Вернувшись обратно, он в конце октября был арестован.
В эту ночь Трифоныч, находясь по партийным делам в Иваново-Вознесенске, отправился за город, в лес, на тайное собрание. С ним шли еще два партийца. Вдруг из засады выскочили на конях казаки и полицейские. Не успел Трифоныч выхватить револьвер, как был окружен, обезоружен и зверски избит. Затем один из казаков накинул на шею Трифоныча аркан, привязанный к седлу, и поскакал. За ним вынужден был бежать Трифоныч. Петля душила. Спасаясь, он схватил веревку руками, чтобы она не сдавила шею еще туже, и пытался поспеть за скакавшей лошадью. Но было трудно. Спотыкаясь, он не раз падал в грязь, поднимался и вновь бежал. Казак же захотел еще более поиздеваться над своей жертвой. Поравнявшись с решетчатым палисадником, он осадил коня и приказал арестованному залезть на изгородь. Предполагая, что казак хочет посадить его с изгороди к себе на коня, обессиленный Трифоныч с трудом взобрался на забор. В этот момент казак стегнул лошадь нагайкой, и та рванулась. От неожиданности Трифоныч не успел высвободить свои ноги из решетки: они там застряли и вытянулись в мучительном напряжении. Трифоныч почувствовал, как что-то хрустнуло в коленке левой ноги, нестерпимая боль пронзила всего, и он потерял сознание.
Предполагалось этапировать Фрунзе в Казань. Однако он и арестованные с ним товарищи при помощи тех, кто остался на воле, начали кампанию по привлечению внимания к судьбе схваченных партийцев. Уже 2 ноября от имени студента Санкт-Петербургского политехнического института Михаила Фрунзе, студента Московского сельскохозяйственного института Андрея Бубнова и мещанина города Иваново-Вознесенска Петра Волкова товарищу прокурора Владимирского окружного суда было подано заявление: «29 октября с. г. вечером мы, нижеподписавшиеся, были задержаны нарядом полицейских с казаками и приведены на чембурах в Ямскую арестантскую, где и подверглись истязанию со стороны ведших нас казаков и находившихся в арестантской городовых (не всех). Нас били перед входной в коридор дверью, в коридоре и в камере, причем били кулаками (всех), нагайками (всех), поленом (Фрунзе и Волкова), таскали за волосы (Бубнова), топтали и били ногами (Волкова и Бубнова). Доведя все эти факты до вашего сведения, мы заявляем, что никакого сопротивления с нашей стороны не было, что господин надзиратель сидел в то время наверху и не мог не слышать криков истязуемых, но никаких мер для прекращения истязания не предпринял, и требуем расследовать это дело, подвергнуть виновных следуемому по закону наказанию…»
Из тюрьмы Фрунзе сумел бежать и нелегально вернуться в Шую. 7 декабря 1905 года в Москве началось вооруженное восстание. Фрунзе вызвался привести на помощь московским рабочим боевую дружину из Шуи. Предложение было принято, и двадцатилетнего Фрунзе назначили командиром революционного отряда, который впоследствии сражался во время боев на Пресне.
Восстание в Москве было подавлено властями. Однако Фрунзе участие в нем обеспечило высокую репутацию в партийных кругах, несмотря на молодость. В апреле 1906 года Фрунзе отправился в Стокгольм на IV съезд РСДРП в качестве делегата от иваново-вознесенской партийной организации. Там самый молодой делегат лично встретился с Лениным, Ворошиловым, Калининым… Вернулся он признанным и убежденным революционером-марксистом, вдобавок уважаемым в партии человеком с боевым опытом борьбы.
Под смертным приговором
В начале 1907 года революционеры-марксисты решили использовать возможности легальной борьбы, но для этого им требовалось провести своих депутатов во II Государственную думу. Способы в этой легальной борьбе применялись далеко не всегда законные. 17 января 1907 года Фрунзе со своими вооруженными людьми захватил в Шуе частную типографию Лимонова и заставил тамошних рабочих (а возможно, их и не требовалось особо заставлять, но нападение и принуждение защищало их самих от обвинения) отпечатать предвыборную листовку. На следующий день Иваново-Вознесенск и окрестности были наводнены воззваниями, которые были разбросаны по фабричным цехам и расклеены на афишных тумбах: «Граждане избиратели! Если вы сочувствуете делу освобождения России, если вы хотите, чтобы крестьяне получили землю, рабочий класс добился 8-часового рабочего дня и других улучшений, чтобы весь народ получил свою волю, то голосуйте за социал-демократов, членов рабочей партии!..»