Осада Троице-Сергиевской лавры все еще продолжалась. Мужественная братия среди тяжких лишений нравственно изнывала и уже численно уменьшалась от вражеских ядер, цинги и других болезней — следствия голода, и тщетно молила Василия Ивановича прислать подкрепление. Вняв мольбам осажденных, царь московский ограничился присылкой… шестидесяти человек. Но приближались Скопин и Делагарди. Уже в июле 1609 года они при Калягине разбили пришедшего сюда Яна Сапегу, послали монастырской братии сильную подмогу в количестве тысячи ратников, а в январе следующего года заставили Сапегу снять осаду и освободили лавру С каждым днем рать доблестного князя Скопина-Шуйского усиливалась; народ, изнуренный насилием и грабежами тушинских воровских шаек и поляков, готовился уже воспрянуть духом и дать врагам отпор. Со всех сторон под стяг молодого вождя собирались толпы вооруженных людей.
Это начавшееся среди простонародья и крестьян брожение передалось московскому простому люду в Тушине, и возникло недовольство против «вора». Народ, присягнувший ему, приходил в смущение, то же испытывали и тушинские поляки. Осада Смоленска польским королем привела их в величайшее недоумение. Выходило, что вся их упорная работа должна пойти насмарку: не они, а король воспользуется плодами их стараний. И, негодуя на Сигизмунда, тушинские поляки во главе с Рожинским составили, следуя обычаю, господствовавшему в древней Польше, союз-конфедерацию против короля. Конфедерация предъявила ему требование, чтобы он отправился обратно и предоставил тушинцам самим воспользоваться плодами своих подвигов. Король предлагал конфедератам свое войско и помощь. Вместе с тем он забрасывал удочку всюду, где могло клюнуть: писал Василию Ивановичу, уверяя его в своей дружбе, патриарху Гермогену и московским боярам, убеждая признать его царем, поручил своим сенаторам написать и «тушинскому вору». Получалась полная неразбериха. Хитрый и ловкий Ян Сапега, не желая явно ссориться с королем, первый вошел с ним в переговоры. Другие польские вожди из тушинского лагеря последовали его примеру. Положение «вора» стало незавидным: поляки тайно от него сговаривались с королем, московские «перелеты» выражали ему уже явное неуважение. И «вор», рассчитав, что в тушинской столице оставаться больше небезопасно, решил бежать в Калугу, которая была хорошо укреплена. За ним следом вскоре туда прибыла и Марина.
Оставшись без «царя» и «царицы», тушинские «бояре» не нашли ничего лучшего, как искать спасения личного и отечества в признании царем московским сына Сигизмунда, Владислава. Для этого представители «тушинского вора» — князь Рубец-Масальский и Федька Андронов отправились во главе посольства под Смоленск. Они подали Сигизмунду грамоту, которая исходила якобы от имени патриарха и духовенства, Думы и всех русских людей, призывавших Владислава царствовать. Насколько это соответствовало истинному положению вещей, об этом Сигизмунд мало заботился. Он милостиво принял посольство, поколебался для приличия и дал согласие. «Выборные всея земли», так как не было королевича, принесли присягу его отцу, что вполне входило в расчеты Сигизмунда, совершенно и не думающего уступать сыну новый, так легко доставшийся ему трон. Впрочем, во избежание недоразумений на ближайшее время король сказал, что сын малолетен и поэтому отцу необходимо править расстроенной смутой страной совместно с ним. Оговорка была понятной, и против нее не возражали. Таким образом. Московское государство при деятельном участии сапожника Федьки Андронова оказалось переданным во власть польского короля.
