Наполеон заполнил свои дни трудами и заботами. Между тем его тревога нарастала: он не имел никаких известий от Талейрана. Выехал ли тот в Константинополь? Можно ли надеяться на помощь французского правительства?
Ситуация стала ухудшаться. Беи мамелюков продолжали сопротивление в Верхнем Египте, а в Сирии собиралась новая вражеская армия. Турецкий султан объявил войну Франции, которая теперь в одиночку боролась против сил Порты, Англии и России. Победа Нельсона увеличила число врагов республики.
В октябре жители Каира восстали против оккупантов. Бонапарт применил артиллерию и быстро восстановил порядок, после чего приказал провести расследование и казнить виновных. Он уделил особое внимание поиску зачинщиков и подстрекателей.
Подавив мятеж, Бонапарт решил придать Каиру современный облик. Началось строительство широких бульваров и понтонного моста через Нил.
В конце года Наполеон отправился в короткую экспедицию по следам древнего канала, который должен был соединять Красное и Средиземное моря. Он нашел его следы и приказал начать подготовительные работы по обследованию и выравниванию уровней грунта на Суэцком перешейке.
Бонапарт вернулся в Каир, посмотрел вблизи и замерил великие пирамиды. Мирная передышка заканчивалась. Генерал уже знал, что вражеская армия медленно движется из Сирии в Египет.
Он решил ее опередить и выступил навстречу врагу. Генерал Дезэ сражался с мамелюками в верховьях Нила.
Наполеон не приобрел союзников в Африке и Азии, но продолжал попытки диалога: он направлял своих уполномоченных и слал письма восточным правителям. Один из эмиссаров поехал в Константинополь. Бонапарт надеялся, что он встретит там Талейрана, и испытывал крайнее нетерпение по поводу миссии французского министра иностранных дел.
С самого начала Египетского похода дисциплина в армии оставляла желать лучшего, и были случаи неповиновения. Жара, глазные болезни, вспышки чумы угнетающе действовали на солдат. Чтобы не вызвать паники, Наполеон и медицинское начальство именовали чуму заразным заболеванием, лихорадкой, сопровождаемой бубонами. В портах Средиземного моря и в Каире работали карантинные станции.
Генералы хандрили и просились в отставку. Бертье получил разрешение покинуть Египет, но в последний момент передумал и остался на посту начальника штаба. Генерал Дюма добился справки о плохом состоянии здоровья, и Бонапарт отпустил его во Францию.
Главнокомандующий сохранял хладнокровие. Он взял в Сирийский поход ученых, инженеров и администраторов, но оставил в Каире свою любовницу. Бонапарт освободился от всего, что могло отвлечь его от великой миссии создания империи на Востоке.
Институт Египта, новое государственное устройство страны — первые шаги по этому пути. Он включил интеллектуалов в состав экспедиции для того, чтобы они помогли ему в деле преобразования Востока. Наполеон верил, что он достигнет своей цели, несмотря на гибель флота и дипломатические неудачи.
Он сравнивал себя с Александром Великим, который усилил свою армию за счет местных народов и племен. Бонапарт рассчитывал на помощь христиан, евреев, друзов, маронитов и других сирийцев; узнав о его успехах, мамелюки и африканцы также должны пополнить ряды Восточной армии.
Наступление французов сдерживалось крепостями с сильными гарнизонами. Бонапарт не любил вести осаду. Его нетерпеливая натура плохо мирилась с необходимостью монотонной и кропотливой работы. Он любил стремительное наступление и сокрушительные удары.
В начале марта 1799 года французы достигли крепости Яффа. Саперы проделали брешь в стене, и Бонапарт предложил осажденным сложить оружие. Ранее этот прием хорошо работал, но гарнизон Яффы повел себя иначе: турки обезглавили парламентеров.
Французы, разгоряченные алкоголем, ринулись на штурм. Они мстили за своих товарищей и резали всех, кто попадался под руку. Мужчины, женщины и дети гибли под штыками. Солдаты продолжали убивать до глубокой ночи, пока их силы не иссякли. Уцелевшие турецкие воины заперлись в цитадели.
Бонапарт направил двух юных адъютантов для переговоров, одним из них был Евгений Богарне. Бей, командовавший турецкими воинами, согласился сдаться при условии, что французы сохранят пленникам жизнь.
Достигнув желаемой договоренности, турки сложили оружие. Увидев их, Наполеон пришел в ярость. Он не знал, что делать с пленными. Любое решение казалось плохим: если их отпустить, они снова пополнят ряды вражеской армии; если их конвоировать, это потребует отвлечения сил; возвращение армии в Египет — крушение грандиозных планов.