22 июня 1942 года гебитскомиссар Псковского округа получил из Печерского монастыря письмо следующего содержания: «Почтительнейше имею честь Вам доложить, что 21 сего июня было совершено молебствие о даровании нашим освободителям окончательной победы над богопротивным большевизмом.
Да поможет Господь Бог победоносной Великогерманской армии и ее великому вождю Адольфу Гитлеру в окончательном уничтожении безбожного коммунизма». Оно было подписано настоятелем монастыря. Так же монастырь торжественным богослужением и крестным ходом отмечал день захвата Печер германской армией27.
Немецкие власти высоко ценили активное содействие в проведении своей политики со стороны монахов монастыря. Одна из многочисленных благодарностей была получена Печерским монастырем и от канцелярии фюрера за подарки Гитлеру ко дню его рождения.
Особое доверие оккупантам к Псково-Печерскому монастырю можно во многом объяснить особым отношением нацистов к православному духовенству прибалтийских республик, которые в 1940 году были присоединены к советскому Союзу. В январе 1941 года экзархом Прибалтики был назначен митрополит Сергий (Воскресенский), который до этого являлся полномочным представителем Московской патриархии в этом регионе. При приближении германских войск к Риге представителями советской власти ему было рекомендовано эвакуироваться. Вместо этого он скрылся. 12 сентября 1941 года экзарх Сергий обратился к германским властям с докладной запиской, в которой доказывал оккупантам, что Московская патриархия никогда не примирялась с безбожной властью, подчинившись ей только внешне, и что поэтому он, Сергий, имеет моральное право призвать русский народ к восстанию28.
Но несмотря на все эти заявления к рижскому митрополиту Сергию немцы все же испытывали определенное недоверие. Так, настоятель Псково-Печерского монастыря П. М. Горшков несколько раз вызывался в гестапо, в Псков, где его подробно расспрашивали о политических настроениях экзарха. Немецкие власти не скрывали от настоятеля того, что они подозревают Сергия в том, что он советский агент. Всегда, когда Сергий приезжал в Печерский монастырь, немецкая полиция посылала туда своих тайных агентов, которые следили за ним и за теми людьми, с которыми он общался.
Создание и организация Православной миссии во многом связаны с инициативой православного духовенства из Прибалтики и, в частности, с деятельностью экзарха Сергия. Последний в начале июля 1941 года вступил в переговоры с германским командованием, предложив отправить миссионеров «в большевистские области России». Активное содействие ему оказало СД, и уже 18 августа первые посланники прибыли во Псков. Всего их было 14 человек, в основном священников. Изначально они не получали никакой поддержки ни со стороны немецкой, ни со стороны русской коллаборационистской администрации. Дело дошло до того, что вновь прибывшие священники даже не получили продовольственных карточек. Ситуация кардинально изменилась после вмешательства отдела пропаганды и СД. Последние увидели в миссии надежного проводника своей политики. По требованию немцев миссионеры должны были не только (и не столько) налаживать церковную жизнь, но и «объяснять и указывать населению преимущества и достоинства новой, открывающейся для него жизни»29.
Все миссионеры, прибывшие из Прибалтики, стали считаться членами Православной миссии. Из их числа постепенно образовалось управление. Во главе её стоял начальник, имевший несколько заместителей, курировавших отдельные церковные дела, ревизора. Все решения, принятые миссией, утверждались экзархом.
Первым начальником псковской Православной миссии стал протоиерей Сергий Ефимов, в октябре 1941 года его сменил протоиерей Николай Коливерский, после смерти которого в октябре 1942 года новым начальником был назначен протопресвитер Кирилл Зайц. Его помощником стал священник И. Легкий, членами управления миссии — протоиерей Н. Шенрок, священник Г. Бенигсен, секретарем — священник Н. Жунда. Для связи с местами и наблюдения за духовенством в 1942 году был организован институт благочинных в округах: Псковском, Новгородском, Порховском, Гдовском, Дновском, Островском, Гатчинском, Славковичском, Солецком, Ушаковском, Карташевском. Миссия стремилась взять управление в свои руки, она не только наблюдала за храмами, но и назначала новых священников.