Только 19 мая 1798 года флот Наполеона отплыл из Тулона. Он состоял из 350 больших и малых судов, которым предстояло с армией, артиллерией и огромными запасами пройти вдоль почти всего Средиземного моря, избежав при этом встреч с британской эскадрой. Все шло хорошо, если не считать того, что при выходе в море огромный, перегруженный флагман «Орион» задел дно. Некоторые увидели в этом плохую примету, но военная машина уже была запущена, и никто уже не мог ее остановить. А три недели спустя, 9 июня, французы были уже у берегов Мальты.
«Я смел взять, и я взял»
Мальта – неприступный остров-крепость с XVI века принадлежал ордену мальтийских рыцарей (иоаннитов). Обдумывая египетско-индийские проекты, Бонапарт определил его как один из важных пунктов на пути в Египет. Еще в 1797 году он предлагал Директории захватить остров. Поскольку две трети мальтийских рыцарей были французами, туда были направлены французские агенты, которым поручили путем подкупа подорвать орден изнутри. Но задуманное не удалось осуществить. По словам Бурьенна, «Бонапарт очень рассердился на людей, посланных из Европы для того чтобы это дело устроить; однако же один из них, г-н Доломье, раскаялся в принятом им на себя поручении…»
Прибыв к мальтийским берегам, генерал Бонапарт сразу потребовал от властей острова сдачи крепости Лa-Валетты. Главной причиной для захвата он назвал то, что Мальта отдалась под покровительство российского императора Павла – врага Франции, и это якобы «оскорбляло римско-католическую религию и клир».
Великий магистр ордена, португалец Гомпеш, настроенный проавстрийски, оказавшись в затруднительном положении, созвал совет. В его распоряжении находилось всего лишь 332 способных драться рыцаря, 3600 человек в гавани и 13 тысяч добровольцев. Этого было, конечно же, слишком мало для того, чтобы противостоять 38-тысячной Восточной армии Наполеона. Присутствовавшие на совете высказали разные точки зрения. Одни считали, что надо объявить тревогу и, поскольку у них есть неплохой арсенал и запас продовольствия на три года, упорно сопротивляться. Другие напоминали магистру, что их орден призван вести войну с турками, а не с христианами, и предлагали сдаться Наполеону. Этой точки зрения придерживался и командор, овернец Буаредон де Рансюэ, который прямо заявил, что не поднимет оружие против родной Франции. Но его вместе с другими французскими рыцарями арестовали и отправили в тюрьму. А те, кто решил сопротивляться захватчикам, взялись за оружие и распределились по островам, батареям и башням.
Тем временем Бонапарт потребовал пропустить корабли в порт и снабдить их пресной водой. Получив отказ, он высадился с отрядом в три тысячи человек между городом Ла-Валеттой и бухтой Святого Павла. Утром 11 июня 1798 года начался штурм городской крепости. Ее защитники поначалу упорно отстреливались и даже сделали отчаянную вылазку. Но большая часть рыцарей все же не захотела сражаться с французским войском. Поскольку силы противников были неравными, мальтийцы вынуждены были пойти на переговоры. Вот что пишет об этом автор книги «Тайны египетской экспедиции Наполеона» А. Ю. Иванов: «Ранним утром следующего дня представители великого магистра явились на борт «Ориона» с полномочиями, необходимыми для заключения соглашения о капитуляции. Во главе их был командор Буаредон де Рансюэ, освобожденный из тюрьмы (после чего, по словам Наполеона, народ носил его на руках, как триумфатора)».
После сдачи на милость победителю над Ла-Валеттой взвился французский флаг и остров был объявлен владением Французской Республики. Бонапарт подытожил это событие громкой фразой: «Я смел взять, и я взял». Он тут же упразднил Мальтийский орден, выслал с острова его членов и изъял принадлежавшие ему сокровища. По словам А. Иванова, «Бонапарт поступил с островом так, как он позднее будет обходиться со многими державами, городами и островами». За считаные дни он ввел на Мальте гражданский кодекс, отменил рабство, освободил всех турецких невольников, ликвидировал все феодальные права и привилегии, сформировал муниципалитеты, назначил судей, учредил начальные и средние школы. Не забыл генерал и о защите острова: комендантом его он назначает генерала Вобуа, в подчинение которому дается французский гарнизон из четырех тысяч солдат. В свободное от решения административных проблем время члены экспедиции наслаждались дарами Мальты. Сам Бонапарт гулял в «прекрасно содержанных и украшенных великолепными апельсиновыми деревьями» садах великого магистра ордена, с удовольствием лакомясь их фруктами. Ровно через неделю, 16 июня, он снял флотилию с якоря и отправился к берегам Египта.