Если даже он и написал рапорт с просьбой освободить его от занимаемой должности, то это должно было быть вызвано совсем другими причинами. Они таились скорее всего в сфере большой политики, поскольку в это время раскручивалось так называемое «ленинградское дело», подробности которого не подлежали огласке. Сфабрикованные ближайшим окружением Сталина обвинения против «участников этого дела», обвиненных в попытке раскола партии, а также в шпионаже привели к жестокой расправе над ленинградскими руководителями.
Всем осужденным было предъявлено обвинение в том, что, якобы создав антипартийную группу, они проводили вредительскую подрывную работу, направленную на противопоставление Ленинградской партийной организации Центральному Комитету партии, превращение ее в опору для борьбы с партией и ЦК ВКП(б). Жертвами репрессий в связи с «ленинградским делом» стали все руководители областной, городской и районных партийных организаций, почти все советские и государственные деятели, которые после Великой Отечественной войны были выдвинуты из Ленинграда на руководящую работу в центральные партийные и советские аппараты, а также в областные партийные организации. Только в Ленинградской области были освобождены от партийной и советской работы более двух тысяч коммунистов.
Но пока был жив Жданов, Кубаткина не арестовывали. Сначала его направили руководить областным Управлением государственной безопасности в город Горький, а затем — заместителем председателя Саратовского облисполкома. Лишь в июле 1949 года была получена санкция на арест Кубаткина, а 27 октября 1950 года он был расстрелян.
В начале 1954 года по поручению ЦК КПСС Прокуратура СССР произвела ревизию «ленинградского дела» и установила, что оно было от начала и до конца сфальсифицировано. 26 мая 1954 года Петр Николаевич Кубаткин был реабилитирован.
Этот период жизни и службы для Сахаровского был, пожалуй, самым трудным. 30 мая 1947 года Совет Министров СССР принял постановление о создании Комитета информации (КИ) при Совете Министров, на который возлагались задачи политической, военной и научно-технической разведки. В результате разведывательные службы Министерства государственной безопасности и Министерства обороны были слиты воедино. Новый орган возглавил В.М. Молотов, бывший в то время заместителем Председателя Совета Министров СССР и одновременно министром иностранных дел. Его заместителем, который занимался участком внешней разведки, был назначен опытный чекист, в прошлом руководивший работой разведывательных и контрразведывательных подразделений Министерства госбезопасности, П.В. Федотов. Заместителями председателя КИ стали также заместитель министра иностранных дел Я.А. Малик и от министерства обороны Ф.Ф. Кузнецов. Они представляли в Комитете интересы своих ведомств.
В таком статусе Комитет информации просуществовал до февраля 1949 года, когда после ухода В.М. Молотова с поста министра иностранных дел Комитет был передан под эгиду МИД, а его руководителем стал новый министр иностранных дел А.Я. Вышинский. Руководителем КИ он оставался недолго. В том же 1949 году председателем Комитета был назначен заместитель министра иностранных дел В.А. Зорин. Первым заместителем, ответственным за работу разведки, стал С.Р. Савченко, до этого возглавлявший Министерство госбезопасности Украины. Следует отметить, что уже в январе
1949 года правительство приняло решение вывести из Комитета информации военную разведку. Она была возвращена в Министерство обороны. В ноябре 1951 года было принято решение об объединении внешней разведки и внешней контрразведки под руководством Министерства госбезопасности и создании за границей единых резидентур.
Начальный период жизни и службы в Москве для Сахаровского оказался, пожалуй, самым трудным и сложным. С июня 1946 по июль 1953 года, до того как начальником внешней разведки стал Александр Семенович Панюшкин, Сахаровский сменил в разведке и контрразведке восемь должностей, в декабре 1948 года ему было присвоено воинское звание полковника МГБ, в 1951 году он был награжден орденом Красной Звезды, приобрел опыт выполнения серьезных спецзаданий за рубежом, в том числе в Финляндии. С мая 1950 по ноябрь 1952 года находился в длительной командировке в Румынии.