Правительство Годунова сделало все возможное — после нескольких месяцев почетного заточения и переговоров Иеремия согласился остаться в Москве. Однако Борис Годунов наметил на роль главы русской церкви вовсе не грека, а своего ставленника митрополита Иова. Объяснялось это просто — русскую церковь должен возглавить русский. Иеремия не желал уступать, и давление на константинопольскую делегацию продолжилось. На этот раз в ход пошли угрозы. Наконец запуганный патриарх согласился на все и просил только, чтобы его «государь благочестивый царь пожаловал отпустил».
Сразу после этого был созван священный собор, где по указанию Годунова «тайно» избрали трех кандидатов (одним из них был Иов), из которых благочестивый царь выбрал одного — опять-таки Иова, который и стал первым патриархом.
Введение патриаршества, хотя и предпринятое из чисто практических соображений, стало важнейшим событием в духовной жизни Руси. Исполнилось пророчество, впервые прозвучавшее вскоре после падения Константинополя — Русь стала главной хранительницей православной веры. Отныне Московское государство впервые обрело духовную независимость. В умах утвердилась мысль, что в мире есть лишь один истинный православный государь — русский царь. Это убеждение имело колоссальное значение для судеб православных народов Восточной и Южной Европы, которые с этого момента обрели в России влиятельного защитника и союзника. Патриаршество укрепляло и международный престиж России — известно, что на православном Востоке и католическом Западе Ивана Грозного отказывались признавать «настоящим» царем только потому, что венчал его на царство не первосвященник, а митрополит.
Годунов добился своего — с учреждением патриаршества высшее духовенство стало благосклоннее к правителю. Русская церковная иерархия поднималась на новую ступень: она состояла теперь из четырех митрополитов, шести архиепископов, восьми епископов. Казалось, что Москва и впрямь становится «Третьим Римом», государством истинной веры.
Трагедия в Угличе
В начале 1590 года началась война со Швецией. Шведский король Юхан III требовал от России сдать главные пограничные крепости — Смоленск, Псков и Новгород. Он был уверен, что победа достанется ему без серьезных военных действий. У западных рубежей России, в Ревеле, уже полгода стояла десятитысячная шведская армия и сорок кораблей. Швецию поддерживала и Польша, королем которой после смерти Стефана Батория стал наследник шведского престола Сигизмунд III Ваза.
У России в этот момент союзников не было. После смерти Стефана Батория в 1586 году русские дипломаты попытались договориться с Австрией о разделе Речи Посполитой, но пока шли переговоры, Австрия подписала мирный договор с Польшей. Хуже того — переговоры с католической Австрией подорвали всякое доверие к России в протестантской Англии. Эти грубые дипломатические просчеты усугубили и без того тяжелое положение России. Тем не менее, правительство Годунова рискнуло нанести удар первым.
В январе 1590 года русские полки под командованием воеводы Дмитрия Хворостинина осадили Нарву. Руководил осадой сам Борис Годунов, мало способный к военному делу. Нарва была взята ценой огромных потерь. Годунов согласился вести со шведами переговоры о мире, тем самым упустив победу. Шведы умело затянули их и выторговали себе почетное перемирие. Ключ к Прибалтике, Нарва, осталась в их руках. Тогда же Юхан III договорился с крымским ханом о совместных действиях против России. В начале 1591 года Швеция вновь сосредоточила на русской границе огромные силы. Военные приготовления шли и в Крыму. В Москве было неспокойно, и весной на улицах снова появились военные патрули. В воздухе пахло бунтом.
В мае из Углича пришла трагическая весть — при странных обстоятельствах погиб маленький царевич Дмитрий.
Царевич Дмитрий. Икона XVII — нач. XVIII вв.
Родственники царевича объявили, что мальчика убили по приказу Годунова. Однако факты говорят о том, что Борис Годунов был непричастен к его гибели. До наших дней дошло подлинное следственное дело о гибели царевича, которое вел один из главных противников Годунова Василий Шуйский (незадолго до этого его вернули из ссылки). Комиссия под его руководством прибыла в Углич на четвертый день после трагедии и провела тщательный опрос свидетелей. Никаких сомнений в том, что царевич Дмитрий погиб в полдень 15 мая во время приступа «падучей» (эпилепсии), порезавшись о собственный нож, у следователей не возникло. Дмитрий страдал этой болезнью долгое время; кроме того, он был склонен к припадкам ярости, и его игры начинали походить на дикие выходки юного Ивана Грозного. Уже в наше время историки исследовали материалы дела и пришли к выводу, что следствие велось чрезвычайно добросовестно.