Пуританская атака на Елизавету приобрела форму (1569), когда в лекциях Томаса Картрайта, профессора теологии в Кембридже, подчеркивался контраст между пресвитерской организацией ранней христианской церкви и епископальной структурой англиканского истеблишмента. Многие преподаватели поддержали Картрайта, но Джон Уитгифт, директор Тринити-колледжа, донес на него королеве и добился его увольнения из преподавательского состава (1570). Картрайт эмигрировал в Женеву, где под руководством Теодора де Беза проникся всей пылкостью кальвинистской теократии. Вернувшись в Англию, он вместе с Уолтером Треверсом и другими сформулировал пуританскую концепцию Церкви. По их мнению, Христос устроил так, что вся церковная власть должна принадлежать священнослужителям и пресвитерам, избираемым в каждом приходе, провинции и штате. Сформированные таким образом консистории должны определять вероучение, ритуал и моральный кодекс в соответствии с Писанием. Они должны были иметь доступ в каждый дом, иметь право принуждать хотя бы к внешнему соблюдению "благочестивой жизни", отлучать непокорных от церкви и осуждать еретиков на смерть. Гражданские магистраты должны были исполнять эти дисциплинарные постановления, но государство не должно было иметь никакой духовной юрисдикции.80
Первый английский приход, организованный на этих принципах, был создан в Вандсворте в 1572 году, и подобные "пресвитерии" возникли в восточных и средних графствах. К этому времени большинство лондонских протестантов и членов Палаты общин были пуританами. Ремесленники Лондона, в ряды которых активно вливались кальвинистские беженцы из Франции и Нидерландов, аплодировали пуританскому наступлению на епископат и ритуал. Столичные бизнесмены смотрели на пуританство как на оплот протестантизма против католицизма, традиционно несимпатичного "ростовщикам" и среднему классу. Кальвин был для них слишком строг, но он санкционировал проценты и признавал достоинства промышленности и бережливости. Даже приближенные к королеве люди находили в пуританстве определенную пользу; Сесил, Лестер, Уолсингем и Ноллис надеялись использовать его в качестве аргумента против католицизма, если Мария Стюарт взойдет на английский трон.81
Но Елизавета чувствовала, что пуританское движение угрожает всему поселению, с помощью которого она планировала смягчить религиозные распри. Кальвинизм она считала доктриной Джона Нокса, которого она никогда не простила за его презрение к женщинам-правительницам. Пуританский догматизм она презирала еще сильнее, чем католический. Она питала неизбывную любовь к распятию и другим религиозным изображениям, и в начале своего правления в иконоборческой ярости уничтожала картины, статуи и витражи,82 она присудила возместить ущерб пострадавшим и запретила подобные действия в будущем.83 Она не была привередлива в своем языке, но возмущалась тем, что некоторые пуритане описывали Молитвенник как "вырезанный и подобранный из этой попской свалки, Книги мессы", а Суд высшей комиссии - как "маленькую вонючую канаву".84 Она видела во всенародном избрании священнослужителей и в управлении Церковью пресвитериумами и синодами, независимыми от государства, республиканскую угрозу монархии. Только монархическая власть, считала она, могла сохранить Англию протестантской; народное избирательное право восстановило бы католицизм.
Она призывала епископов беспокоить смутьянов. Архиепископ Паркер подавлял их публикации, заставлял их молчать в церквях и препятствовал их собраниям. Пуританские священнослужители организовывали группы для публичного обсуждения отрывков из Писания; Елизавета велела Паркеру положить конец этим "пророчествам", и он так и сделал. Его преемник, Эдмунд Гриндал, пытался защитить пуритан; Елизавета отстранила его от должности; а когда он умер (1583), она назначила в Кентербери своего нового капеллана, Джона Уитгифта, который посвятил себя тому, чтобы заставить пуритан замолчать. Он потребовал от всех английских священнослужителей принести клятву о согласии с Тридцатью девятью статьями, Молитвенником и религиозным верховенством королевы; он вызвал всех возражающих в суд Высокой комиссии, и там они подверглись такому подробному и настойчивому расследованию их поведения и убеждений, что Сесил сравнил эту процедуру с испанской инквизицией.85