Тем не менее в его науке, если не в метафизике, оставалось достаточно, чтобы он опасался преследований. Его теория универсального механизма оставляла чудеса и свободу воли в плачевном состоянии, несмотря на его ортодоксальные убеждения. Узнав об осуждении Галилея (июнь 1633 года), он отложил в сторону главный труд «Мир», в котором планировал объединить все свои научные работы и результаты, и с грустью написал Мерсенну:
Это так сильно подействовало на меня, что я почти решился сжечь все свои мс, или, по крайней мере, никому их не показывать… Если оно [движение Земли] ложно, то все принципы моей философии [мирового механизма] ошибочны, поскольку они взаимно поддерживают друг друга….. Но ни в коем случае я не буду публиковать ничего, что содержало бы слово, которое могло бы вызвать недовольство Церкви».108
После его смерти удалось найти лишь несколько фрагментов Le Monde.
Нападки исходили не от Римской церкви (при его жизни), а от кальвинистских богословов из университетов Утрехта и Лейдена. Они считали его защиту свободы воли ересью, опасной для предопределения, и видели в его механистической космогонии спуск на ступеньку ниже атеизма. Если Вселенная может существовать только благодаря начальному импульсу, полученному от Бога, то это лишь вопрос времени, когда Бог будет освобожден от этого начального толчка. В 1641 году, когда один из профессоров Утрехта принял систему Декарта, ректор университета Гисберт Воэтиус убедил городской магистрат запретить новую философию. В ответ Декарт обрушился с нападками на Воэтиуса, который с горечью ответил ему и получил от Декарта опровержение. Магистраты призвали философа предстать перед ними (1643). Он отказался явиться; против него был вынесен приговор, но тут вмешались его друзья в Гааге, и магистраты довольствовались постановлением, запрещающим любые дальнейшие публичные аргументы как в пользу, так и против идей Декарта.
Его утешала дружба принцессы Елизаветы, которая вместе со своей матерью, курфюрстиной Елизаветой, свергнутой королевой Богемии, жила в Гааге. Принцессе было девятнадцать лет, когда появились «Рассуждения» (1637); она читала их с восхищенным удивлением, что философия может быть такой понятной; а Декарт, встретившись с ней, с восторгом увидел, что метафизика может быть прекрасной. Он посвятил ей «Principia philosophiae» в выражениях восторженной лести. Она закончила жизнь аббатисой в Вестфалии (1680).
Уже не столь счастливый в Голландии, как прежде, Декарт теперь часто посещал Францию (1644, 1647, 1648). Его патриотизм всколыхнула пенсия от нового правительства Людовика XIV (1646). Он пытался получить должность в администрации, но приближение гражданской войны — Фронды — заставило его вернуться в Голландию. В феврале 1649 года он получил приглашение от шведской королевы Кристины приехать и преподавать ей философию. Он колебался, но его привлекли ее письма, в которых на прекрасном французском языке рассказывалось о пылком уме, уже завоеванном «дорогим наслаждением». Она послала адмирала уговаривать его, а затем военный корабль за ним. Он уступил, и в сентябре отплыл из Амстердама в Стокгольм.
Его приняли со всеми почестями, но он был встревожен, узнав, что королева желает получать уроки три раза в неделю, всегда в пять часов утра; Декарт уже давно привык поздно ложиться в постель. В течение двух месяцев он подчинялся королевскому расписанию, проходя сквозь зимний рассвет и снег от своих комнат до библиотеки королевы. 1 февраля 1650 года он простудился и заболел пневмонией; 11 февраля он умер, приняв последние обряды католической церкви.
Его девиз — Bene vixit qui bene latuit — «Хорошо живет тот, кто хорошо прячется»; но его слава стала международной за много лет до его смерти. Университеты отвергали его философию, духовенство усматривало ересь в его благочестии; но ученые аплодировали его математике и физике, а парижская мода с удовольствием принимала работы, написанные им на ясном и увлекательном французском языке. Мольер смеялся над эрудированными женщинами, которые в салонах разбрасывались вихрями, но «не могли вынести вакуума». Иезуиты и раньше были терпимы к своему блестящему ученику; они заставили замолчать одного из своих коллег, который нападал на него;109 Но после 1640 года они отказались от своей защиты, а в 1663 году способствовали тому, что его работы были включены в Индекс. Боссюэ и Фенелон приветствовали доказательства Декартом основных христианских верований, но видели опасность для веры в том, что она опирается на разум. Паскаль осуждал опору на разум как тростник, колеблемый ветром.