Первые же политические шаги, предпринятые консулами, свидетельствовали о намерении правительства положить конец гонениям на церковь. Постановлением от 28 декабря 1799 года неотчужденные храмы передавались в распоряжение «гражданам коммун, во владении которых они находились до первого дня января II года». Они могли быть открыты для верующих постоянно, кроме последнего дня декады. Это постановление совпало с Днем года. «У дверей храмов наблюдалось большое скопление народа, — читаем в одном полицейском донесении. — Закрытые прежде церкви вновь распахнули свои двери на радость толпы, состоящей из представителей обоего пола. Люди пожимали друг другу руки и целовались». То было время, когда еще не возбранялось интересоваться истинными намерениями Первого Консула. Перед вторым итальянским походом Бонапарт поделился ими с Талейраном: «сговориться с новым папой» Пием VII, избранным неутомимым конклавом 14 марта 1800 года.
Победа при Маренго, упрочив власть Бонапарта, позволила ему приподнять завесу над своими замыслами. 18 июня, отдав распоряжение о проведении торжественного богослужения в миланском соборе, не столько для того, чтобы, как писал «Бюллетень резервной армии», «произвести впечатление на народы Италии», сколько в расчете на французскую общественность. 25 июня он сообщил в Верчелли кардиналу Мартиниану о своем намерении начать переговоры с папой. Эта новость немедленно достигла Рима. Пий VII, не заблуждаясь относительно ожидавших его трудностей, в целом поддержал идею переговоров.
Монсеньор Спина, архиепископ Коринфский, был приглашен Бонапартом в Париж. Заручившись согласием Курии, 5 ноября он прибыл в столицу. Только здесь узнал он имя своего будущего визави — бывшего генерального комиссара армий в Вандее Бернье, которому Бонапарт поручил вести переговоры под наблюдением Талейрана. Последний не мог принять в них непосредственного участия, так как, проголосовав в свое время за принятие Гражданской конституции духовенства, лишился духовного сана. В том же положении оказался и лидер конституционалистов Грегуар, всегда настойчиво призывавший не доверять коварной дипломатии Ватикана. В отличие от них у Бернье было более солидное прошлое, а также достоинства прирожденного дипломата, которые очень ему пригодились: начавшиеся в ноябре переговоры затянулись на несколько месяцев. Бернье сумел проявить терпение. Ему удалось обеспечить политическое примирение в Вандее и положить конец религиозным конфликтам. Больше чем все генералы, вместе взятые, он способствовал росту престижа Бонапарта. Очень скоро переговоры уперлись в вопрос об отставке епископов. С «конституционными» епископами все было просто, куда сложнее обстояло дело со старыми кадрами священнослужителей, которым папа предложил снять с себя духовный сан. Вправе ли был Пий VII требовать этой жертвы от тех, кто, несмотря на преследования, пытался сохранить верность папскому престолу? Второе осложнение: Рим выражал пожелание, чтобы католицизм был объявлен государственной или, по крайней мере, «главенствующей религией». Между тем французская сторона не могла не считаться с общественным мнением, которое не потерпело бы столь откровенного возврата к прошлому. И последнее: вопрос о церковных владениях, распроданных во время революции под видом национального имущества. Папа соглашался не требовать их возврата, однако предстояло оговорить форму возмещения ущерба. Общей сумме компенсации Бонапарт предпочел вариант, при котором государство брало бы на себя материальную заботу о духовенстве, переведя священнослужителей на оклады. Это был ловкий маневр, обеспечивавший превращение епископов и кюре в «функционеров».
