Что касается Пруссии, то все историки единодушно отмечали поднявшуюся волну патриотического воодушевления, наиболее ярко тогда проявлявшуюся в рядах офицерской молодежи, вплоть до того, что гвардейцы оттачивали сабли о ступени французского посольства в Берлине. Армия Пруссии тогда насчитывала свыше 200 тыс. человек (со значительным числом наемников), но ее военная, организационная и тыловая подготовка застыла на уровне времен Фридриха Великого, никакие нововведения и инициативы не поощрялись, господствовал догматизм прежних побед и закостенелость, а также уверенность в своей непобедимости. Одним из главных недостатков армии – она не участвовала в крупных войнах с 1762 г., не считая неудачного похода против французов в Шампань в 1792 г. Средний возраст генералитета составлял 60 – 70 лет (все высшее военное управление было представлено дряхлыми стариками), в то же время имелось много зеленой молодежи среди младших офицерских чинов. Деятельность штабов и вся структура управления были организованы на неудовлетворительном уровне. Силы, предназначенные для ведения военных действий, были разбиты на три части. Главную армию (70 тыс. человек) возглавлял престарелый герцог К. Брауншвейгский (он же являлся общим главнокомандующим). Второй армией (50 тыс. человек) командовал генерал принц Ф. Л. Гогенлоэ, а третьей (30 тыс. человек) – генерал Э. Ф. В. Рюхель. Еще оставался резерв (15 тыс. человек), но он был явно недостаточен для ведения войны. Значительные воинские контингенты были оставлены в гарнизонах крепостей. Из ближайших союзников к Пруссии присоединились лишь Саксония (18 тыс. человек) и герцог Веймарский (1 тыс. человек). Собрать воедино под эгидой Пруссии силы всех северогерманских государств для борьбы с Наполеоном они так и не смогли.
К прусской армии должны были присоединиться шведские и русские войска. В первую очередь из России должен был направиться корпус генерала Л. Л. Беннигсена. Причем пруссаки попросили, чтобы он направился в Силезию, дабы оказать давление на Австрию с целью присоединения к силам коалиции, аналогично тому, как союзники действовали на Пруссию в 1805 г. Вообще сценарий кампании 1806 г. во многом оказался схожим (как будто в зеркальном отражении) с событиями 1805 г. Так же, как и австрийцы, прусские генералы не стали дожидаться подхода русских войск. В данном случае имелся меркантильный и откровенный политический подтекст. Прусские военные явно не доверяли русским (вспомнить хотя бы недавний Аустерлиц!), да и боялись их в силу их многочисленности (ведь их надо кормить – такие огромные расходы!). Пруссия также не хотела и опасалась усиления русского влияния в Германии и самоуверенно считала, что ее армия (главное детище великого Фридриха II), безусловно, нанесет поражение «французским санкюлотам» и без русской помощи. Тогда и не будет нужды на волне военной славы делить плоды побед с северным соседом. Экономия, самоуверенность и национальный эгоизм в политике обходятся слишком дорого, в этом прусские политики (а до них австрийские) убедились очень быстро в 1806 г.
Основные силы пруссаков были выдвинуты в Саксонию и ожидали приказа о начале войны. С августа 1806 г. в Пруссии непрерывно заседали военные советы, но так и не смогли выработать приемлемую военную стратегию и план предстоявшей войны. Но, еще не начав военных действий, прусские генералы были уверены в предстоящей победе, а прусские дипломаты и король стали выдвигать предложения по отторжению территорий и обсуждать их с русскими коллегами. В Берлине лишь опасались ухода Наполеона за Рейн, хотя исходили из того, что он будет вынужден занять оборонительное положение и ожидать нападения. Прусская армия должна была атаковать и разбить его разбросанные части от Майна до Дуная. Но, в отличие от 1805 г., французскому полководцу не предстояло даже преодолевать значительных расстояний, его войска были сконцентрированы и находились в нескольких переходах от противника.