Ирландская политика Елизаветы основывалась на убеждении, что католическая Ирландия будет представлять опасность для протестантской Англии. Она приказала полностью насадить протестантизм на всем острове. Мессы были запрещены, монастыри закрыты, общественные богослужения прекратились за пределами узкого Пале. Священники выживали, скрываясь, и тайно совершали таинства для немногих. Мораль, лишенная и религии, и мира, почти исчезла; убийства, воровство, прелюбодеяния и изнасилования процветали, а мужчины меняли жен без обид и сомнений. Ирландские вожди обращались за защитой или помощью к римским папам и Филиппу II. Филипп опасался вторгаться в Ирландию, чтобы англичане не пришли на помощь восставшим Нидерландам, но он основал в Испании центры и колледжи для ирландских беженцев. Пий IV послал в Ирландию ирландского иезуита Давида Вульфа (1560); с мужеством и преданностью, характерными для его ордена, Вульф основал подпольные миссии, привлек других замаскированных иезуитов и восстановил католическое благочестие и надежду. Вожди воспряли духом и один за другим подняли восстание против английского владычества.
Самым могущественным из них был Шейн (то есть Джон) О'Нил из Тирона. Это был такой человек, о котором слагали легенды и за которого ирландцы могли сражаться. Он яростно защищал свой титул О'Нила от узурпировавшего его брата. Он игнорировал заповеди и обожал церковь. Он сорвал все попытки англичан подчинить его, рисковал головой, чтобы посетить Лондон и заручиться союзом и поддержкой Елизаветы, и вернулся с триумфом, чтобы править Ольстером, а также Тайроном. Он вел ожесточенную борьбу с соперничающим кланом О'Доннеллов, был окончательно разбит им (1567) и убит, когда укрылся у Макдоннеллов, шотландских переселенцев, чье поселение в Антриме он ранее атаковал.
История Ирландии после его смерти - это парад восстаний, резни и лордов-наместников. Сэр Генри Сидни, отец сэра Филипа, верно служил Елизавете на этом неблагодарном посту в течение девяти лет. Он участвовал в разгроме О'Нила, до смерти преследовал Рори О'Мора и был отозван (1578) из-за высокой стоимости своих побед. За два года пребывания на посту лорда-наместника Уолтер Деверо, первый граф Эссекс, отличился резней на острове Ратлин, у побережья Антрима. Туда мятежные Макдоннеллы отправили для безопасности своих жен и детей, стариков и больных с охраной. Эссекс отправил отряд для захвата острова. Гарнизон предложил сдаться, если им позволят отплыть в Шотландию; предложение было отвергнуто, они сдались безоговорочно; их, женщин и детей, больных и стариков, числом шестьсот, предали мечу (1575).92
Великим восстанием этого периода стало восстание клана Джеральдинов в Мюнстере. После многих пленений и побегов Джеймс Фицморис Фицджеральд переправился на континент, собрал отряд из испанцев, итальянцев, португальцев, фламандцев и английских католиков-эмигрантов и высадил их на побережье Керри (1579), но потерял жизнь в случайной войне с другим кланом. Его двоюродный брат Джеральд Фицджеральд, пятнадцатый граф Десмонд, продолжил восстание, но соседний клан Батлеров под предводительством протестантского графа Ормонда объявил себя на стороне Англии. Католики Пэйла организовали армию и разгромили войска нового лорда-наместника Артура, лорда Грея (1580). Получив подкрепление, Грей осадил основные силы Десмонда с суши и моря на мысе в заливе Смервик. Оказавшись беззащитными перед артиллерией Грея, шестьсот оставшихся в живых мятежников сдались и молили о пощаде; все были вырезаны, женщины и мужчины, за исключением офицеров, которые могли пообещать значительный выкуп.93 Война англичан против ирландцев и кланов против кланов настолько опустошила Мюнстер, что (по словам ирландского летописца) "в тот год от Дингла до Кашельской скалы не было слышно ни мычания коровы, ни голоса пахаря"; а один англичанин писал (1582), что "в Мюнстере менее чем за полгода умерло от голода... тридцать тысяч человек, кроме того, других повесили и убили".94 Ибо "убить ирландца в этой провинции, - писал великий английский историк, - считалось не больше, чем убить бешеную собаку".95 Почти лишившись ирландцев, Мюнстер был разделен на плантации для английских поселенцев (1586 г.), одним из которых был Эдмунд Спенсер, завершивший там "Королеву фаэри".
В 1593 году отчаянные ирландцы снова восстали. Хью О'Доннел, лорд Тирконнел, объединил свои силы с Хью О'Нилом, вторым графом Тайроном. Испания, находившаяся в состоянии открытой войны с Англией, обещала помощь. В период междуцарствия между заместителями лордов О'Нил разгромил английскую армию при Армаге, захватил Блэкуотер, английский опорный пункт на севере (1598), и отправил войска для возобновления восстания в Мюнстере. Английские колонисты бежали, бросив свои плантации. В Ирландии распространились надежда и радость, и даже англичане ожидали, что падет сам Дублин.