Самым могущественным из них был Шейн (то есть Джон) О'Нил из Тирона. Это был такой человек, о котором слагали легенды и за которого ирландцы могли сражаться. Он яростно защищал свой титул О'Нила от узурпировавшего его брата. Он игнорировал заповеди и обожал церковь. Он сорвал все попытки англичан подчинить его, рисковал головой, чтобы посетить Лондон и заручиться союзом и поддержкой Елизаветы, и вернулся с триумфом, чтобы править Ольстером, а также Тайроном. Он вел ожесточенную борьбу с соперничающим кланом О'Доннеллов, был окончательно разбит им (1567) и убит, когда укрылся у Макдоннеллов, шотландских переселенцев, чье поселение в Антриме он ранее атаковал.
История Ирландии после его смерти — это парад восстаний, резни и лордов-наместников. Сэр Генри Сидни, отец сэра Филипа, верно служил Елизавете на этом неблагодарном посту в течение девяти лет. Он участвовал в разгроме О'Нила, до смерти преследовал Рори О'Мора и был отозван (1578) из-за высокой стоимости своих побед. За два года пребывания на посту лорда-наместника Уолтер Деверо, первый граф Эссекс, отличился резней на острове Ратлин, у побережья Антрима. Туда мятежные Макдоннеллы отправили для безопасности своих жен и детей, стариков и больных с охраной. Эссекс отправил отряд для захвата острова. Гарнизон предложил сдаться, если им позволят отплыть в Шотландию; предложение было отвергнуто, они сдались безоговорочно; их, женщин и детей, больных и стариков, числом шестьсот, предали мечу (1575).92
Великим восстанием этого периода стало восстание клана Джеральдинов в Мюнстере. После многих пленений и побегов Джеймс Фицморис Фицджеральд переправился на континент, собрал отряд из испанцев, итальянцев, португальцев, фламандцев и английских католиков-эмигрантов и высадил их на побережье Керри (1579), но потерял жизнь в случайной войне с другим кланом. Его двоюродный брат Джеральд Фицджеральд, пятнадцатый граф Десмонд, продолжил восстание, но соседний клан Батлеров под предводительством протестантского графа Ормонда объявил себя на стороне Англии. Католики Пэйла организовали армию и разгромили войска нового лорда-наместника Артура, лорда Грея (1580). Получив подкрепление, Грей осадил основные силы Десмонда с суши и моря на мысе в заливе Смервик. Оказавшись беззащитными перед артиллерией Грея, шестьсот оставшихся в живых мятежников сдались и молили о пощаде; все были вырезаны, женщины и мужчины, за исключением офицеров, которые могли пообещать значительный выкуп.93 Война англичан против ирландцев и кланов против кланов настолько опустошила Мюнстер, что (по словам ирландского летописца) «в тот год от Дингла до Кашельской скалы не было слышно ни мычания коровы, ни голоса пахаря»; а один англичанин писал (1582), что «в Мюнстере менее чем за полгода умерло от голода… тридцать тысяч человек, кроме того, других повесили и убили».94 Ибо «убить ирландца в этой провинции, — писал великий английский историк, — считалось не больше, чем убить бешеную собаку».95 Почти лишившись ирландцев, Мюнстер был разделен на плантации для английских поселенцев (1586 г.), одним из которых был Эдмунд Спенсер, завершивший там «Королеву фаэри».
В 1593 году отчаянные ирландцы снова восстали. Хью О'Доннел, лорд Тирконнел, объединил свои силы с Хью О'Нилом, вторым графом Тайроном. Испания, находившаяся в состоянии открытой войны с Англией, обещала помощь. В период междуцарствия между заместителями лордов О'Нил разгромил английскую армию при Армаге, захватил Блэкуотер, английский опорный пункт на севере (1598), и отправил войска для возобновления восстания в Мюнстере. Английские колонисты бежали, бросив свои плантации. В Ирландии распространились надежда и радость, и даже англичане ожидали, что падет сам Дублин.
Именно в этот кризис Елизавета назначила юного Роберта Деверо, второго графа Эссекса, своим лордом-наместником в Ирландии (март 1599 года). Она дала ему армию в 17 500 человек — самую большую из тех, что Англия когда-либо посылала на остров. Она приказала ему напасть на О'Нила в Тироне, не заключать мир, не посоветовавшись с ней, и не возвращаться без ее разрешения. Прибыв в Дублин, он промаялся до весны, провел несколько стычек, позволил своей армии истощиться из-за болезней, подписал несанкционированное перемирие с О'Нилом и вернулся в Англию (сентябрь 1599 года), чтобы объяснить королеве свою неудачу. Быстро сменивший его Чарльз Блаунт, лорд Маунтджой, мужественно и умело противостоял хитрому О'Нилу, бесстрашному О'Доннелу и флоту, высадившемуся в Кинсейле с войсками и оружием из Испании и индульгенциями от Климента VIII для всех, кто будет защищать Ирландию и веру. Маунтджой бросился на юг навстречу испанцам и нанес им столь решительное поражение, что О'Нил покорился; восстание распалось, и всеобщая амнистия принесла шаткий мир (1603). Тем временем Елизавета умерла.