Судья A.Л. Кононов в Особом мнении по данному Постановлению Конституционного Суда РФ высказывался еще более определенно. Опираясь на противоречивость оспариваемого положения ст. 89 НК РФ, налоговые органы при проведении выездных налоговых проверок самочинно ввели в практику приостановление проверки в отношении данного налогоплательщика, ссылаясь на необходимость проведения встречных проверок и иные обстоятельства. Термин «приостановление» был легализован в Инструкции Министерства Российской Федерации по налогам и сборам от 10 апреля 2000 г. № 60 «О порядке составления акта выездной налоговой проверки и производства по делу о нарушениях законодательства о налогах и сборах». В то же время ни ст. 89 НК РФ, ни иные положения налогового законодательства не содержат указаний на полномочие налоговых органов приостанавливать проведение выездных проверок, произвольно продлевая тем самым установленные ограничения их продолжительности.
Часть 2 ст. 4 НК РФ определяет нормативные акты Министерства Российской Федерации по налогам и сборам как обязательные лишь для своих подразделений и не относит их к актам законодательства по налогам и сборам. Между тем приостановление выездных налоговых проверок существенным образом затрагивает интересы налогоплательщиков.
В ряде судебных решений, в том числе в делах заявителей по настоящему делу, факты приостановления налоговых проверок не рассматриваются как нарушение закона, поскольку налоговое законодательство не содержит подобных запретов. Такой аргумент, однако, нельзя признать правомерным в сфере регулирования публичных правовых отношений. Из конституционных основ правового демократического государства (ч. 1 ст. 1 Конституции РФ) вытекает связанность исполнительной власти правом и законом, ответственность и предсказуемость ее деятельности, возможной лишь при условии, что полномочия органов управления основаны на законе. Поэтому в отличие от принципа диспозитивности, лежащего в основе частноправовых отношений, определение полномочий государственных органов в сфере публичного права не допускает их собственного усмотрения и должно регулироваться на основе принципа «Дозволено только то, что разрешено законом», являющегося необходимой гарантией против произвола и злоупотребления властью. В соответствии со ст. 55 (ч. 3) Конституции РФ всякое ограничение конституционных прав и свобод возможно только на основании федерального закона.
Характерно, что в Постановлении Конституционного Суда РФ вообще не упоминается о практике приостановления налоговых проверок, которая является основным мотивом в жалобах заявителей. Такая позиция избавляет от необходимости оценки законной компетенции налоговых органов, анализ которой неминуемо приводит к негативным выводам. Однако Конституционный Суд РФ пошел еще дальше, предоставив, по сути, налоговым органам полный карт-бланш в определении сроков и продолжительности выездной налоговой проверки и вовсе избавив их даже от формальности приостановительного акта. В поисках конституционного смысла Конституционный Суд РФ без всякого на то основания отменил для рассматриваемого случая общий порядок календарного исчисления сроков, установленных ст. 6.1 НК РФ, и пришел к отождествлению сроков проведения выездной налоговой проверки только и исключительно с суммой периодов нахождения проверяющего на территории налогоплательщика. В эти сроки, по его мнению, не должны засчитываться периоды проведения встречных проверок и периоды оформления результатов проверки. А почему, собственно, не должны, если очевидно, что встречные проверки и оформление результатов – это сущностные составляющие налоговой проверки? Между тем законодатель явно не отождествляет понятия «сроки налоговой проверки» и «период нахождения налогового органа на территории налогоплательщика», когда устанавливает, что срок проведения проверки включает время фактического нахождения проверяющих на территории проверяемого. Ясно же, что сроки проведения проверки шире времени фактического нахождения. В противном случае эта оговорка не имела бы смысла.