, говорится, чтобы им не хотеть на царство Симеона.
Первые три года царствования Годунова прошли спокойно, но с 1601 г. пошли неудачи. Наступил страшный голод, который продолжался до 1604 г. и во время которого погибло иного народу. Масса голодного населения разбрелась по дорогам и стала грабить. Стали ходить слухи, что царевич Дмитрий жив.
Все историки согласны в том, что в появлении самозванца главная роль принадлежала московскому боярству. Может быть, в связи с появлением слухов о самозванце стоит опала, постигшая сначала Бельского, а затем и Романовых, из которых наибольшей популярностью пользовался Федор Никитич. В 1601 г. они все были отправлены в ссылку, Федор Никитич был пострижен под именем Филарета. Вместе с Романовыми были сосланы их родственники: князья Черкасские, Ситские, Шестуновы, Карповы, Репины.
Вслед за ссылкою Романовых стали свирепствовать опалы и казни. Годунов, очевидно, искал нитей заговора, но ничего не находил. А между тем озлобление против него усиливалось. Старое боярство (бояре-князья) понемногу оправлялось от гонений Грозного и станови лось во враждебные отношения к царю неродовитому.
Когда самозванец перешел через Днепр, настроение Северской Украины и вообще юга как нельзя больше благоприятствовало его намерениям. Вышеуказанные экономический кризис согнал на рубежи Московского государства толпы беглецов: их ловили и неволею записывали в государеву службу; они должны были покоряться, но сохраняли глухое раздражение, тем более что их угнетали службою и десятинной пашней на государство… Таким образом, горючий материал был готов. Набранный из беглецов служилый люд да отчасти и боярские дети Украинской полосы признали самозванца.
После смерти Бориса бояре-князья в Москве стали против Годуновых, и последние погибли. Самозванец с торжеством направился к Москве. В Туле его встретил цвет московского боярства — князья Василий, Дмитрий и Иван Шуйские, князья Мстиславский и Воротынский. Тут же в Туле самозванец показал боярам, что им с ним не жить: он их принял очень грубо, «наказываше и лаяше», и во всем давал предпочтение казакам и прочей мелкой братье.
Самозванец не понял своего положения, не понял роли боярства, и оно сейчас же стало действовать против него. 20 июня самозванец приехал в Москву, а уже 30 июня состоялся суд над Шуйскими. Таким образом, не прошло и 10 дней, как Шуйские подняли уже борьбу против самозванца. На этот раз они поспешили, но скоро у них нашлись союзники. Первым примкнуло к боярам духовенство, а за ним последовал и торговый класс. Подготовка восстания началась в конце 1605 г. и тянулась полгода. 17 мая 1606 г. до 200 бояр и дворян ворвались в Кремль, и самозванец был убит.