Для остатков Армады не было убежища ближе, чем сама Испания. Шотландия была враждебна, а ирландские порты удерживались английскими войсками. В отчаянии израненные корабли и голодающие люди пробирались вокруг Британских островов. Вода была бурной, ветер — диким; мачты были разбиты, паруса порваны; день за днем какое-нибудь судно тонуло или было брошено, в море сбрасывали мертвых людей. Семнадцать кораблей потерпели крушение у изрезанных ирландских берегов; только в Слайго 1100 утонувших испанцев были выброшены на берег. Некоторые из экипажей высадились на берег в Ирландии и стали просить еды и питья; им было отказано, и сотни людей, слишком слабых, чтобы сражаться, были убиты полудикими обитателями побережья. Из 130 судов, ушедших из Испании, вернулись 54; из 27 000 человек — 10 000, большинство из которых были ранены или больны. Филипп, узнав, что бедствие затягивается с каждым днем, затворился в своей келье в Эскориале, и никто не смел с ним разговаривать. Сикст V, ссылаясь на то, что никакого вторжения в Англию не было, не прислал ни одного дуката, чтобы разорить Испанию.
Елизавета была так же осторожна с дукатами, как и Папа Римский. Опасаясь махинаций на флоте, она потребовала отчета о каждом шиллинге, потраченном флотом и армией до, во время и после битвы; Говард и Хокинс восполняли из своих карманов все расхождения, которые не могли объяснить.106 Елизавета, рассчитывая на долгую войну, держала экипажи и войска на коротком пайке и низком жаловании. Теперь среди возвращающихся людей распространилась жестокая болезнь, похожая на тиф; на некоторых судах половина команды умерла или стала инвалидами; и Хокинс задался вопросом, какова была бы судьба Англии, если бы эпидемия опередила врага.
Морская война продолжалась до смерти Филиппа (1598). Дрейк взял флот и пятнадцать тысяч человек, чтобы помочь португальцам в их восстании против Испании (1589); но португальцы ненавидели протестантов больше, чем испанцев, англичане напились трофейного вина, и экспедиция закончилась неудачей и позором. Лорд Томас Говард повел флот к Азорским островам, чтобы перехватить испанскую флотилию, доставлявшую серебро и золото в Испанию; но новая армада Филиппа обратила корабли Говарда в бегство — за исключением «Мести», которая, отставая от остальных, героически сражалась с пятнадцатью испанскими кораблями, пока не была побеждена (1591). Дрейк и Хокинс предприняли еще один поход в Вест-Индию (1595), но по дороге поссорились и погибли. В 1596 году Елизавета послала еще один флот, чтобы уничтожить корабли в испанских портах; в Кадисе она нашла девятнадцать военных судов и тридцать шесть торговых кораблей, но они сбежали в открытое море, в то время как Эссекс разграбил город. Эта экспедиция тоже оказалась неудачной, но она вновь продемонстрировала английское господство в Атлантике.
Поражение Армады повлияло почти на все в современной европейской цивилизации. Оно ознаменовало решительные изменения в военно-морской тактике: захват и абордаж уступили место канонаде с борта корабля и палубы. Ослабление Испании помогло голландцам завоевать независимость, продвинуло Генриха IV на трон Франции и открыло Северную Америку для английских колоний. Протестантизм сохранился и окреп, католицизм в Англии ослабел, а Яков VI Шотландский перестал заигрывать с римскими папами. Если бы Армада была построена и проведена более мудро, католицизм мог бы вернуть Англию, Гизы могли бы возобладать во Франции, Голландия могла бы сдаться; великий всплеск гордости и энергии, вознесший Шекспира и Бэкона как символы и плоды триумфальной Англии, мог бы никогда не состояться; и елизаветинский экстаз должен был бы встретиться с испанской инквизицией. Итак, войны определяют теологию и философию, а способность убивать и разрушать — необходимое условие для разрешения жить и строить.