Дезавуировав конвенцию, британцы послали в Египет экспедиционный корпус. Он совершил высадку в марте 1801 года вблизи Александрии, отбросил французов и нанес им серию поражений.
Бонапарт был против заключения конвенций, стремился сохранить Египет за Францией и слал небольшие подкрепления. Это не спасло армию, которая была совершенно деморализована.
Французы капитулировали, согласившись на ранее принятые Клебером условия. Генерал к тому времени был мертв: 14 июня 1800 года его убил фанатик. Французы погрузились на корабли и покинули Египет. Они везли гроб с забальзамированным телом Жана-Батиста Клебера.
Солдаты и гражданские лица прошли обязательный карантин и ступили на родную землю. Только один из них не получил права вернуться домой. Согласно приказу Бонапарта, тело генерала Клебера было временно помещено в крепости острова Иф, напротив Марселя. Оно находилось там до падения Наполеона в 1814 году.
Приказ Бонапарта относится к числу его труднообъяснимых поступков. Боялся ли он мертвого Клебера? Критик Бонапарта был популярным генералом и заслужил лавры миротворца, подписав конвенцию с англичанами и турками. Но и Наполеон одержал новую победу и добился мира с Австрией. Безусловно, перевозка тела и его захоронение на родине генерала привлекли бы внимание французов к личности славного соотечественника. Но в чем опасность для первого консула?
Бонапарт потерпел поражение в Египте и Сирии, потерял Мальту, но продолжал думать о Востоке. Это была его страсть, и здесь он отказывался признать неудачу. Он хотел вернуться в Египет и развивать экспансию в восточном направлении.
С другой стороны, ему нужен был союзник в лице одной из великих держав. Долгие годы Франция была одинокой перед лицом объединившихся против нее государств.
Кто мог стать надежным союзником? Англия была многолетним непримиримым врагом. Австрия подписала мир, но была обижена: слишком большие территории отняла у нее революционная Франция. Она будет копить силы и начнет готовиться к новой борьбе. Австрия — плохой кандидат в политические союзники.
Но есть огромная страна, которая находится далеко от Франции и не имеет с ней общих границ. Страна, которой по большому счету нечего делить с Францией и которая воевала с ней больше из солидарности с другими державами, чем ради собственных жизненных интересов. Эта загадочная страна — Россия.
Бонапарту пришлось ощутить враждебность Российской империи во время Египетского похода, но он не воевал с ее армиями: эта доля досталась другим французским генералам. Россия вышла из антифранцузской коалиции. Бонапарт достиг высшей власти и очень хотел союза с этой державой.
Россия — великая империя, которая сама могла выбирать себе друзей, вступать в союзы, коалиции и выходить из них. У Наполеона выбора практически не было, и он начал делать шаги к примирению и сближению. Летом 1800 года он возвратил России пленных солдат, распорядившись вернуть им оружие и сшить новые мундиры по форме их частей за счет французской казны.
Царь Павел I оценил этот шаг по достоинству. Правители России и Франции начали переписываться, и тон их писем становился все более дружественным, хотя мирный договор между государствами подписан не был. Стороны обсуждали невиданное в истории предприятие — совместный поход армий двух великих держав в Индию.
Бонапарт начал думать, что его звезда вновь сияет над Востоком. Дерзкий проект, не удавшийся в 1799 году, теперь выглядел вполне возможным. Политический партнер первого консула проявлял изумительную активность в планировании похода и начал действовать. Павел I решил, что общей экспедиции будет предшествовать поход казаков, и направил их в Индию. Бонапарт был словно в волшебном сне, но жестокая реальность быстро лишила первого консула иллюзий близкого успеха. В марте 1801 года Павел I был убит высокопоставленными заговорщиками, а новый царь Александр I отменил восточный поход.
В том же месяце произошли политические перемены в Англии, которые сделали возможным мир с главным противником: Уильям Питт Младший покинул свой пост премьер-министра. Новым главой правительства стал Генри Аддингтон, который был привержен делу мира. 1 октября было заключено предварительное мирное соглашение между двумя странами.
1801 год был отмечен еще одним важным событием в истории Франции, которое способствовало внутреннему миру. 15 июля был подписан Конкордат с Ватиканом. Первый консул восстановил католицизм в правах, объявив его религией подавляющего большинства французов. Взамен он добился того, что римский папа признал распродажу церковного имущества необратимой. Церкви получили право пользоваться доходами от своего имущества. Епископы, назначаемые первым консулом, должны были утверждаться папой. Епископы и кюре будут присягать на верность Французской республике и консулам, прежде чем Рим официально возведет их в сан. Государство начнет выплачивать жалованье священникам, которые тем самым превращались в слуг политического режима.