Итак, Москва была наконец очищена. Но призрак поляков продолжал еще тревожить победителей, не давая возможности сосредоточиться на избрании царя: к Москве подвигался Сигизмунд и городу грозила новая беда. Поздно внял польский король мольбам покинутых им на произвол судьбы подданных, переживших ужасы осады, и только в октябре он прибыл к Смоленску вместе с Владиславом, которого счел нужным показать русским людям, думая, что они по-прежнему с нетерпением ждут его и, как только увидят, тотчас посадят на московский престол. Но времена были уже не те. Даже польское войско, стоявшее в Смоленске, отказалось следовать за своим королем, и только тысяча с небольшим конных воинов согласились идти за ним к Москве. Выезжая из Смоленска, король был испуган плохой приметой: при выезде его из города створы «княжьих ворот» сорвались с петель и со страшным грохотом рухнули наземь. Примета была вещей.
Прибыв в конце недели под Волоколамск, Сигизмунд отправил послов в сопровождении тысячного войска с требованием, чтобы Москва с честью приняла Владислава и по данной раньше присяге признала его царем. Узнав, что в числе кандидатов на московский престол имя Михаила Федоровича Романова стало упоминаться все чаще, Сигизмунд, как гласит предание, послал отряд жолнеров в Костромской уезд, где жил в то время молодой боярин с матерью, чтобы найти его и убить. К этому именно времени относится бессмертный подвиг крестьянина села Домнина Ивана Сусанина, который завел поляков в лесные трущобы, спас жизнь будущего государя и бесстрашно погиб от руки злодеев, возвеличив имя русского человека, готового самоотверженно принять смерть за своего царя, и обессмертил в истории свое славное имя.
Когда весть о приближении Сигизмундовых послов достигла Москвы, которая была наполнена слухами о новом походе Сигизмунда и отвлеклась от возможности начать строительство государства, воеводы московские не только не вступили в переговоры с послами, но и выслали войско гнать их подальше от Москвы. Положение Сигизмунда между тем было весьма печально: лютые морозы крепчали, продовольствия в опустошенном краю достать было негде. Дождавшись послов, вернувшихся не солоно хлебавши, он вынужден был признать, что на сей раз игра проиграна, и с позором вернулся в Польшу.
Теперь Москва могла уже вздохнуть свободно. 21 декабря повсеместно была разослана грамота, оповещавшая об окончательном очищении столицы. Повсюду на радостях служили благодарственные молебны, звонили в колокола, подъем духа был необычный. Собравшись на совет, воеводы решили послать в города новую грамоту, которая приглашала в Москву выборных лучших и разумных людей для избрания на царство государя всей землей. Когда в феврале выборные съехались, был установлен всеобщий трехдневный пост, служили молебны, церкви днем и ночью были полны народом; все молились о том, чтобы Бог умудрил выборных, вдохновил их на предстоящее важное дело, внушил имя избранника. «Да совершится сие от Бога, а не от человека» — таково было всеобщее желание.
Начались выборы. Намечалось имя Михаила Федоровича Романова. Народ сохранил благоговейную память о двоюродной бабке его, супруге Иоанна Грозного, добродетельной Анастасии Романовне и брате ее Никите Романовиче (Захарьине-Юрьеве), милосердном заступнике перед грозным царем за русский народ. Свежи были в памяти народной и тяжкие мучения, заточение и смерть, которым подверглись бояре Романовы — дяди юного Михаила — во дни гонений на них Бориса Годунова. Искреннее сожаление и вместе с тем чувство глубокой благодарности питал народ и к старшему брату их, митрополиту Филарету, который уехал в дни смуты в числе послов под Смоленск мужественно отстаивать интересы отечества, испытал лишения и поругания и переживал теперь тягость польского плена вдали от родины. Романовы во главе русского народа пережили ниспосланные им судьбой беды, постояли честно за русское дело, не склонили ради корысти и выгоды главы перед временщиками, достойное имя их окружалось ореолом доблести и мученического страдания; они сумели пронести свое имя незапятнанным через все испытания Смутного времени. Народ, знавший цену страданиям, любил Романовых как олицетворение чести и правды, своего страдания. Романовы были если не в родстве, то в свойстве с угасшим после Федора Иоанновича исконным славным царским Мономаховым родом. И взоры выборщиков, естественно, обратились на внука царицы Анастасии Романовны, на сына достойного митрополита Филарета. Снова мелькнуло было имя Василия Голицына, пошептались о Воротынском и других боярах, но имена эти проскочили и померкли перед бывшим у всех на устах именем Михаила Федоровича. Случилось любопытное явление: на второй день выборов какой-то галицкий дворянин подал Собору выборщиков лист с составленными им выписями, подтверждавшими родство Михаила с царем Федором Иоанновичем Вслед за ним поднялся, потрясая бумагой, какой-то донской атаман. Когда его спросили, что это за бумага, атаман ответил: «Грамота, подтверждающая природные права Михаила Федоровича». Правомочие юного Михаила занять московский престол подтверждалось разными соображениями и желанием всех городов и сословий, выраженным выборщиками. 7 февраля 1613 года Собор предварительно решил избрать Михаила Федоровича на царство, но окончательное решение этого вопроса отложил на две недели. 21 февраля, в первое воскресенье Великого поста, Михаил Федорович был единогласно провозглашен выборными всей земли царем, и когда посланные от Собора в присутствии несчетного количества народа всякого звания собрались на Красную площадь, когда настала минута избрания и на Лобное место взошли уполномоченные (рязанский архиепископ Феодорит, Авраамий Палицын, архимандрит Ново-Спасского монастыря Иосиф и боярин Василий Петрович Морозов), чтобы спросить народ, — раздался единогласный возглас, повторенный тысячами голосов:
— Михаил Федорович Романов будет царь-государь Московскому государству и всей Русской державе!
— Се быст по усмотрению всесильного Бога! — торжественно заключил с Лобного места Авраамий Палицын.
Тотчас после избрания в Успенском соборе, под ликующий перезвон колоколов, был отслужен молебен с провозглашением на ектиньи новонареченного царя Михаила Федоровича, затем народ во главе с боярами приводился к присяге, и Земский собор выбрал посольство для приглашения нового царя. В состав вошли рязанский архиепископ Феодорит, троице-сергиевский келарь Авраамий Палицын, затем два архимандрита, два соборных протопопа, бояре Ф. И. Шереметев и князь В. И. Бехтеяров-Ростовский, окольничий Ф. В. Головин, дьяк Иван Болотников, служилые люди разных чинов: стольники, стряпчие, дворяне московские, дьяки, жильцы, дворяне и дети боярские из городов, головы стрелецкие, гости, атаманы, казаки, стрельцы. Вместе с тем послали гонцов с грамотами во все города, которые извещали об избрании нового государя.
Послы, везя письменный наказ, приглашавший государя пожаловать в столицу, выехали из Москвы 2 марта, а 13-го во время вечерни посольство прибыло в расположенный близ Костромы Ипатьевский монастырь (построенный в XIV веке мурзою Четом, предком Бориса Годунова, и впоследствии перешедший во владение бояр Романовых), где тогда проживал шестнадцатилетний Михаил Федорович с матерью старицей Марфой (в миру Ксенией Ивановной Романовой, разлученной супругой митрополита Филарета — Федора Никитича Романова). Узнав о цели приезда посольства, старица Марфа просила послов пожаловать на следующий день.