Все миссионеры, прибывшие из Прибалтики, стали считаться членами Православной миссии. Из их числа постепенно образовалось управление. Во главе её стоял начальник, имевший несколько заместителей, курировавших отдельные церковные дела, ревизора. Все решения, принятые миссией, утверждались экзархом.
Первым начальником псковской Православной миссии стал протоиерей Сергий Ефимов, в октябре 1941 года его сменил протоиерей Николай Коливерский, после смерти которого в октябре 1942 года новым начальником был назначен протопресвитер Кирилл Зайц. Его помощником стал священник И. Легкий, членами управления миссии — протоиерей Н. Шенрок, священник Г. Бенигсен, секретарем — священник Н. Жунда. Для связи с местами и наблюдения за духовенством в 1942 году был организован институт благочинных в округах: Псковском, Новгородском, Порховском, Гдовском, Дновском, Островском, Гатчинском, Славковичском, Солецком, Ушаковском, Карташевском. Миссия стремилась взять управление в свои руки, она не только наблюдала за храмами, но и назначала новых священников.
Территория, находившаяся в ведении миссии, включала в себя все районы Ленинградской области, оккупированные немцами (за исключением Ямбургского и Волосовского — они находились под церковной юрисдикцией эстонской Нарвы), а также северная часть Калининской области, на этой территории проживало в 1941 года свыше двух миллионов человек30.
В условиях войны и, как следствие этого обострения религиозных чувств населения, церковь пользовалась огромным влиянием. Так, в январе 1942 года в крещенском крестном ходе участвовало 40 % (10 тыс. из 25 тыс.) оставшегося во Пскове населения31.
Для верующих создание Православной миссии объяснялось не только необходимостью быстрого возрождения в «освобожденных областях» церковной жизни, но и тем, что означенные области не имели епископа, ранее ими руководившего. Управление миссией официально учреждалось «до восстановления непосредственной связи с Патриаршей церковью». В 1941 году было объявлено, что «Высшая церковная власть в Российской Православной Церкви принадлежит Местоблюстителю Патриаршего Престола Блаженнейшему Сергию и состоящему при нем архиерейскому собранию. Но Экзархат, — говорилось далее, — в связи с ходом военных событий оказался по эту сторону фронта и поэтому управляется самостоятельно»32.
До 1943 года, до нормализации отношений между советской властью и Русской Православной Церковью, при богослужениях на оккупированной территории возносилось не только имя экзарха, но и Местоблюстителя Патриаршего престола. Потом упоминание Патриарха Московского Сергия было запрещено немцами, но в условиях коренного перелома в Великой Отечественной войне многие священники отказывались этот приказ выполнить33.
К концу немецкой оккупации число священников на этой территории возросло до 175, а число приходов до 200. Так как большая часть этой территории принадлежала Ленинградской епархии, священники должны были возносить во время богослужения имя митрополита Ленинградского Алексия, находящегося по другую сторону фронта. Но когда с советских самолетов начали разбрасывать подписанные Алексием антифашистские листовки, оккупационные власти запретили любое положительное упоминание его имени в храмах34.
В августе 1942 года священники оккупированных районов Северо-Запада РСФСР получили секретный циркуляр от Православной миссии, подписанный протоиереем Кириллом Зайцем. В нем давались следующие задания:
1) выявлять партизан и лиц, связанных с ними;
2) среди прихожан выявлять всех тех, кто настроен против немцев и высказывает недовольство немецкими порядками:
3) выявлять всех служителей культа, которые отправляют службы, не имея соответствующего образования, то есть священников-самозванцев;
4) выявлять в своем приходе всех лиц, кто ранее был репрессирован советской властью.
Здесь же указывалось, что все эти сведения должны ежемесячно пересылаться в Псков в Православную миссию. В этом же циркуляре были и задания по церковным делам, в том числе по сборам прихожан на бедных детей, ремонт храмов и т. д. 10 % от всех сборов должны были посылаться на содержание миссии и экзархата35.
В других циркулярах, рассылаемых миссией за подписями ее руководителей — Зайца, Жунды и Шенрока, священникам разъяснялся порядок богослужения, предписывалось представлять сведения о количестве молящихся, мужчин, женщин и детей, о количестве крещеных и умерших.
Немецкие власти стремились максимально использовать работу миссии для своих целей. Ее руководство регулярно получало распоряжения от нацистов о содействии оккупационным властям. Они принимались к исполнению. Представители различных германских служб — военных, экономических, разведывательных рассчитывали на то, что через Православную миссию они смогут получать значительное количество информации.