Первый английский приход, организованный на этих принципах, был создан в Вандсворте в 1572 году, и подобные «пресвитерии» возникли в восточных и средних графствах. К этому времени большинство лондонских протестантов и членов Палаты общин были пуританами. Ремесленники Лондона, в ряды которых активно вливались кальвинистские беженцы из Франции и Нидерландов, аплодировали пуританскому наступлению на епископат и ритуал. Столичные бизнесмены смотрели на пуританство как на оплот протестантизма против католицизма, традиционно несимпатичного «ростовщикам» и среднему классу. Кальвин был для них слишком строг, но он санкционировал проценты и признавал достоинства промышленности и бережливости. Даже приближенные к королеве люди находили в пуританстве определенную пользу; Сесил, Лестер, Уолсингем и Ноллис надеялись использовать его в качестве аргумента против католицизма, если Мария Стюарт взойдет на английский трон.81
Но Елизавета чувствовала, что пуританское движение угрожает всему поселению, с помощью которого она планировала смягчить религиозные распри. Кальвинизм она считала доктриной Джона Нокса, которого она никогда не простила за его презрение к женщинам-правительницам. Пуританский догматизм она презирала еще сильнее, чем католический. Она питала неизбывную любовь к распятию и другим религиозным изображениям, и в начале своего правления в иконоборческой ярости уничтожала картины, статуи и витражи,82 она присудила возместить ущерб пострадавшим и запретила подобные действия в будущем.83 Она не была привередлива в своем языке, но возмущалась тем, что некоторые пуритане описывали Молитвенник как «вырезанный и подобранный из этой попской свалки, Книги мессы», а Суд высшей комиссии — как «маленькую вонючую канаву».84 Она видела во всенародном избрании священнослужителей и в управлении Церковью пресвитериумами и синодами, независимыми от государства, республиканскую угрозу монархии. Только монархическая власть, считала она, могла сохранить Англию протестантской; народное избирательное право восстановило бы католицизм.
Она призывала епископов беспокоить смутьянов. Архиепископ Паркер подавлял их публикации, заставлял их молчать в церквях и препятствовал их собраниям. Пуританские священнослужители организовывали группы для публичного обсуждения отрывков из Писания; Елизавета велела Паркеру положить конец этим «пророчествам», и он так и сделал. Его преемник, Эдмунд Гриндал, пытался защитить пуритан; Елизавета отстранила его от должности; а когда он умер (1583), она назначила в Кентербери своего нового капеллана, Джона Уитгифта, который посвятил себя тому, чтобы заставить пуритан замолчать. Он потребовал от всех английских священнослужителей принести клятву о согласии с Тридцатью девятью статьями, Молитвенником и религиозным верховенством королевы; он вызвал всех возражающих в суд Высокой комиссии, и там они подверглись такому подробному и настойчивому расследованию их поведения и убеждений, что Сесил сравнил эту процедуру с испанской инквизицией.85
Пуританское восстание усилилось. Решительно настроенное меньшинство открыто отделилось от англиканской общины и создало независимые конгрегации, которые избирали своих собственных священников и не признавали епископального контроля. В 1581 году Роберт Браун, ученик (впоследствии враг) Картрайта и главный рупор этих «независимых», «сепаратистов» или «конгрегационалистов», перебрался в Голландию и опубликовал там два трактата с изложением демократической конституции для христианства. Любая группа христиан должна иметь право организовывать свои богослужения, формулировать собственное вероучение на основе Писания, выбирать своих лидеров и жить своей религиозной жизнью без вмешательства извне, не признавая никаких правил, кроме Библии, никакого авторитета, кроме Христа. Двое последователей Брауна были арестованы в Англии, осуждены за неуважение к религиозному суверенитету королевы и повешены (1583).