Nākošajā gadā Tērvetē uzcēla vācu Svētkalna pili. Pēc nesekmīga mēģinājuma kopā ar žemaišiem to ieņemt tēr- vetieši nodedzināja savu pili un atkāpās uz Rakti. Nameisis šai laikā jau vairs neatradās Zemgalē, bet bija stājies Traideņa dienestā. Atskaņu hronikā pieminēts, ka kopā ar lietuviešiem viņš piedalījās uzbrukumā Kristburgas pilij Prūsijā; acīmredzot cīņās Prūsijā Nameisis arī kritis.
Zemgaļi gan vēl guva spožu uzvaru pār ordeņa spēkiem 1287. gada 26. martā pie Garozas, taču tas arī viss: pēc nežēlīgām cīņām un postījumiem 1289. gadā zemgaļi atstāja Dobeli, Rakti, bet 1290. gadā zaudēja savu pēdējo patvērumu — Sidrabi. Ir ziņas, ka uz Lietuvu izceļojis 100000 zemgaļu, kas gan tomēr ir vismaz desmitkāršots skaitlis, jo 13. gadsimtā Zemgalē dzīvoja līdz 30 000 iedzīvotāju, Lietuvai, ap kuru konsolidējās nepakļautās baltu zemes, ar laiku izdevās daļu Zemgales atbrīvot, un tagadējā Latvijas—Lietuvas robeža līdz ar to šķērso kādreizējos zemgaļu novadus. Nav nekā neparasta, ka Lietuvas karalis Ģedimins titulēja sevi arī par Zemgales valdnieku (princeps et dux Semigallie). Pārējā daļa līdz 16. gadsimta vidum atradās Livonijas ordeņa pakļautībā.
1558. gadā sākās Livonijas karš — cīņa par t. s. Livonijas mantojumu, kurā iesaistījās Krievija, Lietuva, Polija, Zviedrija un Dānija. 1561. gada 28. novembrī Livonijas ordeņa mestrs, Rīgas arhibīskaps un Livonijas bruņniecības pārstāvji Viļņā zvērēja uzticību Polijas karalim un Lietuvas lielkņazam Sigismundam II Augustam un Livonijas lielākā daļa nonāca Lietuvas pakļautībā. Sai pašā dienā starp ordeņa mestru Gothardu Ketleru un Sigismundu II Augustu tika noslēgts līgums (Pacta sub- jectionis inter Regetn Sigismundum Augustum et Ma- glstrum Gotthardum Kettler), kas reizē bija Kurzemes un Zemgales hercogistes (ducatus Curlandiae et Semigalliae) izveidošanas akts, Ketlers kļuva par pirmo hercogistes valdnieku. Jaunizveidotā valsts atradās vasaļatkarībā no Lietuvas, bet pēc tās apvienošanās ar Poliju 1569. gadā hercogiste kļuva par Polijas-Lietuvas jeb Zečpospolitas vasaļvalsti.
Teritoriāli Kurzemes un Zemgales hercogiste aizņēma bijušās Livonijas zemes Daugavas kreisajā pusē. Tajā neietilpa bijusī Kurzemes bīskapija, kura savulaik tika pārdota Dānijai un kuru pārvaldīja Dānijas karaļa brālis Magnuss. 1585. gadā Polijas karalis ieguva šo t. s. Piltenes apgabalu no Dānijas par 30 tūkstošiem dālderu, un tā bija Zečpospolitai tieši pakļauta teritorija. Ārpus hercogistes atradās arī Grobiņas novads, kuru Ketlers 1560. gadā bija ieķīlājis Prūsijas hercogam. Ketlera rezidence sākotnēji bija ordeņa pils Rīgā (viņš tika iecelts arī par Vidzemes administratoru un lietuviešu un poļu karaspēka virspavēlnieku Livonijā, līdz 1566. gadā viņu šai amatā nomainīja Jans Hodkevičs), tad hercogs pārcēlās uz Kuldīgu, bet no 1573. gada hercogistes galvaspilsēta bija Jelgava.
