Между тем Болотников разбил царских воевод и двигался к Москве. По дороге он соединился с дворянскими ополчениями, вместе с ними подошел к Москве и остановился в селе Коломенском.
Положение Шуйского стало крайне опасным. Почти половина государства поднялась против него, мятежные силы осаждали Москву, а у него не было войск не только, для усмирения мятежа, но даже для защиты Москвы. К тому же мятежники отрезали доступ хлеба, и в Москве начался голод. Среди осаждавших обнаружилась, однако, рознь: дворянство — с одной стороны, холопы, беглые крестьяне — с другой могли мирно жить только до тех пор, пока не узнали намерений друг друга.
Как только дворянство познакомилось с целями Болотникова и его армии, оно немедленно отшатнулось от них. Сунбулов и Ляпуновы, хотя им и ненавистен был установившийся в Москве порядок, предпочли Шуйского и явились к нему с повинной. За ними стали переходить и другие дворяне. Тогда же подоспело на помощь ополчение из некоторых городов, и Шуйский был спасен.
Болотников убежал сначала в Серпухов, затем в Калугу, из которой перешел в Тулу, где засел вместе с казачьим самозванцем Лжепетром. Этот новый самозванец появился среди терских казаков и выдавал себя за сына царя Федора, в действительности никогда не существовавшего. Появление его относится еще ко времени первого Лжедмитрия. К Болотникову пришел Шаховской; они решили запереться здесь и отсиживаться от Шуйского. Численность их войска превышала 30 000 человек.
Весною 1607 г. царь Василий решил энергично действовать против мятежников; но весенняя кампания была неудачна. Наконец летом с огромным войском он лично пошел на Тулу и осадил ее, усмиряя по дороге восставшие города и уничтожая мятежников: целыми тысячами сажали «пленных в воду», то есть попросту топили. Треть государственной территории была отдана войскам на грабеж и разорение. Осада Тулы затянулась; ее удалось взять только тогда, когда придумали устроить на р. Упе плотину и затопить город. Шаховского сослали на Кубенское озеро, Болотникова — в Каргополь, где и утопили, Лжепетра повесили. Шуйский торжествовал, но ненадолго.
Вместо того чтобы идти усмирять северские города, где мятеж не прекращался, он распустил войска и вернулся в Москву праздновать победу.
От внимания Шуйского не ускользнула социальная подкладка движения Болотникова. Это доказывается тем, что он рядом постановлений задумал укрепить на месте и подвергнуть надзору тот общественный слой, который обнаружил недовольство своим положением и стремился изменить его. Изданием подобных постановлений Шуйский при знал существование смуты, но, стремясь победить ее одной репрессией, обнаружил непонимание действительного положения вещей.
К августу 1607 г., когда В. Шуйский сидел под Тулой, появился в Стародубе Северском второй Лжедмитрий, которого народ очень метко окрестил Вором. Стародубцы уверовали в него и стали помогать ему. Скоро вокруг него составилась сборная дружина из поляков, казачества и всяких проходимцев. Это не была земская дружина, которая собралась вокруг Лжедмитрия I: это была просто шайка «воров», которая не верила в царское происхождение нового самозванца и шла за ним в надежде на добычу. Вор разбил царское войско и остановился близ Москвы в селе Тушине, где и основал свой укреп ленный стан. Отовсюду к нему стекались люди, жаждавшие легкой наживы. Особенно усилил Вора приход Лисовского и Яна Сапеги.
Положение Шуйского было тяжелое. Юг не мог ему помочь; собственных сил у него не было. Оставалась надежда на север, сравнительно более спокойный и мало пострадавший от смуты.
С другой стороны, и Вор не мог взять Москвы. Оба соперника были слабы и не могли одолеть друг друга. Народ развращался и забывал о долге и чести, служа попеременно то одному, то другому.
В 1608 г. В. Шуйский послал своего племянника Михаила Васильевича Скопина-Шуйского за помощью к шведам. Русские уступили Швеции город Карелу с провинцией, отказались от видов на Ливонию и обязались вечным союзом против Польши, за что и получили вспомогательный отряд в 6000 человек. Скопин двинулся из Новгорода к Москве, очищая по пути северо-запад от тушинцев. Из Астрахани шел Шереметев, подавляя мятеж по Волге. В Александровской слободе они соединились и пошли к Москве. К этому времени Тушино перестало существовать. Случилось это таким образам: когда Сигизмунд узнал о союзе России со Швецией, он объявил ей войну и осадил Смоленск. В Тушино были посланы послы к тамошним польский отрядам с требованием присоединения к королю. Среди поляков начался раскол: одни повиновались приказу короля, другие — нет.