Между тем Скопин-Шуйский с торжеством 12 марта 1610 г. вошел в освобожденную Москву. Москва ликовала, с великой радостью приветствуя двадцатичетырехлетнего героя. Ликовал и Шуйский, надеясь, что дни испытания кончились.
Но во время этих ликований Скопин внезапно умер. Пошел слух, что его отравили. Есть известие, что Ляпунов предложил Скопину «ссадить» Василия Шуйского и самому занять престол, но Скопин отверг это предложение. После того как об этом узнал царь, он охладел к племяннику. Во всяком случае смерть Скопина разрушила связь Шуйского с народом.
Над войском стал воеводой брат царя, Дмитрий, совершенно бездарная личность. Он двинулся на освобождение Смоленска, но у деревни Клушино был позорно разбит польским гетманом Жолкевским. Жолкевский ловко воспользовался победой: он быстро пошел к Москве, по дороге овладевая русскими городами и приводя их к присяге Владиславу. К Москве же поспешил из Калуги и Вор. Когда в Москве узнали об исходе сражения при Клушине, поднялся «мятеж велик во всех людях — подвизашася на царя». Приближение Жолкевского и Вора ускорило катастрофу. В свержении с престола Шуйского главная роль выпала на долю служилого класса, во главе которого агитировал Захар Ляпунов. Немалое участие принимала в этом и дворцовая знать, в том числе Филарет Никитич. После нескольких неудачных попыток противники Шуйского собрались у Серпуховских ворот, объявили себя советам всей земли и «ссадили» царя.
Москва очутилась без правительства, а между тем оно ей было нужно теперь больше, чем когда-либо: с двух сторон ее теснили враги. Все сознавали это, но не знали, на ком остановиться. Ляпунов и рязанские служилые люди хотели поставить царем князя В. Голицына; Филарет, Салтыковы и прочие тушинцы имели другие намерения; высшая знать, во главе которой стояли Ф. И. Мстиславский и И. С. Куракин, решила подождать.
Правление было передано в руки боярской думы, состоявшей из семи членов. «Седмочисленные бояре» не сумели взять власть в свои руки. Они сделали попытку собрать Земский собор, но она не удалась. Боязнь Вора, на сторону которого становилась чернь, заставила их впустить в Москву Жолкевского, но он вошел только тогда, когда Москва согласилась на избрание Владислава.
27 августа Москва присягнула Владиславу. Если избрание Владислава и не было совершено обычным путем, на настоящем Земском соборе, то тем не менее бояре не решились на этот шаг одни, а собрали представителей от разных слоев государства и образовали нечто вроде Земского собора, который признали за совет всей земли. После долгих переговоров обеими сторонами был принят прежний договор с некоторыми изменениями: 1) Владислав должен был принять православие; 2) вычеркнут был пункт о свободе выезда за границу для наук и 3) уничтожена была статья о повышении меньших людей. В этих изменениях видно влияние духовенства и боярства. Договор об избрании Владислава был отправлен к Сигизмунду с великим посольством, состоявшим почти из 1000 лиц: сюда входили представители почти всех сословий. Очень вероятно, что в посольство вошла большая часть членов «совета всей земли», избравшего Владислава. Во главе посольства стояли митрополит Филарет и князь В. П. Голицын. Посольство не имело успеха: Сигизмунд сам хотел сесть на московский престол. Когда Жолкевский понял, что намерение Сигизмунда непоколебимо, он оставил Москву, понимая, что русские не примирятся с этим. Сигизмунд медлил, старался застращать послов, но они не отступали от договора. Тогда он прибегнул к подкупу некоторых членов, что ему и удалось: они уехали из-под Смоленска подготовлять почву для избрания Сигизмунда, но оставшиеся были непоколебимы. В то же время в Москве «седмочисленные бояре» потеряли всякое значение: власть перешла в руки поляков и новообразовавшегося правительственного кружка, изменившего русскому делу и предавшегося Сигизмунду. Этот кружок состоял из Ивана Михайловича Салтыкова, князя Ю. Д. Хворостинина, Н. Д. Вельяминова, М. А. Молчанова, Грамотина, Федьки Андронова и многих других. Таким образом, первая попытка московских людей восстановить власть кончилась полной неудачей: вместо равноправной унии с Польшей Русь рисковала попасть в полное подчинение к ней. Неудавшаяся попытка навсегда положила конец политическому значению бояр и боярской думы. Как только русские поняли, что ошиблись в выборе Владислава, как только увидели, что Сигизмунд не снимает осады Смоленска и обманывает их, национальное и религиозное чувство начало пробуждаться. В конце октября 1610 г. послы из-под Смоленска прислали грамоту об угрожающем обороте дел; в самой Москве патриоты в подметных письмах раскрывали народу истину. Все взоры обратились на патриарха Гермогена: он понял свою задачу, но не сразу мог взяться за ее исполнение.
После штурма Смоленска 21 ноября произошло первое серьезное столкновение Гермогена с Салтыковым, который пытался склонить патриарха на сторону Сигизмунда; но Гермоген еще не решался призвать народ на открытую борьбу с поляками. Смерть Вора и распадение посольства заставили его «повелевати на кровь дерзнути» — и во второй половине декабря он начал рассылать по городам грамоты. Это было открыто, и Гермоген поплатился заточением.