Первая редакция документа, подготовленного к началу ноября 1800 года, не прошла из-за происков Талейрана, который нашел, что он ущемляет интересы как состоящих в браке епис-копов, так и его собственные. Вторая редакция была отвергнута после взрыва адской машины. Фуше, арестовав действительных виновников — агентов роялизма, — спровоцировал ужесточение позиции Первого Консула на заключительном этапе переговоров. Бонапарт нервничал: Конкордат был необходим ему для того, чтобы упрочить свою популярность и отвратить католиков от роялизма, у которого по-прежнему оставалось еще немало сторонников. Медлительность Ватикана выводила его из себя. Под угрозой военной оккупации Рима в Париж отправился государственный секретарь Пия VII Консалви. Будучи человеком большего масштаба, чем Спина, он переиграл Талейрана. Однако заключительному этапу переговоров суждено было стать драматическим. После трехдневного обсуждения соглашения, редактировавшегося бесчисленное множество раз, был наконец-то намечен день его официального подписания: 13 июля 1801 года. Собираясь уже поставить свою подпись, Консалви (предупрежденный Бернье) вдруг обнаружил, что поданный ему текст не соответствует предварительно согласованному варианту. Последовали выражения протеста, угрозы разорвать отношения, требования выработать новый Конкордат и, наконец, ярость Бонапарта, швырнувшего документ в камин и тут же продиктовавшего девятый (!) вариант, который он безо всякой правки попытался навязать участникам переговоров. Однако Консалви был неумолим. Здесь уместно обратить внимание на реакцию Бонапарта: он не пошел напролом. После принятия компромиссного решения в полночь 15 июля «Соглашение между Его Святейшеством Пием VII и французским правительством» было наконец подписано. В преамбуле правительство отмечало, что римско-католическую религию исповедует подавляющее большинство французов. Принципы реорганизации французской церкви оговаривались в следующих основных статьях: папский престол совместно с французским правительством пересмотрит административное деление на диоцезы. Первый Консул назначает епископов, которым папа доверяет каноническую инвеституру. Епископы и кюре приносят правительству присягу на верность, за это государство выплачивает им жалованье, а церкви получают право пользоваться доходами от своего имущества.
Верующие вздохнули с облегчением. Вскоре, 15 августа 1801 года, Пий VII подписал договор. В немногословном послании он предлагал легитимным епископам сложить с себя священнический сан. Большинство из них так и поступило. Несколько епископов основали на западе страны, в пику Конкордату, малую роялистскую и схизматическую церковь, однако влияние ее на паству было незначительным.
Вскоре Рим направил в столицу своего легата — кардинала Капрара. Со своей стороны, Бонапарт сменил в Вечном городе посла Како на более авторитетного представителя — кардинала Феша, архиепископа Лионского, своего дядю.
Быстро определили новые епархии, во главе которых назначили новых епископов: двенадцать бывших конституционалистов (в числе которых был и Ле Коз), шестнадцать оппозиционеров (в частности, Шампьон де Сисе) и тридцать два вновь призванных (среди них был и Бернье, который хотел стать архиепископом Парижа, но, получив всего лишь должность коадъютора, вынужден был довольствоваться диоцезом Орлеана).
Были и недовольные. В римской курии их было не так много, как во французских законодательных собраниях. Государственный совет встретил Конкордат молчаливым неодобрением. В Трибунате текст соглашения подвергся откровенно ироничной оценке. Во главе Законодательного корпуса находился атеист, а сенат кооптировал своим председателем Грегу-ара, бывшего епископа-конституционалиста, который резко раскритиковал соглашение. Армия также не скрывала своей враждебности.
Бонапарт воспользовался этой, в общем-то ручной, оппозицией, чтобы поручить новому министру культов Порталису отредактировать, не согласовывая их с папой, основополагающие статьи документа. Эта редакция существенно изменила самый дух Конкордата. Отныне Рим лишался права издавать буллы. Запрещалось созывать соборы и посылать легатов без одобрения правительства. Во всех семинариях вводилось обязательное преподавание декларации галликанской церкви 1682 года. Всем церковнослужителям предписывалось ходить в облачении французских священников, а в храмах пользоваться единым катехизисом. Желая подчеркнуть, что католицизм не является более государственной религией, министр внутренних дел Шапталь включил в свод правил протестантского богослужения пункт, согласно которому как пасторы, так и кюре переводились на государственные оклады.