Но серьезных результатов в церковном строительстве на юге России оккупанты не достигли. Это можно объяснить как относительно кратковременным периодом нацистской оккупации этих территорий, так и заметной активизацией в 1942 году патриотической, антифашистской деятельности Русской Православной Церкви.
Московский митрополит Сергий ещё 22 июня 1941 года призвал верующих встать на защиту своей Родины от немецких поработителей. В своем втором послании, датированном 14 октября 1941 года, он с возмущением писал о сотрудничестве русского духовенства на оккупированной территории с немцами и грозил подобным отступникам церковным судом100.
Силы советского сопротивления в 1941 году хотя и признавали в своих донесениях в центр, что церковная политика оккупантов находит поддержку у большинства населения, боролись с ней в основном физическими методами. В ряде населённых пунктов священники, невзирая на степень их вины, были расстреляны101.
Советские органы государственной безопасности в первые месяцы войны также видели в священнослужителях таких же врагов, как и в немецко-фашистских захватчиках. Все церковные мероприятия находились в поле внимания нашей агентуры. Так, согласно Указанию НКВД СССР № 64 «О задачах и постановке оперативно-чекистской работы» от 18 февраля 1942 года требовалось выявить состав церковных и сектантских организаций, возникших при немцах, определить, в чем выражается их вражеская работа, установить, как оккупанты используют эти организации в интересах своей захватнической политики, какие мероприятия они проводят по этой линии (открытие церквей и молитвенных домов, принудительные церковные браки, крещение и т. д.), кто из местных жителей является проводником этих мероприятий.
В директиве НКВД СССР от 12 мая 1942 года констатировался факт усиления влияния церкви на оккупированной территории России. В этих условиях было предложено провести ряд мероприятий, таких, как:
1. Разработка плана мероприятий по установлению связи с проверенной агентурой по церковникам и сектантам, оставшейся на территории, временно занятой противником, а также по заброске в тыл противника имеющейся агентуры по церковной линии.
2. Использование агентуры для получения широкой информации о деятельности церковников и сектантов в оккупированных местностях, о месте нахождения церковных и сектантских центров, их персональном составе, методах и мероприятиях немцев по использованию церковников во враждебных нам целях.
3. Распространение в тылу врага листовок патриотического содержания, подписанных руководством Православной Церкви102.
4. Перед наиболее квалифицированной агентурой из духовенства была поставлена задача проникнуть в церковные центры и внутри их повести борьбу за руководство церковными организациями, склоняя духовенство к признанию церковной власти Московской патриархии.
Данная директива была подписана заместителем наркома внутренних дел СССР.
Хотя официальное примирение Русской Православной Церкви и советской власти произошло лишь в 1943 году, уже с начала 1942 года партизаны и подпольщики, отрезанные от центра, не имевшие с ним надёжной связи, пытались наладить связь со служителями культа. Первоначально через своих агентов определялся тот круг священников, который в своих проповедях занимал по отношению к немцам нейтральную или отрицательную позицию. Далее им рассылались письма с разъяснением того, что данная война является отечественной и для победы над злейшим врагом православного народа требуется объединение всех, кто любит Россию103.
По воспоминаниям комиссара Пятой партизанской бригады И. И. Сергунина трагизм заключался в том, что многие священнослужители, не принимая фашистской идеологии, боялись партизан и не доверяли им. Считали их бандитами. Несмотря на это некоторые священники согласились в своих проповедях говорить о неизбежности победы русского оружия и служить молебны за здравие односельчан, находящихся в Красной Армии104.
После избрания Сергия в патриархи всея Руси в 1943 году, немецкие власти пытались сделать все, чтобы его избрание в сфере их влияния было объявлено недействительным. В Берлине прошло церковное собрание, представленное в основном эмигрантами. «Архиерейское совещание иерархов Православной Русской Церкви», как оно себя официально назвало, приняло резолюцию и воззвание. В них утверждалась незаконность избрания патриарха Московского. Этот акт назывался не церковным, а политическим. Сергий и его сподвижники обвинялись в том, что они — простые марионетки безбожной власти, принимающие «дары от сатаны». Воззвание лживо утверждало, что совещание — это честный, правдивый голос «наиболее свободной части русской церкви», никакой внешней силой не продиктованный.