Пуританское восстание усилилось. Решительно настроенное меньшинство открыто отделилось от англиканской общины и создало независимые конгрегации, которые избирали своих собственных священников и не признавали епископального контроля. В 1581 году Роберт Браун, ученик (впоследствии враг) Картрайта и главный рупор этих "независимых", "сепаратистов" или "конгрегационалистов", перебрался в Голландию и опубликовал там два трактата с изложением демократической конституции для христианства. Любая группа христиан должна иметь право организовывать свои богослужения, формулировать собственное вероучение на основе Писания, выбирать своих лидеров и жить своей религиозной жизнью без вмешательства извне, не признавая никаких правил, кроме Библии, никакого авторитета, кроме Христа. Двое последователей Брауна были арестованы в Англии, осуждены за неуважение к религиозному суверенитету королевы и повешены (1583).
Во время кампании по выборам в парламент 1586 года пуритане вели ораторскую войну против любого кандидата, не симпатизирующего их делу. Одного из них заклеймили как "обычного игромана и любителя горшков"; другого - как "подозреваемого в папизме, очень редко посещающего свою церковь и распутника"; это были дни мужественных речей. Когда собрался парламент, Джон Пенри представил петицию о реформе церкви и возложил на епископов ответственность за злоупотребления в клире и народное язычество. Уитгифт приказал арестовать его, но вскоре он был освобожден. Антоний Коуп представил законопроект об упразднении всего епископального учреждения и реорганизации английского христианства по пресвитерианскому плану. Елизавета приказала парламенту снять законопроект с обсуждения. Питер Уэнтуорт поднял вопрос о свободе парламента, и четыре члена поддержали его; Елизавета заточила всех пятерых в Тауэр.
Разочаровавшись в парламенте, Пенри и другие пуритане обратились к прессе. Уклоняясь от жесткой цензуры публикаций Уитгифта, они наводнили Англию (1588-89 гг.) чередой частных памфлетов, подписанных "Мартин Марпрелат, джентльмен", в которых в сатирических выражениях нападали на власть и личные качества епископов. Уитгифт и Высшая комиссия задействовали все механизмы шпионажа, чтобы найти авторов и печатников; но печатники переезжали из города в город, и общественное сочувствие помогло им избежать обнаружения до апреля 1589 года. Профессиональные писатели, такие как Джон Лайли и Томас Нэш, были привлечены для ответа "Мартину" и составили ему хорошую конкуренцию в скудоумии. Наконец, когда закончился "Биллингсгейт", споры утихли, и умеренные люди оплакивали деградацию христианства в искусство злословия.
Уязвленная этими памфлетами, Елизавета дала Уитгифту свободу действий в борьбе с пуританами. Печатники Марпрелата были найдены, аресты умножились, последовали казни. Картрайт был приговорен к смерти, но был помилован королевой. В 1593 году были повешены два лидера "броуновского движения", Джон Гринвуд и Генри Барроу, а вскоре после этого - Джон Пенри. Парламент постановил (1593 г.), что каждый, кто ставит под сомнение религиозное верховенство королевы, или упорно не посещает англиканские службы, или посещает "любые собрания, конвенты или встречи под прикрытием или предлогом какого-либо отправления религии", должен быть заключен в тюрьму и - если он не даст обещания в будущем соблюдать религиозные нормы - под страхом смерти должен покинуть Англию и никогда не возвращаться.86
В этот момент, среди суматохи и ярости, скромный пастор поднял спор на уровень философии, благочестия и величественной прозы. Ричард Хукер был одним из двух священнослужителей, которым поручили вести службы в лондонском храме; вторым был Уолтер Треверс, друг Картрайта. В утренней проповеди Хукер излагал церковное устройство Елизаветы; во второй половине дня Треверс критиковал это церковное управление с пуританской точки зрения. Каждый из них переработал свои проповеди в книгу. Поскольку Хукер писал не только теологию, но и литературу, он умолял епископа перевести его в тихий сельский пасторский дом. Так в Боскомбе в Уилтшире он закончил первые четыре книги своего великого труда "Законы церковной политии" (1594); три года спустя в Бишопсборне он отправил в печать книгу V; и там, в 1600 году, в возрасте сорока семи лет, он умер.
Его "Законы" поразили Англию спокойным и уравновешенным достоинством аргументов и звучным величием почти латинского стиля. Кардинал Аллен назвал ее лучшей книгой, вышедшей в Англии; папа Климент VIII превозносил ее красноречие и образованность; королева Елизавета с благодарностью читала ее как великолепную апологию своего религиозного правления; пуритане были успокоены мягкой ясностью ее тона; а потомки восприняли ее как благородную попытку гармонизировать религию и разум. Хукер поразил своих современников, признав, что даже папа может быть спасен; он шокировал богословов, заявив, что "уверенность в том, что мы верим в Слово Божье, для нас не столь несомненна, как то, что мы воспринимаем чувством";87 способность человека к рассуждению также является божественным даром и откровением.