Филипп терпеливо восстанавливал свой флот. Маркиз Санта-Крус умер (январь 1588 г.); Филипп заменил его герцогом Медина-Сидония, вельможей с родословной , который был более родовит, чем компетентен. Когда Армада, наконец, была завершена, она насчитывала 130 судов, в среднем 445 тонн; половина кораблей были грузовыми, половина - военными; на них служили 8050 моряков, а в плавание отправились 19 000 солдат. Филипп и его адмиралы представляли себе морскую войну в античных терминах - схватиться с врагом, взять его на абордаж и сражаться как мужчина с мужчиной; английский план состоял в том, чтобы топить вражеские корабли с их переполненными экипажами широким боковым огнем. Филипп приказал своему флоту не искать и не атаковать английские эскадры, а захватить какой-нибудь английский плацдарм, перейти во Фландрию и взять на абордаж 30 000 солдат, которых герцог Пармский держал там наготове; усиленные таким образом, испанцы должны были двинуться на Лондон. Тем временем в Англию было тайно доставлено письмо кардинала Аллена (апрель 1588 г.), в котором католики призывали испанцев присоединиться к ним и свергнуть их "узурпаторскую, еретическую, проститутскую" королеву.103 Чтобы помочь восстановить католицизм в Англии, сотни монахов сопровождали Армаду под началом генерального викария инквизиции.104 Испанскими моряками и их хозяевами двигал благочестивый религиозный дух; они искренне верили, что выполняют священную миссию; проститутки были отосланы, сквернословие утихло, азартные игры прекратились. Утром, когда флот отплыл из Лиссабона (29 мая 1588 года), каждый человек на борту принял Евхаристию, и вся Испания молилась.
Ветры благоприятствовали Елизавете; Армада попала в губительный шторм; она укрылась в гавани Ла-Коруньи, залечила раны и снова отправилась в путь (12 июля). Англия ждала ее в лихорадочной смеси разделенных советов, спешных приготовлений и отчаянной решимости. Пришло время Елизавете потратить суммы, которые она сберегла за тридцать лет скупости и расточительства. Ее народ, как католический, так и протестантский, с готовностью пришел на помощь; в городах готовилось добровольное ополчение; лондонские купцы финансировали полки и, попросив снарядить пятнадцать кораблей, предоставили тридцать. Вот уже десять лет Хокинс строил военные корабли для флота королевы; Дрейк стал вице-адмиралом. Частники привели свои суда на роковую встречу. В начале июля 1588 года все восемьдесят два корабля под командованием Чарльза, лорда Говарда Эффингемского, как верховного адмирала Англии, собрались в Плимуте, чтобы встретить наступающего врага.
19 июляIII авангард Армады был замечен в устье Ла-Манша. Защищающийся флот отплыл из Плимута, и двадцать первого числа начались боевые действия. Испанцы ждали, когда англичане подойдут достаточно близко для захвата, но вместо этого легкие английские суда, построенные в низких линиях и с узкой балкой, стали обходить тяжелые испанские галеоны, стреляя по ним с широких сторон. Палубы испанских кораблей были слишком высоки; их орудия стреляли слишком далеко над английскими судами, нанося лишь незначительный ущерб ; английские лодки бежали под огнем, а их маневренность и скорость оставляли испанцев беспомощными и растерянными. С наступлением ночи они бежали до ветра, оставив один из своих кораблей Дрейку. Другой корабль был взорван, предположительно мятежным немецким канониром, и его обломки попали в руки англичан. К счастью, на обоих кораблях находились боеприпасы, которые вскоре были переданы флоту королевы. Двадцать четвертого числа прибыло еще больше боеприпасов, но все равно англичанам хватило их только на день боя. Двадцать пятого числа, у острова Уайт, Говард возглавил атаку; его флагманский корабль вошел в центр Армады, обмениваясь абордажами с каждым галеоном, мимо которого он проходил; превосходная точность английского огня сломила боевой дух испанцев. "Враги преследуют меня, - писал Медина-Сидония в ту ночь герцогу Пармскому, - они обстреливают меня с утра до темноты, но не сцепляются... Нет никакого средства, ибо они быстры, а мы медлительны".105 Он умолял Парму прислать ему боеприпасы и подкрепления, но порты Пармы были блокированы голландскими кораблями.