В этих условиях, по мнению А. Манфреда, «в самой идее египетской экспедиции не было ничего ни загадочного, ни необычайного». Загадку историк усматривает в ином: «Труднообъяснимо другое: как мог Бонапарт, отказавшийся от вторжения на Британские острова ввиду неоспоримого превосходства Англии на море, пренебречь этим же превосходством противника при решении вопроса о десанте на юге Средиземноморского побережья? Ведь если успех вторжения в Ирландию или в иной район Великобритании зависел всецело от “удачи”, от “случая”, так как французский флот был много слабее английского, то при экспедиции в Египет, когда тихоходным французским кораблям пришлось бы преодолевать большее водное пространство, роль “удачи”, “случая” для успеха предприятия была не меньшей, она возрастала. Но в первом варианте Бонапарт считал, что при столь малых шансах он не вправе “рисковать судьбой Франции”, во втором, хотя шансы оставались столь же ничтожны, если не меньше, он решился на действия. Как это объяснить?»
Ответить на этот вопрос непросто. Большинство политиков и даже часть участников египетской экспедиции хорошо понимали ее крайнюю рискованность. Так, Мармон, участвующий в подготовке к походу, писал: «Все вероятности были против нас; в нашу пользу не было ни одного шанса из ста… Надо признаться, это значило вести сумасбродную игру, и даже успех не мог ее оправдать». А вот как оценивал то, что Бонапарт предпочел египетский вариант английскому, Талейран: «Это предприятие независимо от того, удалось бы оно или потерпело неудачу, должно было быть неизбежно непродолжительным, и по возвращении он не замедлил бы очутиться в том самом положении, которого хотел избегнуть».
А что же сам Наполеон? Неужели его полководческое чутье отказало ему и он решился на рискованную египетскую авантюру из честолюбия или амбициозности? Есть несколько суждений по этому поводу. Наиболее убедительные доводы, объясняющие мотивы, которыми руководствовался Бонапарт, выбирая Египет, приводит все тот же А. Манфред. Прежде всего, он напоминает о том, что тот «по своему темпераменту, по жизненной выучке, по пройденной им политической школе революции был человеком действия». Не найдя общего языка с членами Директории и оказавшись в политическом вакууме, он не мог сидеть сложа руки. Единственным достойным делом могла бы стать высадка десанта на Британские острова, но, изучив все возможности ее проведения, он отверг этот план. При этом генерал руководствовался не тем, что операция была бы слишком кратковременной и безуспешной, а тем, что поражение в битве против Англии видела бы вся Европа. Именно это могло, по мнению Наполеона, иметь катастрофические последствия как для Французской Республики, так и для него самого. По сравнению с этим, пишет Манфред, «Египет, Восток – это все-таки была мировая периферия; что бы здесь ни случилось, это не будет иметь таких катастрофических последствий, как поражение в битве один на один против Англии».
К тому же Наполеон давно вынашивал мечту о походе на Восток. Как писал Мармон, Египет был его любимым детищем еще со времени Итальянской кампании. С ним он связывал поистине необозримые планы: надежду поднять греков на освободительную войну, вступление в сговор с индийскими племенами, которые должны были стать его союзниками против англичан, покорение Индии, а может, затем и Константинополя. В частности он говорил: «…господствуя в Египте, Франция господствовала бы и в Индостане». По мнению Наполеона, такое господство было бы благом и для местных жителей: «…несколько больших наций были бы призваны насладиться благами искусств, наук, религии истинного бога, ибо именно через Египет к народам Центральной Африки должны прийти свет и счастье!!!» Отправляясь в поход, Бонапарт определил и более конкретные планы и задачи предстоящей кампании: разрушить влияние Англии в Египте, прорыть Суэцкий перешеек и «освободить» африканцев от «тирании» мамелюков.