Призыв его, однако, был услышан. Первым поднялся из Рязанской земли Прокопий Ляпунов. Он стал собирать войско на поляков и в январе 1611 г. двинулся к Москве. К Ляпунову шли земские дружины со всех сторон; даже тушинское казачество пошло на выручку Москвы под начальством князя Д. Т. Трубецкого и Заруцкого.
Поляки после битвы с жителями Москвы и подошедшими земскими дружинами заперлись в Кремле и Китай-городе. Положение польского отряда (около 3000 чел.) было опасное, тем более что и запасов у него было мала Сигизмунд не мог ему помочь, он сам был не в силах покончить со Смоленском. Ополчения земские и казацкие соединились и обложили Кремль, но между ними сразу пошла рознь. Тем не менее рать объявила себя советам земли и стала править государством, так как не было другого правительства.
Вследствие усилившейся розни между земцами и казачеством решено было в ионе 1611 г. составить общее постановление. Приговор представителей казачества и служилых людей, которые составляли главное ядро земского войска, очень обширен: он должен был устроить не только войско, но и государство. Высшая власть должна принадлежать всему войску, которое именует себя «всею землею»; воеводы — только исполнительные органы этого совета, сохраняющего за собой право их смещения, если они будут плохо вести дела. Суд принадлежит воеводам, но казнить они могут только с одобрения «совета всей земли», иначе им грозит смерть. Затем очень точно и подробно урегулированы дела поместные. Все пожалования Вора и Сигизмунда объявлены не имеющими значения. Казаки «старые» могут получать поместья и становиться, таким образом, в ряды служилых людей. Далее идут постановления о возвращении беглых холопов, которые именовали себя казаками (новые казаки), прежним их господам; в значительной степени стеснялось своеволие казаков. Наконец, было учреждено приказное управление по московскому образцу.
Из этого приговора ясно, что собравшаяся под Москву рать считала себя представительством всей земли и что на совете главная роль принадлежала земским служилым людям, а не казакам. Этот приговор характерен еще и тем, что свидетельствует о значении, которое понемногу приобретал служилый класс. Но преобладание служилых людей было непродолжительно; казаки не могли быть солидарны с ними. Дело кончилось убийством Ляпунова и бегствам земщины. Надежды русских на ополчение не оправдались: Москва осталась в руках поляков, Смоленск к этому времени был взят Сигизмундом, Новгород — шведами; вокруг Москвы расположились казаки, которые грабили народ, бесчинствовали и готовили новую смуту, провозгласив сына Марины, жившей в связи с Заруцким, русским царем.
Государство, по-видимому, гибло; но поднялось народное движение на всем севере и северо-востоке Руси.
На этот раз оно отделилось от казачества и стало действовать самостоятельно. Гермоген своими грамотами влил одушевление в сердца русских. Центром движения стал Нижний. Во главе хозяйственной организации был поставлен Минин, а власть над войском вручена была князю Пожарскому.
В марте 1612 г. ополчение двинулось к Ярославлю, чтобы занять этот важный пункт, где скрещивалось много дорог и куда направились казаки, встав открыто во враждебное отношение к новому ополчению. Ярославль был занят; ополчение простояло здесь три месяца, потому что надо было «строить» не только войско, но и землю; Пожарский хотел собрать собор для выбора царя, но последнее не удалось. Около 20 августа 1612 г. ополчение из Ярославля двинулось под Москву. 22 октября был взят Китай-город, а через несколько дней сдался и Кремль. По взятии Москвы грамотою от 15 ноября Пожарский созвал представителей от городов, по 10 человек, для выбора царя. Сигизмунд вздумал было идти на Москву, но у него не хватило сил взять Волок, и он ушел обратно. В январе 1613 г. съехались выборные. Собор был один из самых многолюдных и наиболее полных: на нем были представители даже черных волостей, чего не бывало прежде. Выставлено было четыре кандидата: В. И. Шуйский, Воротынский, Трубецкой и М. Ф. Романов. Современники обвиняли Пожарского, что и он сильно агитировал в свою пользу, но вряд ли это можно допустить. Во всяком случае, выборы были очень бурные. Сохранилось предание, что Филарет требовал ограничительных условий для нового царя и указывал на М. Ф. Романова как на самого подходящего кандидата. Выбран был действительно Михаил Федорович, и несомненно ему были предложены те ограничительные условия, о которых писал Филарет: «предоставить полный ход правосудию по старым законам страны; никого не судить и не осуждать высочайшею властью; без собора не вводить никаких новых законов, не отягчать подданных новыми налогами и не принимать самомалейших решений в ратных и земских делах». Избрание состоялось 7 февраля, но официальное объявление было отложено до 21-го, чтобы за это время выведать, как примет народ нового царя. С избранием царя кончилась смута, так как теперь была власть, которую признавали все и на которую можно было бы опереться. Но последствия смуты продолжались долго: ими, можно сказать, наполнен весь XVII в.