— Не тронь, не то на куски разорву! — грозно прикрикнул Ляпунов. Однако Василий Иванович не уступал. Тогда его с молодой женой увезли из Кремля домой, где он жил до воцарения. Тем временем, узнав о мятеже, на Красную площадь сбежался народ. В числе немногих приверженцев царя пришел патриарх Гермоген, который хотел успокоить народ, но ему не дали говорить. Собравшиеся двинулись за Серпуховские ворота, и там, по словам летописца, князь Ф. И. Мстиславский и все бояре, высшие чиновные люди, боярская Дума и окольничьи, всякого чина люди, дворяне и гости приговорили вопреки возражениям патриарха и нескольких бояр низложить Василия Ивановича, а верховное правление впредь до избрания нового государя передать князю Ф. И. Мстиславскому с боярами. На следующий день Захар Ляпунов с несколькими боярами и чудовскими иноками привез эту печальную весть Василию Ивановичу, который трепетно ждал решения своей участи в том доме, где четыре года назад он на ночном совете решил низвергнуть самозванца и занять престол. Затем ему объявили еще более печальную новость, лишавшую его уже всякой надежды на возможность когда бы то ни было занять царский престол и разлучавшую с молодой женой: его решили постричь в монахи. Василий Иванович всячески упирался, и его постригли насильно: князь Туренин, а по иному сказанию, князь Тюфякин или Иван Салтыков произносили за безмолвно стоявшего старика обеты иночества. Постригли насильно и несчастную молодую жену его царицу Марию. Затем Василия Ивановича отвезли в Чудов монастырь, а царицу — в Ивановский. Впереди сверженного царя ждали еще более горькие испытания.
С устранением Василия Ивановича власть перешла к собранию бояр, называвшемуся по количеству членов, туда входивших, «семибоярщиной». В ее состав входили следующие представители старейших княжеских родов: Федор Иванович Мстиславский, И. М. Воротынский, А. В. Трубецкой, А. В. Голицын, Иван Никитич Романов и два его родственника — Ф. И. Шереметев и Б. М. Лыков. Первой заботой нового правительства было решить вопрос об избрании царя. Гетман Жолкевский хотел, чтобы им был Владислав. Это предложение отклонялось боярами. Но когда Жолкевский подошел почти вплотную к Москве, став от нее (под Хорошевом) на расстоянии семи верст, и когда с другой стороны стал угрожать с немалыми мятежными силами «вор», боярам скрепя сердце пришлось войти с Жолкевским в переговоры, которые закончились 17 августа призванием на царство Владислава. Решение этого вопроса взяли на себя от лица «всея земли» старейшие бояре — князья Ф. И. Мстиславский, В. В. Голицын и Д. И. Мезецкий. В основу соглашения с Сигизмундом был положен тушинский договор. Наиболее острые споры вызвал вопрос о присоединении Владислава к православию. Жолкевский сумел хитро обойти этот опасный подводный камень, сославшись на отсутствие у него законного полномочия со стороны Сигизмунда для решения. Закончили на том, что позже состоится дополнительное соглашение с самим королем, причем бояре утешали себя мыслью, что им удастся склонить королевича к принятию православия. Жолкевский же, не разочаровывая бояр, думал иначе.
На следующий день состоялось торжество принесения Москвой присяги новому царю. Затем начались пиры: Жолкевский чествовал бояр, затем князь Мстиславский приветствовал гетмана ответным роскошным пиршеством. Попировали, обменялись подарками и принялись сообща решать неотложные государственные вопросы. Прежде всего необходимо было покончить с «вором», продолжавшим угрожать Москве. Против него двинулась соединенная польская и московская рать. «Вор» и Марина бежали из Николо-Угрешского монастыря и снова укрепились в Калуге, куда за ними последовал с сильным казацким отрядом Иван Заруцкий: отказ Жолкевского передать ему начальствование над московской ратью обидел самолюбивого атамана, недавнего участника победы под Клушином, и он в отместку перешел на сторону «вора».
Поляки между тем прибрали Москву к рукам. Жолкевский прежде всего решил удалить опасных новому правительственному строю людей, таких, как В. В. Голицын, все еще не терявший надежды на царский престол, и митрополит Филарет, старший представитель рода Романовых, имя которых не раз упоминалось при решении вопроса об избрании царя. (Филарет раньше вернулся в Москву, освободившись от польского плена во время стычки шведско-русского войска с отрядом поляков, которые повезли Филарета из Тушина в Смоленск.) Для удаления этих и других опасных лиц Жолкевский нашел удобный предлог на них возложена была почетная обязанность отправиться под Смоленск во главе многочисленного посольства (в состав его входило около тысячи двухсот пятидесяти лиц и до четырех тысяч писарей и слуг) для завершения переговоров с Сигизмундом. Вместе с тем покончен был раз и навсегда вопрос о Василии Ивановиче. Желая доказать искреннюю приверженность Москвы Сигизмунду, бояре решили отправить его заложником в Польшу.
