Но блестящая вылазка вскоре – 24 марта – обернулась арестом Фрунзе и его соратника Гусева. У Фрунзе нашли оружие и запрещенную литературу, а главное – смогли предъявить ему обвинение в попытке убийства полицейского урядника Перлова. После этого ареста Фрунзе писал: «Что касается нашего физического состояния, то мы оба находимся в вожделенном здравии, если не считать… некоторых изменений, происшедших с моей физиономией: изменения эти сводятся, во-первых, к тому, что 2 зуба отказываются до сих пор занять предназначенное им природой место и выполнять предопределенные судьбой обязанности (причиной этого прискорбного обстоятельства по объяснению одного стражника было его задушевнейшее желание утереть мой разбитый нос своими перстами), а во-вторых, легонького раздвоения моего благородного носа на 2 части под влиянием далеко не благородного прикосновения ружейного приклада». При этом он стремился демонстрировать бодрость духа, сообщая о подробностях обвинения – «всего по следующим статьям: 126-й (1-й и 2-й пункты), 127, 129, 103, 132-й и еще какой-то. Словом, целая серия; хватит с меня. Особенными «приятностями» улыбается мне 2-й пункт 126-й ст. (принадлежность к боевой организации и руководство боевыми выступлениями); тут пахнет военно-окружным судом и каторжными работами».
Оставшиеся на свободе товарищи немедленно организовали стачку, требуя освободить Фрунзе и утверждая, что он арестован исключительно по политическим мотивам. «Шуйские рабочие… – писал А.С. Бубнов, – два раза пятнадцатитысячной массой подходили к тюрьме, где сидел тогда Арсений, для того чтобы его освободить».
Исправник Лавров телеграфировал во Владимир губернатору: «Шуе арестован агитатор Арсений. Все фабрики стали… ожидаю столкновений… Необходимо немедленное подкрепление…» Губернатор докладывал министру внутренних дел: «Шуе забастовали фабрики вследствие ареста агитатора». Опасаясь беспорядков, власти спешно перевели Фрунзе во Владимир в тамошнюю печально знаменитую тюрьму. «Арсений был прост и доступен для каждого, если не чувствовал в нем врага или подлеца, – вспоминал Н. Растопчин. – Под внешним спокойствием в нем чувствовалась большая сдерживающая энергия… Арсений как-то естественно поднялся на руководящую роль в нашей тюремной среде и стал признанным представителем всех политических заключенных».
В ходе следствия все обвинения были подтверждены. 27 января 1909 года состоялся суд. За покушение на полицейского урядника, причем в момент, когда был введен режим «усиленной охраны», был оглашен приговор: «Лишить всех прав состояния и подвергнуть смертной казни через повешенье». Под давлением общественности этот приговор был отменен.
Революционер И.А. Козлов вспоминал о том, как в то время на фоне постоянной борьбы заключенных за улучшение режима содержания и соблюдение их прав столкнулись Фрунзе и новый начальник тюрьмы Гудима, известный своей жестокостью:
«Раздалась необычная для нас команда:
– Смирно! Шапки долой!
Мы громко засмеялись и продолжали заниматься своим делом.
Гудима рассвирепел.
– Вызвать солдат! – приказал он.
Когда солдаты пришли во двор, Гудима дал команду:
– Ружья на прицел!
Защелкали затворы винтовок. Мы бросились в разные стороны и попрятались за стены корпуса. На опустевшей площадке перед солдатами остался один Арсений. Выставив больную ногу несколько вперед, он бесстрашно глядел на тюремщиков, готовый принять смерть, но не отступить ни на шаг.
– Кто это? – спросил Гудима.
– Это Фрунзе! – ответил помощник начальника.
– А-а, знаю! – со злорадством воскликнул Гудима. – В него стрелять не нужно. – И ушел в сопровождении своей свиты.
Этот палач, прославленный зверскими расправами с политическими заключенными в питерской пересыльной тюрьме, видимо, уже знал, кто такой Фрунзе и какая судьба его ждет».