А что же в это время делал царь московский Василий Иванович? Ему в сущности было не до Сигизмунда, так как его личные дела были плохи. Еще в 1609 году недовольство Шуйским, продолжавшим считать, несмотря на государственные бедствия, что все у него обстоит благополучно, завершилось попыткой свергнуть его, которая повторилась дважды. Ко времени признания тушинцами Сигизмунда стало несомненно, что на Василия Ивановича, как на спасителя Москвы от поляков и от все разгоравшейся смуты, надежда плохая. Все взоры обратились тогда на молодого отважного витязя Михаила Скопина-Шуйского, освободителя Троице-Сергиевской лавры, который вступил победителем в Москву, освобожденную, правда временно, от близости врагов. Казалось, судьба готовит несчастной Москве в лице одаренного племянника талантливого заместителя неудачнику-дяде: Так вполне определенно думал рязанский воевода Прокопий Ляпунов: ожесточенный против Василия Ивановича и в силу давних личных счетов, и в силу соображений о вреде, причиняемом государству его неумелым правлением, Ляпунов еще перед вступлением Скопина в Москву прислал к нему гонцов с предложением содействия в занятии престола. Тот с негодованием отверг это предложение. Но было немало и других людей, которые видели спасение Москвы в Скопине. По-другому думал брат царя, Дмитрий Иванович, человек злой и честолюбивый, которому казалось, что, не будь Скопина, ничто не помешает ему в случае свержения или смерти Василия Ивановича занять престол. Поэтому именно ему народ приписал внезапную смерть своего доблестного любимца: 2 мая 1610 года, во время пира на крестинах в доме князя Ивана Воротынского, свояка Василия Ивановича, у Скопина открылось кровотечение, и через два дня его не стало. На Дмитрия Шуйского пало обвинение в отравлении счастливого своего соперника. Насколько это было справедливо, осталось невыясненным. Но если Дмитрий Шуйский действительно был причастен к смерти Скопина, то он оказал плохую услугу и себе, и Василию Ивановичу: слабый царь после смерти племянника, выдающегося полководца, лишился последней поддержки, а Дмитрия Шуйского, и раньше не пользовавшегося народной любовью, еще сильнее возненавидели, видя в нем виновника смерти. А между тем наступали минуты, когда жизнь Скопина-Шуйского была более чем когда-либо нужна Москве: Василий Иванович хоть и поздно, но взялся за ум, решив приложить последние усилия, чтобы победить Сигизмунда, и через месяц после кончины Скопина почти пятидесятитысячное войско в составе московской и шведской ратей выступило в поход к Смоленску. Его вели доблестный соратник и друг Скопина — Делагарди и тот же бесталанный брат царя — Дмитрий Иванович. Поход не обещал удачи: войско опытного Делагарди, состоявшее из непослушных и алчных иноземцев-наемников (в состав его входили шведы, французы, англичане, шотландцы, брабандцы, голландцы), было ненадежно без Скопина, умевшего влиять на эту армию «бесчестных плутов» (по выражению самого шведского короля), а московское войско, представлявшее значительную силу при любимом вожде, было ненадежно при слабом заместителе. Последствия подобного положения сразу сказались при первом крупном столкновении с войсками гетмана Жолкевского под Клушином: французы и шотландцы Делагарди, не получив вовремя жалованья, в решительную минуту отступили и подали другим пример к измене, а Дмитрий Иванович показал своим ратникам пример к бегству — в опасную минуту он малодушно вскочил на лошадь и первым ускакал. Поляки торжествовали. Города один за другим открывали ворота и сдавались клушинскому победителю, гетману Жолкевскому, с каждым днем все ближе продвигавшемуся к Москве. С противоположной стороны к ней приближалась из-под Калуги мятежная рать «тушинского вора», решившего, что для него среди общего смятения наступило самое удачное время сесть на московский престол. Раскинув лагерь в пятнадцати верстах от Москвы, возле Николо-Угрешского монастыря, куда его провожала и Марина, «вор» вошел в переговоры с некоторыми московскими боярами. Завел сношения и гетман Жолкевский. Решил половить рыбку в мутной воде и староста усвятский Ян Сапега, который тоже не прочь был занять московский трон. Наконец, и Василий Голицын, давний соперник Василия Ивановича, подумывал, не воспользоваться ли и ему удачной минутой. Словом, от посягателей на московский престол отбоя не было. Наиболее же сильным из них казался королевич польский, уже приглашенный царствовать. Отец его не скупился на щедрые и заманчивые обещания. Но прежде чем выбрать нового царя, необходимо было свергнуть Василия Ивановича, ибо никто уже не сомневался, что дни его сочтены. И свержение Шуйского произошло 17 июля. Захар Ляпунов, брат рязанского воеводы, вместе с единомышленниками проник в Кремль и предложил Василию Ивановичу отречься от престола. Тот воспротивился этому и даже пытался выхватить кинжал.