Контрольное управление призвано обеспечить единые правила методологического и организационного обеспечения налоговых проверок и других форм налогового контроля.
Аналитическое управление должно обеспечить повышение уровня аналитической работы в налоговых органах, в том числе методическими рекомендациями по выбору объекта выездных налоговых проверок; проведению предпроверочного анализа финансово-хозяйственной деятельности организации-налогоплательщика; сбор комплекса сведений о налогоплательщике, в том числе формирование «досье» налогоплательщика; переход от администрирования отдельных налогов к администрированию налогоплательщика.
Задача правового управления – юридическое сопровождение принимаемых Службой нормативных актов, обеспечение их соответствия законодательству, проведение налогового аудита, т. е. контроль качества актов, составляемых по итогам налоговых проверок нижестоящими налоговыми органами, а также урегулирование налоговых споров и рассмотрение жалоб налогоплательщиков (плательщиков сборов и налоговых агентов) на действия налоговых органов и их должностных лиц в досудебном порядке.
Управление информатизации призвано обеспечить переход налогового администрирования на новые информационные технологии, основанные на электронной обработке данных, поступающих в налоговые органы, введение дополнительных компьютеризированных рабочих мест налоговых инспекторов.
Административное управление и управление обеспечения обеспечивают функции центрального аппарата как органа управления и в целом системы налоговых органов. В функции административного управления входит управление делами, издание приказов, распоряжений и другой документации, касающейся деятельности сотрудников центрального аппарата.
Функции управления обеспечения – финансовое и материально-техническое обеспечение потребностей службы, капитальное строительство и др., поддерживающие статус Федеральной налоговой службы как исполнительного органа управления.
В непосредственном подчинении ФНС России находятся межрегиональные инспекции. На начало 2008 г. в России функционируют десять специализированных инспекций по крупнейшим налогоплательщикам. Семь ИФНС России по крупнейшим налогоплательщикам располагаются в Москве, три – в Санкт-Петербурге. Межрегиональные инспекции созданы трех типов: специализированные по крупнейшим налогоплательщикам, по централизованной обработке данных и по федеральным округам. Назначение межрегиональных инспекций – повысить эффективность налогового администрирования, в особенности налогоплательщиков отраслей экономики и сфер деятельности, являющихся в части налоговых поступлений бюджетообразующими. Цель создания таких инспекций – противопоставить интеграции крупнейших налогоплательщиков (вертикально-интегрированных холдингов, финансово-промышленных групп) вертикальное налоговое администрирование, а также усилить контроль и соответственно налоговую дисциплину налогоплательщиков в этих отраслях экономики и сферах деятельности, а именно: в нефтяном и газовом комплексе, электроэнергетике, транспорте и связи, металлургии и машиностроении и некоторых других. Администрирование налогоплательщиков в вышеуказанных инспекциях строится не по территориальному принципу, а исходя из отраслевой принадлежности налогоплательщика по основному виду деятельности и с учетом специфики отрасли. Создание налоговых инспекций, специализированных по отраслям хозяйства, соответствует международной практике развития налоговых органов.
Важное место среди межрегиональных инспекций, непосредственно подчиненных службе, принадлежит межрегиональной инспекции ФНС России по централизованной обработке данных (МИ ФНС России по ЦОД). В функции данной инспекции входит информационное обеспечение деятельности ФНС России, в том числе формирование в электронном виде сводных (в целом по Российской Федерации) информационных ресурсов налогового администрирования (единого государственного реестра юридических лиц, единого государственного реестра индивидуальных предпринимателей, единого государственного реестра налогоплательщиков, реестров лицензий и др.). На основе сводной информации, поступающей от налоговых органов по электронным каналам связи, даются рекомендации по выбору налогоплательщиков для налоговых проверок, анализируется эффективность проверок, осуществляются анализ и прогнозирование налоговых поступлений в бюджетную систему Российской Федерации.