Энгельгардт занял пост директора Лицея в январе 1816 года после двухлетнего «безначалия» в этом учебном заведении. Но сначала, памятуя службу молодого Егора Антоновича ординарцем у князя Потемкина, Александр I предложил ему преподавать в Лицее военное дело, на что Энгельгардт ответил: «Кроме оружия у меня в кармане (он имел ввиду садовый ножик) не хочу иметь оружия в Лицее». Когда же он занял пост директора, пушкинскому курсу оставался до выпуска один год, который поэт назвал «счастливейшим годом». Новый директор продолжил основные традиции лицейского воспитания, заложенные Василием Федоровичем Малиновским, первым директором Лицея со дня его основания. Общение с лицеистами было довольно демократичным, практиковалось обращение к ученикам на «ты», за исключением провинившихся, к которым директор обращался подчеркнуто вежливо на «вы»; не возбранялись приглашения ребят к директору домой для участия в домашних вечерах и забавах. Егор Антонович не позволял себе посещать уроки с целью каких-либо проверок, предоставив преподавателям полное управление в классе. Но к 1820-м годам Энгельгардт утратил расположение императора, был обвинен в насаждении либерализма и вольнодумства во вверенном ему учебном заведении, в результате чего в феврале 1823 его отправили в отставку с годовой пенсией 3000 рублей. Своему бывшему воспитаннику Матюшкину отставной директор напишет: «…друг мой, я оставляю Лицей и все те прекрасные мечты, с которыми переселился я сюда… Лицей был предметом моей жизни…» При этом он добавил: «Теперь я буду жить среди лицеистов. Они знают меня, они ценят меня».
Из Царского Села семья Энгельгардтов переезжает на знакомый им Васильевский остров. Оставаясь долгое время не у дел, Егор Антонович до конца жизни поддерживал переписку со многими выпускниками Лицея. Так Федору Матюшкину первому сообщает отставной директор свой новый адрес: «…на Вас. Остр, за Средним проспектом, во 2-й линии в доме Шоберта…» И далее: «Я поселился на краю Васильевского острова в маленькую квартиру, в заду на дворе, и Божье солнышко светит в мои окна не хуже, как в окна дворца». Часто его можно было видеть греющимся на солнце в своем маленьком дворике. Сейчас на этом месте стоит дом № 43, школа советской постройки.
В 1827 году Энгельгардт меняет адрес: он нанимает квартиру уже на Большом проспекте, между 7-й и 8-й линиями в доме Флетчера. Дом до конца XIX века был деревянным, с палисадником и беседкой. Здесь он прожил до 1836 года, часто принимая у себя своих бывших воспитанников. На месте этого деревянного дома в начале 1900-х годов был возведен каменный пятиэтажный доходный дом № 25.
Но жизнь вновь вынуждает поменять квартиру, и Энгельгардт возвращается в 1836 году на 2-ю линию, но теперь уже в дом купца Пальянова. (дом не сохранился, ныне – участок дома № 31). Здесь он часто вспоминает свое прежнее жилье: «Как ни ветх и ни холоден «Hotel Fletcher», но мне было грустно расставаться со старым знакомцем, в котором каждый уголок напоминает о каком-либо происшествии. Новое мое жилище просторнее, теплее и удобнее, но оно новое, я его не знаю, оно мне ничего не говорит».
Рис. 3. Е.А. Энгельгардт
С основания Лицея (1811 год) день 19 октября праздновался как день рождения этого учебного заведения. На многие годы стало традицией собираться в Царском Селе, присутствовать на торжественном акте в самом Лицее, после чего каждый выпуск отмечал дату где-то отдельно. Первый, пушкинский, выпуск 1817 года встречался у кого-либо из одноклассников: чаще всего у старосты Михаила Яковлева, или у Александра Тыркова, иногда у Алексея Илличевского. Энгельгардт, поддерживая связь со многими бывшими лицеистами, неоднократно предлагал объединяться нескольким выпускам для празднования Дня Лицея, но против этого некоторые возражали, особенно Пушкин. До отставки Егор Антонович приглашал своих бывших воспитанников к себе на обед после торжественного акта в лицейском зале. Пушкину не всегда удавалось по жизненным обстоятельствам бывать на встречах. 25-летняя годовщина Лицея была последней в жизни поэта. После его гибели Энгельгардт понял, что с Пушкиным ушла и теплота и сердечность лицейских встреч, что он был их душою и певцом. С годами сходки однокашников становились все малочисленнее, потеряли интерес и остроту.