Первое время после переворота Сийесом владело наивное убеждение, что именно он является главным действующим лицом нового режима. Он сам был одним из трех временных консулов, другим был его приятель Роже Дюко, в то время как старые союзники Сийеса Фуше, Талейран, Камбасьер и Годен стали министрами полиции, иностранных дел, юстиции и финансов. Однако на самых первых заседаниях консулов и правительства под председательством Бонапарта его ждал неприятный сюрприз, почти шок, когда Первый консул своими дельными замечаниями выказал прекрасную осведомленность в финансах и иностранных делах, после чего Сийес сказал Талейрану и некоторым другим министрам: «Господа, насколько я понимаю, у вас появился настоящий хозяин». И все же Сийес думал, что ему удастся сладить, с генералом. Он верховодил в двух комиссиях, которым было поручено составлять проект новой конституции, и был уверен, что настоит на своем. Несмотря на то, что переворот осуществили военные, новое правительство состояло в основном из гражданских лиц. В нем преобладали люди, вошедшие в большую политику еще десять лет назад, те, кто организовал и поддерживал заговор против Робеспьера. Бонапарт поначалу разыгрывал из себя этакого скромнягу, посещая заседания в Люксембургском дворце в штатской одежде. Сийес предложил, чтобы верховная власть находилась в руках состоящего из богатых людей Сената, который будет назначать правительство и членов законодательного собрания. Правительство должно состоять из двух консулов - одного по внутренним, другого по иностранным делам - и «верховного электорат с резиденцией в Версале, окруженного почестями и получающего огромный оклад (6 миллионов франков), но выполняющего лишь церемониальные функции и обладающего лишь совещательным голосом при решении государственных вопросов. К неподдельному изумлению Сийёса Наполеон отказался играть навязываемую ему никчемную роль. «Кто же согласится на такой пост, который не подразумевает никаких прав, кроме как получать миллионы и растить брюхо?» -спросил он на заседании конституционной комиссии, добавив, что «такое правительство станет бессильной тенью, а Франция окажется по колено в крови.» Сийес пришел в ярость, но благоразумно постарался не показывать этого. В теоретических дискуссиях прошло десять дней, в течение которых Бонапарт лишил Сийеса всех его сторонников, переманив их на свою сторону -кого посулами, а кого угрозами, и тем самым полностью изолировал его. Сийес попытался отомстить, обвинив соратника в том, что тот хочет стать королем Франции. Обвинение по тем временам довольно опасное, но генерал ловко вывернулся из трудного положения, указав на свое нежелание быть пожизненным верховным правителем. Всего по этой проблеме в Люксембургском дворце состоялось одиннадцать заседаний, на которых Сийес страстно спорил и доказывал свою правоту. Он верил в правление многочисленных законодательных собраний и коллегиальных органов, а не министров, не говоря уже об отдельных личностях.
Новая конституция Французской республики была опубликована 24 декабря 1799 года. По этому основному закону всеми делами управляли три консула, назначаемые на срок в 10 лет, Бонапарт, будучи Первым консулом, обладал правом назначать министров. Все три консула избирались Сенатом, который также назначал членов законодательного корпуса и Трибунала из числа тысяч кандидатов, избираемых населением Члены третьего законодательного органа, Государственного Совета, назначались Первым консулом. Он милостиво позволил Сийесу. отобрать членов Сената. И каково же было удивление публики, когда стало известно, что Сийес не избран консулом. Вскоре после этого он удалился в свое поместье в глубине страны и стал наслаждаться жизнью, не отказывая себе ни в чем, ибо за последние десять лет ему удалось сколотить немалое состояние. Остальными консулами, вечно находившимися в тени Бонапарта, были пожилой Шарль Франсуа Лебрен, денежный туз еще с дореволюционных времен, и Жан Жак Камбасьер, талантливый юрист Они играли чисто консультативную роль.
Выбор министров показал, что Первый консул держит в своих руках все нити управления страной. Его брат Люсьен (бывший председатель Совета пятисот, спасший положение 19 брюмера) стал министром внутренних дел. Ему было поручено присматривать за Фуше, занявшим пост министра полиции Политический союзник последнего Талейран, что не мешало им недолюбливать друг друга, был министром иностранных дел. Наполеон не полагался всецело на послушание Люсьена или на его суждения и поэтому назначил в его министерство двух генеральных директоров. Другие министры также были стеснены, в своей деятельности имея у себя под боком помощников министров или генеральных директоров. Он нарочно делил их власть, чтобы было легче управлять ими.