Приписки к тексту Синодального списка по большей части носили строго фактический характер103. Наиболее важные из них посвящены были мятежам и заговорам князей Шуйских. Рассказ о смерти великой княгини Елены дополнен сведениями о том, что Шуйские и «иные бояре» уморили голодом за шесть дней конюшего Овчину104. К рассказу о мятеже Шуйских в 1542 г. добавлено, что глава заговора князь И.М. Шуйский прислал в Москву наперед себя князя П.И. Шуйского и И.В. Большого Шереметева, что в заговоре участвовали Кубенские, Д.Ф. Палецкий и новгородцы «все городом», что крамольные бояре приходили в постельные хоромы девятилетнего Ивана и т. д.105.
Напомним, что царь с крайним негодованием отзывался о Шуйских в письме к Курбскому в 1564 г. Следствием царской опалы была казнь кн. А.Б. Горбатого-Шуйского (1565 г.) и Н.В. Шереметева (1564 г.). Но и Шуйские, и Шереметевы впали в немилость значительно раньше, а именно тотчас после отставки А.Ф. Адашева в 1560 году106.
Две приписки Синодальной рукописи посвящены были Старицким. В одной из них сообщалось о смерти князя Андрея Старицкого в 1537 г.107. В другой содержались подробности об измене князя С.В. Ростовского в 1554 г. и заговоре князя Владимира Старицкого в 1553 г.108. Эта последняя приписка имеет важное значение, и она будет подробно разобрана ниже.
Когда первые тетради Синодальной рукописи были исправлены, царь приказал перебелить их, в результате чего появилась так называемая Царственная книга (за 1533–1553 гг.). Новый свод был передан на просмотр и утверждение царю. Тот оставил без всяких изменений первую его часть (1533–1542 гг.), соответствующую исправленной части Синодального списка (1535–1542 гг.). Но его вовсе не удовлетворила вторая половина Царственной книги (за 1542–1553 гг.), и он подверг ее основательной переделке109. Если в текст Синодального списка было внесено не более десятка исправлений, то в тексте Царственной книги таких поправок было более 60110. Самая обширная из них посвящена заговору князя Владимира Старицкого в 1553 г. Она имеет исключительно важное значение для датировки летописного свода в целом.
Вопрос о времени редактирования Царственной книги вызвал немало разногласий в литературе. А.А. Зимин полагает, что сведения о заговоре Старицких в 1553 г. были внесены в Царственную книгу после казни князей Старицких в первом квартале 1569 г., но ранее казни И. Висковатого в июле 1570 г. Висковатый был казнен в 1570 г. как приверженец Старицкого, но в приписке он изображен противником Старицкого111. Точности ради отметим, что Старицкий был казнен не в первом, а в последнем квартале 1569 г. и что Висковатый попал в немилость не в день казни (июль 1570 г.), а гораздо раньше. Таким образом, период, указанный А.А. Зиминым, сужается до нескольких месяцев (конец 1569 г. – начало 1570 г.). Но именно в этот период царь громил в течение 3–4 месяцев Тверь, Новгород и Псков и едва ли имел досуг заниматься старыми летописями.
Д.Н. Альшиц относит приписки в тексте Царственной книги к более раннему периоду, а именно к 1567–1568 гг.112. Его мнение представляется более аргументированным, но многие его доводы спорны. Д.Н. Альшиц не учитывает некоторых важных моментов, связанных с историей опричнины в 60-х годах.
В летописной приписке к Царственной книге о боярском заговоре 1553 г. Иван с особым одобрением упоминает о верной службе боярина и конюшего И.П. Федорова. Конюший не только не примкнул к боярам-заговорщикам, но и «донес» их крамольные речи до самого царя113. Подобная версия никак не могла быть сочинена в 1567–1568 гг., поскольку именно в эти годы Федоров подвергся опале и казни. Процесс «изменника» Федорова, будто бы покушавшегося на жизнь царя, явился центральным моментом всей политической истории опричнины в 1567–1569 гг., и потому представляется совершенно немыслимым появление в тот период официозного рассказа, обеляющего государственного преступника.