перегруппированные в пять колонн они составили каре длиною 300 метров по фронту и 50 метров вглубь. Внутри строя находилась кавалерия, а по флангам – артиллерия. Такую же перегруппировку сделал и маршал Ренье.
Сам Бонапарт находился в дивизии Дюбуа. Она заняла позиции между колоннами Дезе и Нилом, отрезая противника одновременно и от Эмбабе, и от реки. Такое расположение дало возможность открыть огонь из орудий в тыл мамелюкам. Вскоре, по словам А. Иванова, «пустынная равнина, покрытая редкими пальмами, стала ареной легендарного и экзотического боя, в котором стойкость и выучка солдат революционной Франции взяли верх над первобытным фанатизмом всадников Аллаха». Яростная схватка с арабской кавалерией продолжалась около часа. За это время поле сражения сплошь покрылось телами убитых и раненых. Некоординированные действия мамелюкских всадников не принесли им желаемых результатов: все их наскоки разбились о несокрушимые французские каре. В результате Мурад-бей был вынужден с тремя тысячами всадников отступить к Гизе по дороге в Верхний Египет. Оставшиеся за пределами каре мамелюки попытались укрыться в укрепленном лагере, но его атаковала дивизия Бона, а захват генералом Рампоном рва и дамбы прервал сообщение между Эмбабе и Гизой, отрезав арабам путь для отступления. Видя разгром своей кавалерии, арабские пехотинцы вышли из боя и бросились к Нилу, чтобы на небольших лодках или вплавь перебраться на другой берег. Часть из них спустилась по левому берегу реки и в сумерках разбежалась по пригородам Каира.
Пока шла битва на суше, французский речной флот, значительно уступавший египетскому по численности, медленно поднялся по Нилу. На его суда подняли больных и раненых легионеров, а также тех, «которые не носили оружия… и не могли быть полезными в сражениях, и на лошадях коих можно было посадить несколько человек». Моряки сражались бок о бок с пехотинцами, особенно проявив себя в рукопашной схватке.
На следующий день Мурад-бей несколько раз пытался атаковать французские позиции. Он надеялся восстановить связь со своим укрепленным лагерем и облегчить отход тем, кто в нем остался. Но когда командир мамелюков понял, что сделать это уже невозможно, то приказал поджечь собственный флот, а сам ушел в Верхний Египет. Битва за Каир унесла немало жизней: потери египтян составили около 10 тысяч убитыми, ранеными, утонувшими и плененными. Они лишились всех своих пушек. Французы же потеряли всего 300 человек.
24 июля Наполеон торжественно вошел в Каир. С этого времени в течение трех лет над древними пирамидами Египта развевались трехцветные знамена Французской Республики, а жизнь египетской столицы была подчинена новому политическому режиму. Характеризуя организацию управления в завоеванной французами стране, академик Е. Тарле писал: «…во-первых, власть должна была быть сосредоточена в каждом городе, в каждом селении в руках французского начальника гарнизона; во-вторых, при этом начальнике должен находиться совещательный “диван” из назначенных им же наиболее именитых и состоятельных местных граждан; в-третьих, магометанская религия должна пользоваться полнейшим уважением, а мечети и духовенство – неприкосновенностью; в-четвертых, в Каире при самом главнокомандующем должен состоять тоже большой совещательный орган из представителей не только г. Каира, но и провинций. Сбор податей и налогов должен был быть упорядочен, доставка натурой должна быть так организована, чтобы страна содержала французскую армию за свой счет. Местные начальники со своими совещательными органами должны были организовать исправный полицейский порядок, охранять торговлю и частную собственность. Все земельные поборы, взимавшиеся беями-мамелюками, отменяются. Имения непокорных и продолжающих войну беев, бежавших к югу, отбираются во французскую казну».
Бонапарт и тут, как и в Италии, стремился покончить с феодальными отношениями, что было особенно удобно, так как именно мамелюки поддерживали военное сопротивление, и опереться на арабскую буржуазию и арабов-землевладельцев; эксплуатируемых же арабской буржуазией феллахов он отнюдь не брал под защиту. Все это должно было закрепить основы безусловной военной диктатуры, сосредоточенной в его руках и обеспечивающей этот создаваемый им буржуазный порядок. Наконец, настойчиво провозглашаемая им веротерпимость и уважение к Корану были, кстати, настолько чрезвычайным новшеством, что российский Святейший синод, выдвинув, как известно, весной 1807 года тезис о тождестве Наполеона с «предтечей» антихриста, в виде одного из аргументов намекал на поведение Бонапарта в Египте: покровительство магометанству и т. п.