Вместе с тем расследование показало, что родственники матери царевича Марии Нагой воспользовались смертью царевича в политических целях. Главную роль в этом играл Афанасий Нагой, стремившийся отстранить от власти Годунова. Нагие заявили, что мальчик убит по приказу Годунова, и попытались поднять мятеж в Угличе и Ярославле. Во время беспорядков в Угличе погибло 15 человек, в том числе и представитель царя дьяк Михайла Битяговский. Погром прекратили только своевременно подтянутые войска.
В Ярославль гонцы из Углича прибыли глубокой ночью. Сразу же ударили в набат. Собравшемуся народу объявили, что царевич Дмитрий зарезан. Не забыли уведомить об этом и английского посланника Джерома Горсея, который был тогда в Ярославле. Ночью к нему явился Афанасий Нагой и сказал, что «царевич Дмитрий скончался, дьяки перерезали ему горло, слуга одного из них сознался под пыткой, что они посланы Борисом, царица отравлена и при смерти…». Донесение о смерти царевича ушло в Англию.
Слухи о причастности Годунова к смерти царевича ползли и по Москве. В конце мая город сильно и часто горел, и в пожарах тоже винили приближенных правителя. Власти схватили нескольких поджигателей, которые заявили, что действовали по поручению Афанасия Нагого. После этого судьба Нагих была решена.
Уже в начале июня комиссия Шуйского представила свои выводы высшим духовным лицам государства. Патриарх строго осудил «измену» Нагих и угличан. Царь Федор немедленно приказал схватить виновных в измене и провести еще одно расследование — на этот раз по поводу подстрекательства к бунту. Сразу же начался «розыск». Приговор был объявлен лишь на следующий год. Мать Дмитрия постригли в монахини и заключили в монастырь на Белоозере, Афанасия Нагого с братьями бросили в тюрьму, а многих его холопов казнили. Сотни жителей Углича сослали в Сибирь. Вместе с ними в ссылку отправился и большой колокол Углича, набат которого собирал бунтовщиков.
Порядок в стране удалось восстановить в самый последний момент: 4 июля 1591 года крымско-турецкое войско численностью до ста тысяч человек подошло к южным окраинам Москвы. В течение дня продолжались стычки с русским войском, сосредоточенным близ Данилова монастыря, а ночью случился короткий бой с применением артиллерии и даже тяжелых пушек, бивших со стен Москвы. Ночная пальба и вылазки русской конницы вызвали в рядах противника такое смятение, что вся татарская рать бросилась бежать и бежала без остановки до самой Оки. Многие татары были захвачены в плен, другие утонули на переправе. Как потом выяснилось, пальба началась случайно, а конные отряды воеводы выслали просто на разведку, но победа была бесспорной. Вся слава досталась Борису Годунову. Царь Федор пожаловал ему за нее золотой кубок, захваченный в ставке Мамая после Куликовской битвы.
Случайная победа над татарами под Москвой сыграла важную роль в войне со Швецией. Шведы лишились союзника и не смогли развить наступление на Новгород и Псков. Вялые военные действия продолжались еще некоторое время, но потом начались мирные переговоры, увенчавшиеся в 1595 году не слишком выгодным для России Тявзинским миром. По нему Россия возвращала себе часть крепостей и южное побережье Финского залива — иными словами, ситуация возвращалась к той, что существовала до Ливонской войны.
Победы над политическими противниками и внешним врагом позволили Годунову укрепить свою личную власть.
Царь Борис
Федор Иоаннович скончался 6 января 1598 года. Он не оставил потомства (его единственная дочь умерла в раннем детстве). Патриарх и царица тщетно уговаривали Федора назвать преемника, но тот отмалчивался, говоря, что на все воля божья. Те, кто присутствовал при его кончине, говорят лишь о том, что он наказал Ирине закончить свои дни в монастыре.
Борис Годунов попытался возвести Ирину на престол, и она даже успела издать закон об амнистии. Патриарх Иов, вопреки всем обычаям, ввел богослужение в честь вдовствующей царицы. Возможно, все сошло бы гладко, но Борис перестарался. Разосланный по стране текст присяги требовал от подданных целовать крест патриарху Иову и православной вере, царице Ирине, правителю Борису и его детям. А признать Бориса «великим князем» многие не хотели.
В этих условиях Ирина отказалась от власти в пользу Боярской думы. Дума, однако, не смогла ни править, ни выбрать из своей среды кандидата на престол — каждый считал свой род более достойным. Годунова бояре в расчет не принимали и подчиняться ему более не желали. У Годунова оставался последний рычаг — верный ему патриарх Иов. Тот решил проблему оригинальным способом. 17 февраля, сразу по истечении траура по Федору Иоанновичу, он созвал на своем подворье «собор», на котором присутствовали люди «всех чинов». Из бояр, впрочем, были лишь Годуновы, их ближайшие родственники и некоторые младшие чины думы. Патриарх от имени всех присутствующих предложил кандидатуру Годунова, выслушал аргументы в его пользу, составленные неведомыми почитателями правителя, и «приговорил» собраться всем на другой день в Успенском соборе и пройти шествием в Новодевичий монастырь, где перед кельей царицы Ирины просить Бориса на царство.