Избавившись, таким образом, от лиц, представлявших какую бы то ни было опасность новому строю, поляки начали хозяйничать в Москве. До половины сентября они продолжали стоять в нескольких верстах от города. У Жолкевского войско было хотя и немалочисленно, но и недостаточно сильно, чтобы, заняв Москву, удержать ее в случае нового народного восстания. Поэтому он ждал прихода Сигизмунда. Но король польский не хотел двигаться из-под Смоленска, не завоевав его, и, ведя льстивые переговоры с прибывшим посольством, продолжал засыпать ядрами город, входивший в состав той страны, царем которой был избран его сын. Сигизмунд был человек расчетливый: он боялся предпочесть журавля в небе и выпустить синицу из рук. Смоленск был необходим ему на тот случай, если бы все дело с русским престолом рухнуло и ему пришлось вернуться в Польшу. Показаться сейму с пустыми руками честолюбивый Сигизмунд считал неудобным.
Между тем в Москве уже ходили слухи, что бояре обманули народ, что престол московский займет вовсе не Владислав, а сам король польский. Опасаясь мятежа, Федор Иванович Мстиславский убедил Жолкевского занять Москву. Он, покинутый королем, согласился на это неохотно. Но лишь поляки заняли пригороды и не только мужские, но и женские монастыри, как Москва пришла в неописуемое волнение. Забурлили недовольные такой стоянкой и поляки, которым давно уже не выплачивалось жалованье: они нетерпеливо дожидались того блаженного времени, когда им удастся завладеть Кремлем с его сокровищами. Таким образом, предпринятая полумера со стоянкой польской рати под Москвой оказалась негодной. Приходилось решить вопрос окончательно, и Федор Иванович Мстиславский с боярами пошел на это. Как ни возражал патриарх Гермоген против ввода поляков в саму Москву, Федор Иванович, оборвав патриарха грубым замечанием, что «не попам-де управлять государством», остался непреклонен, и в ночь на 24 сентября поляки тайком от спавших жителей были введены в Кремль. Утром москвичи ахнули, но делать было нечего: приходилось временно предпочесть худой мир доброй ссоре. Жолкевский, видя, что при дальнейшем промедлении Сигизмунда такой ссоры не миновать, засиживаться в Москве не стал и, сдав команду над польским войском Гонсевскому, благоразумно удалился к Смоленску.
И началась для Москвы мрачная пора. Правительство «семибоярщины» хотя и существовало еще по названию, но на самом деле его не было. Новый «боярин московский» Гонсевский, пожалованный в это звание Сигизмундом, был начальником гарнизона. Ему была поручена команда над стрельцами, и в его руках оказалась вся внутренняя городская полиция. К концу октября он ввел в городе осадное положение, и Москва стала в полновластном его распоряжении. Бывший кожевник Федька Андронов, пожалованный еще «тушинским вором» должностью думного дьяка, верховодил теперь в московской Думе и даже позволял себе возвышать голос на старейшего московского боярина князя Федора Ивановича Мстиславского. Он получил высокое назначение помощника московского казначея Василия Головина, вскоре разделался со своим начальником и стал полным хозяином московской казны. И пошло ее расхищение. Поляки были жадны, но и московские люди, развращенные смутой, не уступали им в грабежах. Когда не стало денег, обратились к хищению кремлевских сокровищ. Не пощадили даже священных сосудов, покровов с царских гробниц в Архангельском соборе. Церкви осквернялись, стреляли в иконы, срывали с них священные ризы. В церкви Святого Иоанна существует до сих пор «отвращенная» икона Святителя Николая: предание гласит, что лик Святителя в ужасе отвернулся при виде тех кощунственных поруганий, которые делали поляки. Гонсевский, пытавшийся на первых порах поддерживать порядок и безжалостно наказывавший ослушников, сам вскоре начал обращаться с Москвой своевольнее, чем его подчиненные с жителями. Разнузданные поляки стали безнаказанно чинить москвичам уже явные насилия. Женщины не могли выйти на улицу, боясь быть обесчещенными. Злоба на поляков росла, вызывала месть и кровопролитные столкновения. Мрак зловещих и грозных предчувствий опускался над Москвой. Настоящее было страшно, будущее казалось еще ужаснее. Тревога волновала умы и сердца москвичей.