Saskaņā ar 1561. gada 28. novembra līgumu tika no« teikti vairāki nozīmīgi hercogistes izveidošanas principi:
1) bijušais ordeņa mestrs kļūst par Polijas karaļa vasali ar Prūsijas hercogam līdzīgām tiesībām un mantojamu varu vīriešu līnijā;
2) hercogistes iedzīvotājiem tiek piešķirta ticības brīvība saskaņā ar Augsburgas konfesiju, t. i., saglabāta to piederība pie luterāņu baznīcas;
3) paliek spēkā bijušās Livonijas iedzīvotāju tiesības un privilēģijas;
4) pārvaldē amati piešķirami tikai vāciešiem.
Augstākā jurisdikcijas vara pār hercogisti piederēja
Polijas karalim, kurš nebija ieinteresēts stiprā hercoga varā. Vājš valdnieks pilnībā atbilda arī muižniecības vēlmēm, kura tiecās pēc neierobežotām tiesībām savos īpašumos; atsevišķi muižnieki pat vispār nevēlējās atzīt Ket- lera iecelšanu par hercogu. Savstarpējā saskaņā poļu-lie- tuviešu varas iestādes un Kurzemes-Zemgales muižniecība būtībā radīja valsti, kurā hercoga vārdam bija svars tikai viņam piederošajās muižās. 1570. gadā Gothards Ketlers bija spiests parakstīt t. s. «Gotharda privilēģiju» — dokumentu, kas pasludināja muižnieku lēņus par to pilnīgu īpašumu — alodu — ar neierobežotām tiesībām pārdot, ieķīlāt, novēlēt kādam ar testamentu utt. Saglabājot iepriekšējās tiesības, Gotharda privilēģija piešķīra muižniekiem arī jaunas priekšrocības, proti, augstāko un zemāko tiesas varu pār savas muižas ļaudīm, tiesības piemērot nāvessodu, kā arī tie tika atbrīvoti no nodokļiem un muitas. Svarīgākos hercogistes jautājumus izlēma landtāgā, kas faktiski bija muižnieku pārstāvības orgāns, bez tam hercoga rīkojumus tie varēja pārsūdzēt karalim.
Tā kā konfesionāli Kurzemes un Zemgales hercogiste bija luterāniska, var pieļaut, ņemot vērā Aleksandra Grīna aprakstītās epizodes, ka zināmas Zečpospolitas aprindas labprātāk būtu vēlējušās redzēt hercoga sēdeklī katoli, tomēr saistoši bija hercogistes izveidošanas līguma nosacījumi. 1561. gadā katoļiem hercogistē piederēja 4 baznīcas, 9 kapelas un 3 skolas, taču Gothards Ketlers drīz arī tās nodeva luterāņiem, un katoļiem līdz hercoga mūža beigām nācās apmeklēt luterāņu dievnamus. 1586. gadā Gotharda Ketlera meita Anna salaulājās ar Lietuvas lielmaršalu Albertu Radvilu, pieņemot katoļu ticību un gādājot arī par jezuītu ataicināšanu uz Kurzemi. Brīvība noturēt savus dievkalpojumus katoļiem ar likumu gan tika piešķirta tikai 1617. gadā.
1587. gadā Gothards Ketlers mira. Laulībā ar Meklen- burgas princesi Annu viņam bija piedzimuši 7 bērni, no kuriem trīs dēli mira mazgadīgi. Bez jau pieminētās meitas Annas viņam bija arī otra — Elizabete, kura 1594. gadā apprecējās ar Cēšinas (Vācijā) firstu Ādamu Ven- celu. Hercogistes troni saskaņā ar testamentu mantoja Gotharda Ketlera dēli Fridrihs' (dz. 1569. 25. XI) un Vilhelms (dz. 1574. 20. VII).