Совмещение должностей длилось до 1864 года.
В 1882 году было упразднено Западно-Сибирское генерал-губернаторство, и томский губернатор стал непосредственно подчиняться центральным органам империи – министерствам, при этом сам оставался в ведомстве МВД.
В управлении губернией «хозяину» помогали вице-губернаторы (до реформы 1822 года), председатели губернского правления, с 1895 года – вновь вице-губернаторы. Но если первые вице-губернаторы председательствовали в казенной палате, занимавшейся податным делом, надзором за налоговыми поступлениями, государственным имуществом, винными откупами и подрядами, продажей соли, надзором за частной торговлей, то с 1895 года они являлись непосредственными помощниками и заместителями губернаторов по всем частям управления. В случае болезни, отсутствия или увольнения губернатора вице-губернатор занимал его место. С 1822 года более 70 лет – до 1895 года, вторым лицом в губернии являлся председатель губернского правления, ведавшего делами полиции, казенной палаты (хозяйственные дела) и губернского суда (гражданские и уголовные дела).
Сибирь – место ссылки и каторги, ежедневного звона кандалов. Сибирь – край казнокрадства и мздоимства. Сибирь – царство тьмы, произвола и бесправия. Сибирь – вотчина царской фамилии, источник неслыханного ее обогащения.
В темную эпоху 210 лет назад родилась Томская губерния.
Мало что менялось поначалу. Генерал-губернатора Тобольской, Томской и Иркутской губерний И.Б. Пестеля больше всего заботило, чтобы жалобы до Петербурга не доходили, нежели все иные вопросы. Это ему сын-декабрист Павел Пестель перед казнью бросил в лицо убийственные слова: «Я хотел, между прочим, чтобы по возможности не было таких губернаторов, каким вы были в Сибири». Будущий граф М.М. Сперанский, проводивший ревизию Сибири летом 1819 года, отдал под суд двух губернаторов и 48 чиновников различного уровня! 681 чиновник оказался замешанным в противозаконных действиях. Михаил Михайлович говорил: «Томская губерния по богатству и климату могла быть одной из лучших губерний в России, но худое управление сделало из нее сущий вертеп разбойников. Если бы в Тобольске я отдал бы всех чиновников под суд, то здесь оставалось уже всех повесить. Злоупотребления вопиющие…».
Вступивший летом 1822 года в должность гражданского губернатора и Главного начальника Колывано-Воскресенских заводов Петр Козьмич Фролов продолжил беспощадную борьбу М.М. Сперанского с казнокрадством и «вопиющими злоупотреблениями» чиновников. Для него сроков давности не существовало.
При всех недостатках, образование новой губернии дало положительный импульс в развитии региона. Новая губерния – это и новые люди, свежие силы, иные умы, другие центры. И вот уже в 30-е годы радеющей о губернии общественностью поднимается вопрос об открытии Сибирского университета. Однако в пору реакции Николая I это оказалось несбыточной мечтой.
Усилиями начальных людей, с их согласия, их одобрения медленно, постепенно, но проводились преобразования и даже эпохальные. Летом 1811 года Томское малое народное училище преобразовано в уездное училище, в 1819 году открыта типография Томского губернского правления, в 1833 году открылась первая в Томске городская публичная библиотека, в 1838 году открыта Томская губернская мужская гимназия, в 1857 году вышел первый номер «Томских губернских ведомостей» – первой газеты. В 1863 году Томск получил телеграфную связь с Европейской Россией, в том же году начались занятия в Мариинской женской гимназии – первом среднем учебном заведении для девочек. В 1873 году открылся сибирский книжный магазин П.И. Макушина, тогда же образовано Общество для вспомоществования учащимся во главе с губернатором А.П. Супруненко. Началась подготовка учителей для сельских школ, с 1 июля 1877 года в Томске учреждалось шестиклассное реальное училище, а в Барнауле открыта женская прогимназия.
16 мая 1878 года Высочайше повелено учредить Императорский Сибирский университет в Томске с четырьмя факультетами – 40 лет добивались того решения и все-таки добились. Почти столько же лет не утихала тема строительства колесного пути через горы Алтая к Монгольской границе. Построили. Открыта специальная школа для подготовки сельских фельдшеров как медицинских, так и ветеринарных, в Бийске открыта женская прогимназия. В марте 1881 года вышел первый номер частной либеральной «Сибирской газеты», ее издавали П.И. Макушин и А.В. Адрианов, широко развивалось книгоиздание, особенно в Томске и Барнауле, открывались публичные библиотеки. В 1882 году в Томске открыто Общество попечения о начальном образовании, в 1886 году П.И. Макушин первым в Томске установил телефон, соединивший типографию и книжный магазин. В 1895 году зажглись первые 10 уличных электрических фонарей – подобного многие губернские города Европейской России не знали еще лет пять. Вслед за университетом открыт Технологический институт, в последнем десятилетии XIX века заработала Сибирская железнодорожная магистраль – она перевернула жизнь населения губернии, появились новые города, увеличился приток переселенцев, расширилась торговля. Первый поезд пришел в Томск 1 августа 1896 года.