В то же время ортскомендатуры вели тщательный подсчет наличных церковных ценностей и поступавших от населения средств на восстановление храмов. Нацисты собирали, систематизировали, составляли подробные картотеки на церкви, церковную утварь, вели досье на священнослужителей. В этих условиях, по воспоминаниям ставропольчан, переживших оккупацию, многие люди, ходившие в церкви, молили Бога изгнать оккупантов с русской земли, просили о заступничестве и помощи98.
Заигрывая со всеми конфессиями, имевшими своих представителей на Северном Кавказе, нацисты провозгласили, что теперь каждый народ может вспомнить свою историческую религию. Для этого во всех без исключения учебных заведениях началось «углубленное изучение» христианского (православного), мусульманского и даже буддистского (в Калмыкии) учения99.
Но серьезных результатов в церковном строительстве на юге России оккупанты не достигли. Это можно объяснить как относительно кратковременным периодом нацистской оккупации этих территорий, так и заметной активизацией в 1942 году патриотической, антифашистской деятельности Русской Православной Церкви.
Московский митрополит Сергий ещё 22 июня 1941 года призвал верующих встать на защиту своей Родины от немецких поработителей. В своем втором послании, датированном 14 октября 1941 года, он с возмущением писал о сотрудничестве русского духовенства на оккупированной территории с немцами и грозил подобным отступникам церковным судом100.
Силы советского сопротивления в 1941 году хотя и признавали в своих донесениях в центр, что церковная политика оккупантов находит поддержку у большинства населения, боролись с ней в основном физическими методами. В ряде населённых пунктов священники, невзирая на степень их вины, были расстреляны101.
Советские органы государственной безопасности в первые месяцы войны также видели в священнослужителях таких же врагов, как и в немецко-фашистских захватчиках. Все церковные мероприятия находились в поле внимания нашей агентуры. Так, согласно Указанию НКВД СССР № 64 «О задачах и постановке оперативно-чекистской работы» от 18 февраля 1942 года требовалось выявить состав церковных и сектантских организаций, возникших при немцах, определить, в чем выражается их вражеская работа, установить, как оккупанты используют эти организации в интересах своей захватнической политики, какие мероприятия они проводят по этой линии (открытие церквей и молитвенных домов, принудительные церковные браки, крещение и т. д.), кто из местных жителей является проводником этих мероприятий.
В директиве НКВД СССР от 12 мая 1942 года констатировался факт усиления влияния церкви на оккупированной территории России. В этих условиях было предложено провести ряд мероприятий, таких, как:
1. Разработка плана мероприятий по установлению связи с проверенной агентурой по церковникам и сектантам, оставшейся на территории, временно занятой противником, а также по заброске в тыл противника имеющейся агентуры по церковной линии.
2. Использование агентуры для получения широкой информации о деятельности церковников и сектантов в оккупированных местностях, о месте нахождения церковных и сектантских центров, их персональном составе, методах и мероприятиях немцев по использованию церковников во враждебных нам целях.
3. Распространение в тылу врага листовок патриотического содержания, подписанных руководством Православной Церкви102.
4. Перед наиболее квалифицированной агентурой из духовенства была поставлена задача проникнуть в церковные центры и внутри их повести борьбу за руководство церковными организациями, склоняя духовенство к признанию церковной власти Московской патриархии.
Данная директива была подписана заместителем наркома внутренних дел СССР.
Хотя официальное примирение Русской Православной Церкви и советской власти произошло лишь в 1943 году, уже с начала 1942 года партизаны и подпольщики, отрезанные от центра, не имевшие с ним надёжной связи, пытались наладить связь со служителями культа. Первоначально через своих агентов определялся тот круг священников, который в своих проповедях занимал по отношению к немцам нейтральную или отрицательную позицию. Далее им рассылались письма с разъяснением того, что данная война является отечественной и для победы над злейшим врагом православного народа требуется объединение всех, кто любит Россию103.