Проте коли економіка Гетьманської України, поволі перетворювана на колоніальний придаток російських промислових центрів, руйнувалася ніби сама собою, зсередини, то заходи щодо корекції політичного устрою були більш цілеспрямованими. Початок їм поклали репресії над прибічниками Івана Мазепи з одночасним встановленням пильного нагляду за старшинським корпусом. Як писав київський генерал-губернатор кн. Дмитро Голіцин,
Згідно з указом 1715 р., гетьман міг затверджувати полковників лише після погодження з царським резидентом, а з 1730-х років їх уже без церемоній призначувано, не питаючи гетьманської згоди. Характерно, що власне після Полтавського розгрому серед полкової старшини уперше з'явилися люди немісцевого походження, зате непорушної вірності – серби Антон Танський і Михайло Милорадович, росіянин Петро Толстой та ін.
Реформуючи загальноімперські органи вищого управління, коли старі прикази були замінені так званими колегіями, Петро І замість одного з Посольських приказів – Малоросійського – у 1722 р. створив Малоросійську колегію, підпорядковану не Колегії іноземних справ (що прийшла на зміну Посольським приказам), а Сенату, відкрито продемонструвавши, що в його очах Гетьманат уже не виглядав незалежним політичним організмом. Потреба в Малоросійській колегії мотивувалася необхідністю припинити в судах и войску беспорядков для охранения малороссийского народа, але її справжнім завданням стало запровадження контролю за фінансами. Колегія діяла у складі шести офіцерів-росіян, командирів розквартированих в Україні царських полків. Резидувала вона в Глухові, очолювана президентом Степаном Вельяміновим, який публічно заявляв старшині:
Конфлікт між Вельяміновим і козацькими верхами виніс на поверхню політичного життя чернігівського полковника Павла Полуботка, з іменем якого пов'язаний останній епізод відкритого протистояння України Петербурґові. Після смерті Івана Скоропадського (1722) старшина звернулася до Петра І за дозволом обрати нового гетьмана, покладаючи тимчасові гетьманські обов'язки на Полуботка. В той же час вступила в адміністративні повноваження і Малоросійська колегія, яка заходилася налагоджувати облік податкових надходжень і приймати скарги на дії Генерального суду та старшини від осіб, невдоволених органами козацького управління. Цим самим президент Колегії фактично поставив під власний контроль суди, фінанси й адміністрацію, тобто ті сфери, які досі підлягали віданню гетьмана. На кількаразові клопотання про якнайшвидше проведення гетьманських виборів Петро І відповів, що усі гетьмани були зрадниками Російської держави, тож тепер він розмірковує над тим, аби підшукати вельми вірного і надійного чоловіка. Отже, про вільний вибір уже не було й мови, а Полуботок, кандидатуру якого старшина пропонувала ще 1709 р., при обранні Скоропадського, серед благонадійних не числився (як говорив Петро І, він надто хитрий – з нього може вийти другий Мазепа).
Тим часом суперечки між генеральною старшиною і Вельяміновим, який докладав енергійних зусиль до підпорядкування собі Генеральної військової канцелярії, судів і скарбниці, розгорялися дедалі дужче. Врешті в серпні 1723 р. Полуботок разом з генеральним суддею Іваном Чернишем та писарем Семеном Савичем були викликані в Петербурґ для пояснень. Навздогін клопотанню, яке вони везли з собою, прохаючи ліквідувати ненависну Колегію, туди ж були переслані так звані Коломацькі чолобитні, складені в таборі над р. Коломак, де восени 1723 р. стояло козацьке військо. Одна з них містила прохання про вибори нового гетьмана, а друга – про відміну запроваджених Малоросійською колегією податків, непідпорядкування їй козацьких судів і звільнення України від постоїв царської армії. Під обома стояли підписи більшості генеральної старшини і полковників, причому останні висловлювалися не лише від свого імені, але й від товариства, тобто рядових козаків.
Роздратований цією несподіваною активністю, Петро І наказав ув'язнити в Петропавлівській фортеці спершу Полуботка, Черниша і Савича, а невдовзі й заарештованих в Україні та привезених до Петербурґа інших "змовників" – миргородського полковника Данила Апостола, генерального осавула Василя Жураківського, генерального бунчужного Якова Лизогуба, регента Генеральної військової канцелярії Дмитра Володьківського та ін. Розпочалося слідство: в'язням загрожувало заслання до Сибіру, а Полуботкові – й того гірше, бо за доносом земляка, а нині первенствующего члена св. Синода Феофана Прокоповича йому закидали зв'язки з Пилипом Орликом. Розв'язка була раптовою. Наприкінці грудня 1724 р. у казематі помер Павло Полуботок (його поховано на фортечному цвинтарі церкви Сампсонія-прочанолюбця), а за місяць зійшов у могилу і його могутній ворог Петро І. Ще через два тижні справа була закрита, хоча заарештовану старшину разом з родинами певний час продовжували тримати в столиці заручниками.
18 лютого 1725 р. з приводу подій, що сталися, було оголошено офіційний маніфест. Головна провина в ньому складалася на скверное лакомство старшини, котра прагнула збагачення, простой народ обидя и разоряя, тоді як захищати його була покликана Малоросійська колегія, створена в інтересах поспольства. Коментуючи це, не можна не визнати, що старшина й справді не гребувала прибиранням до рук чужого, утискаючи козаків та селян. Проте ще менше роль народного благодійника пасувала царському урядові: зусиллями Малоросійської колегії грошові збори з населення тільки за два роки її урядування (1722–1724) збільшилися з 45 до 140 тис. рублів.
Гідна жалю смерть Павла Полуботка вже в очах сучасників витворила довкола нього героїчний ореол жертовності в ім'я козацької вітчизни. Очевидно, саме в цей час з'явилася й апокрифічна "промова" Полуботка, буцімто звернена до Петра І, в якій наказний гетьман сміливо кидає у вічі царю звинувачення в кривдах, заподіяних Україні, котру привернуто в неключиме рабство, гідне азіатського тирана, а не християнського монарха. Завершується промова патетично: