В 1837 году Егор Ковалевский по просьбе владыки черногорского Петра II был отправлен в Черногорию для отыскания и разработки золотоносных пластов. Там участвовал в нескольких пограничных стычках, австрийцы приговорили его к смертной казни. По возвращению в Петербург подал подробную записку императору Николаю I о своих действиях в Черногории. Тот на полях листа на иноземном языке написал: «Капитан К. поступил, как истинно русский». В марте 1839 года по просьбе эмира Бухары Ковалевский-младший работал в Средней Азии – тоже искал золото. И там попал в район боевых столкновений, при этом командовал обороной Акбулакского укрепления, отражая нападения хивинцев, выдержал долговременную осаду, питаясь одной кониной. В 1846 году сопровождал на Урал египетских специалистов, присланных в Россию Мехметом-Али, а в следующем году сам поехал в Египет для устройства там золотых промыслов. Поднимаясь вверх по Нилу, Ковалевский первым среди европейских путешественников достиг истоков великой реки. В своей книге «Путешествие во внутреннюю Африку», вышедшей в Санкт-Петербурге в 1849 году, он дал детальное описание Абиссинии.
В 1849 году Егор Ковалевский сопровождал духовную миссию в Пекин, настоял на пропуске наших караванов по удобному «купеческому тракту», вместо почти непроходимых аргалинских песков. В августе1851 года он от имени России подписал Кульджинский трактат, нормализовавший русско-китайскую торговлю на среднеазиатской границе. Довольный достигнутыми договоренностями, император пожаловал ему 600 рублей пожизненной пенсии.
В 1853 году Омер-паша напал на Черногорию, комиссаром срочно туда был направлен Егор Ковалевский. За удачные действия Николай I наградил его табакеркой. Во время осады Севастополя Ковалевский оставался в штабе князя М.Д. Горчакова, собирая материалы для истории этой осады. Летом 1856 года вновь назначенный министр иностранных дел князь А.М. Горчаков поручил ему управление азиатским Департаментом министерства. С этого времени окончилась его деятельность, как «странствователя», он окончательно обосновался в Петербурге.
В 1861 году Егор Петрович в чине генерал-лейтенанта был назначен сенатором и членом Совета министра иностранных дел. Занимался литературой, историей, вел большую общественную работу. Создал трагедию в пяти действиях «Марфа Посадница», написал книги «Четыре месяца в Черногории», «Путешествие в Китай», «Странствователь по суше и морям», «Век прожить – не поле перейти», «Война с Турцией и разрыв с западными державами в 1853 и 1854 гг.». Его мастерство изложения и характеристик, широкое историческое миросозерцание и необыкновенно пристальное изучение фактов проявилось в книге «Граф Блудов и его время». К сожалению, автор окончил только первый том. Все его литературные и исторические работы вошли в 5-томное посмертное издание.
Егор Петрович дружил с Н.А. Некрасовым, М.Е. Салтыковым-Щедриным, Н.Г. Чернышевским, Ф.И. Тютчевым, А.А. Фетом, Т.Г. Шевченко, был близок с П.С. Нахимовым. Создавал и был первым председателем Литературного фонда, работал в Императорском географическом обществе. «Большая биографическая энциклопедия» пишет, что «Ковалевский всегда пользовался своим влиянием и служебным положением для поддержки всего разумного, хотя бы это и не имело ровно никакого отношения к его прямым обязанностям. Он был не только администратором, но и истинным членом общества, остро чувствовал все болезни его и страстно стремился к их уврачеванию, не пренебрегая ни одним из орудий общественного перевоспитания». А классик М.Е. Салтыков-Щедрин так отозвался: «Несомненная даровитость, многостороннее образование, меткий практический такт… неистощимая энергия и то серьезное, присущее самой натуре гуманное чувство, которое выражается не на словах, а на деле – вот черты, характеризующие личность Е.П. Ковалевского, за которые многие любили его, уважали все». Уральские литераторы Николай Верзаков и Владимир Черноземцев посвятили ему обширный роман «Странствователь».
*
Во время службы в Западной Сибири Евграф Петрович Ковалевский был награжден орденами Св. Анны I степени, Св. Станислава I и II степеней, ему дважды объявлялось Высочайшее благоволение. В ноябре 1835 года по прошению его перевели в столицу членом совета и ученого комитета Корпуса горных инженеров, а весной 1837 года был пожалован орденом Св. Владимира II степени и назначен директором Департамента горных и соляных дел. В январе 1843 года пожалован в тайные советники, работал в различных департаментах, на тех постах получил ордена Белого Орла и Св. Александра Невского. Он пользовался известностью образованного и гуманного государственного деятеля, это и предопределило назначение его попечителем Московского учебного округа. Московский университет сразу же вздохнул свободно после тяжелого времени, он получил значительную автономию во внутренних делах.