Пребывание Наполеона в Египте и Сирии продолжалось почти два года, с 1797 по 1799 год. О своем возвращении в Европу он уже подумывал осенью 1797 года, как только до него дошли известия о коалиционной войне. Когда же Франция начала терпеть неудачу за неудачей, то директория сама пожелала призвать Наполеона, для того чтобы он стал во главе республиканских армий. Но письмо директории не дошло до него. Когда же он узнал из английских газет о том, что творится во Франции, где директория потеряла всякое значение, и о положении Франции на театре войны, то решил, не дожидаясь разрешения из Парижа, прямо ехать туда. Египетскую колонию, о которой мечтал Наполеон, все равно нельзя было сохранить при отсутствии всякой поддержки со стороны Франции, теперь обессиленной и ожидающей нашествия врагов. Спасти Францию могли только новые победы, но на море они были уже невозможны после Абукира, и оставалось только сражаться на суше.
Наполеона много раз обвиняли в том, что он покинул остатки своей армии в Египте, под начальством генерала Клебера (вскоре убитого одним туземцем-фанатиком), и бежал во Францию, исключительно преследуя свои личные интересы и надеясь на развалинах власти директории создать свою собственную власть. Несомненно, конечно, что он тогда уже мечтал о господстве во Франции, но судьба его была тесно связана с судьбой Франции, и, спасая свое дело, он спасал и Францию.
Сорок восемь дней носился он по морю, прежде чем достиг, наконец, берегов Франции. Несколько раз он подвергался опасности попасть в руки англичан. С изумительной смелостью он проскользнул ночью, потушив огни, мимо английского крейсера, которому Нельсон, не подозревавший, впрочем, о дерзкоотважном поступке Наполеона, поручил сторожить морской проход между мысом Бон и Мальтой.
Маленькая эскадра Наполеона, состоявшая из трех кораблей, наконец, благополучно достигла Аяччио, и Наполеон, опять увидел свою родину, которую он должен был покинуть шесть лет тому назад, как изгнанник, осыпаемый проклятиями своих соотечественников. Теперь же население Аяччио встречало его восторженно. В глазах пылких корсиканцев он был героем, прославившим своими победами корсиканское имя. В толпе, которая, не взирая на карантин, установленный из опасения чумной заразы (в египетских войсках чума производила большие опустошения), теснилась к кораблям, находилась одна крестьянка, которая, увидав Наполеона на палубе фрегата, закричала ему по-итальянски: «Сын мой! Сын мой!» — и Наполеон радостно закивал ей, крича: «Матушка! Матушка!» Оказалось, что это была его кормилица, пришедшая взглянуть на своего питомца. Он не забыл потом о ней, когда достиг вершины могущества, и осыпал щедрыми милостями ее и ее семью.
В Аяччио Наполеон узнал о новых катастрофах, постигших Францию на театре войны. Наполеон поспешил распроститься со своей родиной и на этот раз уже навсегда. Ему суждено было только издали увидеть свои родные горы, в первый раз, когда его отправляли на остров Эльбу и во второй раз — во время своего последнего путешествия во Францию.
По пути в Тулон Наполеон чуть не был настигнут английским крейсером, но обманул его ловким маневром. Девятого октября он высадился в бухте Фрежюс, откуда прямо направился в Париж, восторженно приветствуемый населением на всем пути. Народ видел в нем теперь своего единственного спасителя, и, веря в его непобедимость, только на него одного возлагал все свои надежды. В Париж Наполеон приехал 16-го октября и прямо отправился на свою квартиру, в улице Победы, где оставалась Жозефина. Но он не застал ее дома. Он знал уже из писем своих братьев, что она утешалась в его отсутствие и оправдывала свою легкомысленную репутацию. Жозефина, отправившаяся, как оказалось, ему навстречу, ошиблась, избрав другую дорогу и не встретила его. Но когда она вернулась, то нашла двери дома запертыми, и рассерженный Наполеон долго не хотел пускать ее. Однако прекрасная грешница все-таки сумела умилостивить его, и с той поры она уже больше не давала ему поводов к ревности. Впрочем, его быстрое возвышение поневоле заставляло Жозефину, не только не уклоняться с пути добродетели, но и смотреть снисходительно на все его уклонения. Она начала бояться за свое положение первой дамы во Франции и всячески старалась упрочить его, пока ей не пришлось уступить своего места императорской дочери.