Пункт 3 ст. 89 НК РФ гласит, что выездная налоговая проверка в отношении одного налогоплательщика может проводиться по одному или нескольким налогам.
Предметом выездной налоговой проверки является правильность исчисления и своевременность уплаты налогов (п. 4 ст. 89 НК РФ). При этом в рамках выездной налоговой проверки может быть проверен период, не превышающий трех календарных лет, предшествующих году, в котором вынесено решение о проведении проверки.
В соответствии с разъяснениями, предоставленными ФНС России в Письме от 22 октября 2007 г. N ШТ-6-03/809@ "О направлении Письма Минфина России от 19 июня 2007 г. N 03-07-08/160", срок проведения выездной налоговой проверки исчисляется со дня вынесения решения о назначении проверки и до дня составления справки о проведенной проверке.
В п. 5 ст. 89 закреплено, что налоговые органы не вправе проводить две и более выездные налоговые проверки по одним и тем же налогам за один и тот же период (смотрите, например, Постановление ФАС Центрального округа от 19 февраля 2009 г. по делу N А08-2803/2008-25; Постановление ФАС Центрального округа от 15 апреля 2008 г. по делу N А36-2862/2007; Постановление ФАС Поволжского округа от 18 декабря 2007 г. по делу N А65-5017/07).
Также они не вправе проводить в отношении одного налогоплательщика более двух выездных налоговых проверок в течение календарного года, за исключением случаев принятия решения руководителем федерального органа исполнительной власти, уполномоченного по контролю и надзору в области налогов и сборов (смотрите Постановление Правительства Российской Федерации от 30 сентября 2004 г. N 506 "Об утверждении Положения о Федеральной налоговой службе"), о необходимости проведения выездной налоговой проверки налогоплательщика сверх указанного ограничения.
При определении количества выездных налоговых проверок налогоплательщика не учитывается количество проведенных самостоятельных выездных налоговых проверок его филиалов и представительств (смотрите, например, Постановление ФАС Северо-Западного округа от 27 апреля 2009 г. по делу N А56-27517/2008).
Пункт 6 ст. 89 НК РФ регламентирует, что выездная налоговая проверка не может продолжаться более двух месяцев (смотрите, например, Постановление ФАС Поволжского округа от 21 января 2009 г. по делу N А12-7693/2008).
Указанный срок может быть продлен до четырех месяцев, а в исключительных случаях — до шести месяцев (форму решения о продлении выездной налоговой проверки смотрите в Приложении N 2 к Приказу ФНС России от 7 мая 2007 г. N ММ-3-06/281@ "Об утверждении рекомендуемых форм документов, используемых налоговыми органами при реализации своих полномочий в отношениях, регулируемых законодательством о налогах и сборах").
Основания и порядок продления срока проведения выездной налоговой проверки устанавливаются федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов.
Согласно положениям Приложения N 2 к Приказу ФНС России от 25 декабря 2006 г. N САЭ-3-06/892@ "Об утверждении форм документов, применяемых при проведении и оформлении налоговых проверок; оснований и порядка продления срока проведения выездной налоговой проверки; порядка взаимодействия налоговых органов по выполнению поручений об истребовании документов; требований к составлению Акта налоговой проверки" основаниями продления срока проведения выездной налоговой проверки до четырех и (или) шести месяцев могут являться:
— проведение проверок налогоплательщика, отнесенного к категории крупнейших;
— получение в ходе проведения выездной (повторной выездной) налоговой проверки информации от правоохранительных, контролирующих органов либо из иных источников, свидетельствующей о наличии у налогоплательщика, плательщика сбора, налогового агента нарушений законодательства о налогах и сборах и требующей дополнительной проверки;
— наличие форс-мажорных обстоятельств (затопление, наводнение, пожар, другое) на территории, где проводится проверка;
— другое.
В соответствии с п. 7 ст. 89 НК РФ в рамках выездной налоговой проверки налоговый орган вправе проверять деятельность филиалов и представительств налогоплательщика. Он также вправе проводить самостоятельную выездную налоговую проверку филиалов и представительств по вопросам правильности исчисления и своевременности уплаты региональных и (или) местных налогов.