Право ее состояло в том, что Шмидт в малолетстве вынудил ее за себя выйти, что она ему падчерица и что в день свадьбы торжественно объявила ему, что будет жить с ним дотоле, пока не влюбится в другого. Шмидт, опасаясь, чтобы насилие его не было открыто, согласился на развод. Как и положено, в старом добром водевиле, все заканчивается свадьбой, вернее, даже двумя: влюбленный герой во всем открывается попечительному начальнику, испрашивает благословения у матери и идет под венец, а брошенный супруг, недолго погоревав, женится на своей ключнице».
Когда в январе 1808 года военным министром и генерал-инспектором всей пехоты и артиллерии стал граф Алексей Андреевич Аракчеев, Марченко оставался на прежнем посту. Вместе с ним он был в действующей армии в Финляндии.
Императорский указ о снятии фон Брина и назначении Марченко томским гражданским губернатором вышел 26 июля 1810 года, одновременно Василий Романович был произведен в статские советники. Какую роль в столь стремительном повышении сыграл граф Аракчеев, не ведомо, но тот же Анатолий Иванов в книге «Дома и люди…» приводит часть письма новоиспеченного губернатора А.А. Аракчееву:
«В новом звании и чине первейшим и святейшим долгом чту принесть вам, сиятельнейший граф, яко истинному благодетелю моему нелицемерную благодарность за ходатайство ваше и милостивое расположение. Время – барометр сердец человеческих – на опыте покажет чувства мои и преданность. Я не умею льстить, и язык, и перо мои слабы излить то, что чувствую, но почитаю ваше сиятельство и быть благодарным весь век мой – вот единственное правило мое».
Писал одно, а думал иначе.
В Томск В.С. Марченко приехал 18 октября, на посту губернатора ничем особо себя не проявил. П.И. Казанский в «Памятной книжке Томской губернии» на 1910 год записал: «Деятельность его ограничивалась только простою, тогда немногочисленною, перепискою с разными местами и лицами. Он, очевидно, не желал долго оставаться на этом посту…».
Видать, тяготила его работа в Сибири, да и не привык он к самостоятельной большой работе, все реформаторские идеи Хвостова остались не реализованными. Главное – выглядеть в глазах генерал-губернатора Пестеля безупречным, не допустить кляузных доносов. Марченко и двух лет не пробыл губернатором, в августе 1812 года он покинул сибирские просторы и укатил на берега Невы.
Он опять шел на повышение с производством в действительные статские советники. В качестве помощника статс-секретаря Государственного совета являлся одним из ближайших сотрудников графа Аракчеева. В это время граф занимал столь важный пост, что с гордостью написал: «вся французская война шла через мои руки, все тайные повеления, донесения и собственноручные повеления государя».
Марченко в течение шести лет исполнял обязанности секретаря при императоре Александре I, во время заграничных походов Русской армии в 1813-1814 годах состоял при Главной квартире императора. В 1815 году он был пожалован в статс-секретари Его Императорского Величества и в декабре того же года стал управляющим делами Комитета министров.
Современники свидетельствовали, что «Аракчеев, заметив в бумагах какого-либо чиновника толк и хороший слог, осведомлялся, кто его секретарь, переводил его к себе, обещал многое, сначала холил и ласкал, а потом начинал оказывать ему холодность и презрение. Так приблизил он к себе почтенного и достойного Василья Романовича Марченка». Недовольный его близостью к императору Александру I, граф Аракчеев в 1818 году нашел способ «удалить его от лица государя». Василий Романович был назначен статс-секретарем Департамента гражданских и духовных дел.
В.И. Федорченко, автор энциклопедии биографий «Императорский Дом. Выдающиеся сановники», приводит такую характеристику: «Типичный чиновник, послуживший всю жизнь «в секретарстве с разными титулами», Марченко отличался знанием дела и огромным трудолюбием. Будучи статс-секретарем, он «с утра до 12 часов ночи сидел за работой, лишенный всех удовольствий светских», а в низших должностях, служа при А.А. Аракчееве, «выбивался из сил», просиживая за работой и ночи. К этому он присоединял осторожность и тонкий служебный такт. Пользуясь милостью императора, Марченко постоянно соображал, «как примет» тот или иной шаг гр. Аракчеев. Император Александр I высоко ценил его способности, все начальники любили Марченко, даже суровый гр. Аракчеев, пока не увидел в нем соперника, был с ним любезен, насколько был способен, «назывался у него обедать», «брал с собою кататься».