Многие силы призывали ее завершить Реформацию. Континентальные реформаторы писали, чтобы заранее поблагодарить ее за восстановление нового богослужения, и их письма трогали ее. Владельцы бывшей церковной собственности молились о создании протестантского поселения. Сесил призывал Елизавету стать лидером всей протестантской Европы. Лондонские протестанты выразили свои настроения, обезглавив статую святого Фомы и выбросив ее на улицу. Ее первый парламент (с 23 января по 8 мая 1559 года) был в подавляющем большинстве протестантским. Средства, о которых она просила, были приняты без оговорок и задержек, а для их сбора был введен налог на всех людей, церковных и светских. Новый Акт о единообразии (28 апреля 1559 г.) сделал "Книгу общих молитв" Кранмера в новой редакции законом английской литургии и запретил все другие религиозные обряды. Месса была отменена. Все англичане были обязаны посещать воскресную службу англиканской церкви или лишаться шиллинга на помощь бедным. Новый Акт о верховенстве (29 апреля) провозгласил Елизавету верховной правительницей Англии во всех делах, духовных и мирских. Клятва верховенства, признающая религиозный суверенитет королевы, требовалась от всех священнослужителей, юристов, учителей, выпускников университетов и магистратов, а также от всех служащих церкви или короны. Все важные церковные назначения и решения должны были приниматься церковным судом высокой комиссии, выбранным правительством. Любая защита папской власти над Англией должна была караться пожизненным заключением за первое преступление и смертью за второе (1563). К 1590 году все английские церкви стали протестантскими.
Елизавета притворялась, что не преследует мнения; любой человек, по ее словам, может думать и верить как ему угодно, если он подчиняется законам; все, чего она требует, - это внешнего соответствия ради национального единства. Сесил заверил ее, что "государство никогда не будет в безопасности там, где терпимо относятся к двум религиям".54-что не помешало Елизавете потребовать терпимости к французским протестантам в католической Франции.55 Она не возражала против мирного лицемерия, но свобода мнений не должна была быть свободой слова. Проповедники, не согласные с ее взглядами по любому важному вопросу, замолкали или увольнялись.56 Законы против ереси были пересмотрены и приведены в исполнение; унитарии и анабаптисты были объявлены вне закона;57 пять еретиков были сожжены во время правления, что казалось скромным числом для своего времени.
В 1563 году собор богословов определил новое вероучение. Все были согласны с предопределением; Бог по Своей свободной воле, еще до сотворения мира и без учета индивидуальных заслуг или недостатков человека, избрал часть человечества для избрания и спасения, оставив всех остальных для порицания и проклятия. Они приняли лютеранское оправдание (спасение) верой, то есть избранные спасаются не своими добрыми делами, а верой в Божью благодать и искупительную кровь Христа; однако они интерпретировали Евхаристию в понимании Кальвина как духовное, а не физическое общение с Христом. Актом парламента (1566) "Тридцать девять статей", воплощающих новое богословие, были сделаны обязательными для всего духовенства Англии; они до сих пор являются официальным англиканским вероучением.
Новый ритуал тоже был компромиссом. Месса была отменена, но, к ужасу пуритан, духовенству было предписано носить белые сюртуки при чтении службы и копны при совершении Евхаристии. Причастие должно было приниматься на коленях, в двух формах - хлеба и вина. Обращение к святым было заменено ежегодным чествованием протестантских героев. Подтверждение и рукоположение были сохранены как священные обряды, но не рассматривались как таинства, установленные Христом; а исповедь священнику поощрялась только в преддверии смерти. Многие молитвы сохранили римско-католические формы, но обрели английскую форму и стали благородной и формирующей частью национальной литературы. На протяжении четырехсот лет эти молитвы и гимны, читаемые прихожанами и священником в просторном великолепии соборов или простом достоинстве приходской церкви, дарили английским семьям вдохновение, утешение, моральную дисциплину и душевный покой.